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蛋白質フォールディングの解析的モデルの構策

蛋白质折叠分析模型策略

基本信息

批准号：
17740280
负责人：
鈴木陽子
金额：
$ 0.77万
依托单位：
Meisei University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17740280/
关键词：
蛋白質フォールディング解析的モデル

项目摘要

蛋白質フォールディング機構に対する理論的なアプローチとして、解析的モデルの構築を目的として研究を行った。蛋白質分子のもつ自由エネルギーは、内部エネルギーと形状エントロピーの打ち消しあいによって得られる量である。そこで、内部エネルギーについては、計算結果をGoモデルシミュレーションと比較するため、残基間の結合エネルギーは一定としたうえで、エントロピーのフォールディングに伴う変化に対する評価をどのように行うかに焦点を当てた。モデルの構築にあたっては、フォールドした蛋白質のトポロジカルな性質、特に天然状態において結合している残基対のペピチド鎖における位置をベースして考えた。前年度の研究において申請者は、アミノ酸残基をバネでつながったビーズのように考え、ペプチド鎖を、天然コンタクトが起こっているような残基対に対してのみ引力相互作用が働いているガウス鎖として表すことにより、モデルハミルトニアンを導入した。そして、このモデルをテストするため、簡単なペプチドに対して、エントロピー、比熱の温度変化を計算した。解析的計算によって得られた結果をGoモデルシミュレーションから得られた結果と比較したところ、比熱曲線は再現されたが、エントロピーに関しては、転移点よりも高い温度においてフレキシビリティーが大きいという問題があった。この問題を解決するため、今年度は、残基間の多対相互作用をモデルハミルトニアンに加えることにより、フォールディングにおける共同的な振る舞いの効果を導入した。前年度と同様に、簡単なペプチドに対して内部エネルギー、エントロピー、比熱の温度変化を計算した結果、フレキシビリティーは、多体効果を入れていないときに比べて減少し、Goモデルシミュレーションの結果を非常によく再現することがわかった。以上の結果を、日本物理学会2007年春季大会にて発表した。

The structure of protein molecules is studied theoretically and analytically Protein molecules are free to grow, internal to grow, shape to grow, and amount to grow. For example, if you want to make a comparison between the two groups, you can make a comparison between them. The structure of the protein is characterized by its nature, the position of the residue in the natural state, and the position of the protein in the natural state. In the previous year's study, the applicant introduced the acid residues into the study, the natural acid residues into the study, the natural acid residues into the study, and the natural acid residues into the study. For example, the temperature of the oil can be calculated by the temperature of the oil. The analysis results show that the temperature of the solution is higher than the temperature of the solution. This problem is solved by introducing multi-pair interactions between residues into the system. In the past year, the results of the calculation of the temperature change of the internal combustion engine, the temperature change of the These results were presented at the 2007 Spring Conference of the Physical Society of Japan.