体系的RNAiによる線虫不稔遺伝子の表現型プロファイリングと機能的分類

通过系统 RNAi 对线虫不育基因进行表型分析和功能分类

• 批准号: 17710166
• 负责人: 飯田 直子
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17710166/
• 关键词: RNAi; 線虫; 発生; 表現型; ゲノム機能解析

申請者の属する研究室では、非重複のcDNAセット(国立遺伝研・小原雄治教授により供与)をRNA合成の鋳型として用い、四齢幼虫(L4)に対するsoaking RNAi法によって体系的遺伝子機能破壊を行ってきた。16年度までに約6000個の遺伝子についてL4RNAiを行った結果、724個(12%)がPO不稔(RNAi処理した虫が次世代線虫をまったく、あるいはほとんど産まない)遺伝子であった。本研究では、このPO不稔遺伝子のL4RNAi表現型を微分干渉顕微鏡により詳細に観察した。さらにPO不稔遺伝子が生殖腺特異的に働くものか、成長や形態形成にも必要なものかを調べるため、一齢幼虫に対するRNAi(L1-soaking RNAi)を行い、孵化後発生の表現型を調べた。約450個の遺伝子について表現型解析を行った結果、様々な生殖細胞形成異常が観察された。そのうち167個の遺伝子についてL1RNAiを行った結果、約85%の遺伝子が孵化後の表現型を示した。このことから、PO不稔遺伝子の多くが生殖細胞形成と孵化後の成長の両方に必要なことが分かった。また、孵化後発生表現型のほとんどが成長異常であったことから、PO不稔遺伝子の多くがすべての細胞活性に必要な遺伝子である可能性が示唆された。また、大量の表現型情報の処理のため、表現型の体系的記述法を確立した。成長、形態、生殖細胞形成や受精および初期胚の異常を記録する表現型項目を設定し、各表現型項目を「present」「absent」「not applicable」のスコアで記述した。複数の項目の組み合わせで記述した表現型プロファイルはバイナリーデータに変換し、コンピュータを用いた遺伝子の機能的分類を行った。記録した表現型データベースを用いて表現型からの遺伝子検索が可能である。

The applicant belongs to the laboratory of the laboratory, the non-heavy-duty cDNA laboratory, the non-heavy cDNA laboratory, the RNA synthetic cyst, the quadruple larva (L4), and the quadruple larva (L4). The sub-machine of the system can break the operating cycle. In the year of 16, there were about 6000 L4RNAi test results, and 724 (12%) PO incompetence (RNAi disease) in the next generation of insect pests. In this study, PO sterile children, L4RNAi table type, differential stem, microcosmic, microcosmic, and microscopical data were studied. The gonadal characteristics of the sterile ovary of the ovary PO, the shape of the gonad is necessary for the growth and development of the ovary, and it is necessary for the larva to grow into RNAi (L1-soaking RNAi). After hatching, the gonad of the ovary gives birth to an epigastric ovary. The results of the analysis of the results of the tables of about 450 children were analyzed, and the reproductive cells of each child were frequently observed. After incubation, about 85% of the samples were tested after incubation, and about 85% of the samples were tested after incubation. The results of L1RNAi test showed that about 85% of the samples were tested after incubation. After hatching, it is necessary to separate the reproductive cells of the fertile and sterile offspring of PO. After hatching, the phenotypic phenotype, the growth rate, and the cellular activity of PO sterile oysters showed that it was necessary to instigate the possibility of growth. The recording method of the system of information, a large number of information systems, and a large number of information systems are established. The growth, morphology, and reproductive cell formation of embryos in the early stages of fertilization cycle. The table item settings and the table items "present", "absent" and "not applicable" were recorded. A copy of the data item is used to record the information in the table. This is not true. In this case, you can use the sub-mechanism to classify the data. Note that the table type is similar to that of the table type, and that the sub-line may be weak.