权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

無細胞翻訳系の動力学的解析と複合体形成過程のコンピューター・シミュレーション

无细胞翻译系统动态分析及复杂形成过程计算机模拟

基本信息

批准号：
17750153
负责人：
古澤宏幸
金额：
$ 2.37万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

大腸菌から抽出したリボソームを用いた無細胞翻訳システムは、タンパク質合成が一方向に進行するバイオナノマシーンであり、その反応メカニズムは興味深い。生体内で重要なタンパク質翻訳過程において直接観察は困難である複数の分子が関与する翻訳開始複合体形成過程を濃度と動力学定数の関数としてコンピューター上でシミュレーションすることにより複合体形成メカニズムを解明することが可能であると期待される。そこで無細胞翻訳システムを生体内複雑系システムのモデルとして着目し、水晶発振子マイクロバランス法を用いてリボソーム、mRNA、各因子間における個々の相互作用について結合定数(K_a)、結合速度定数(k_1)、解離速度定数(k_<-1>)を決定し、得られたこれら動力学定数を用いて無細胞翻訳システムの複合体形成ステップの様子をシミュレーションすることを本研究の目的とした。無細胞翻訳システムに必要なリボソーム、mRNA、各タンパク質因子群をそれぞれ調製することができた。mRNAを水晶発振子基板上へ固定化する方法を確立し、さまざまなmRNA配列に対するリボソームの相互作用について動力学解析を行い、結合定数(K_a)、結合速度定数(k_1)、解離速度定数(k_<-1>)を決定することができた。さらに、各タンパク質因子存在下でのmRNAに対するリボソームの相互作用解析を行い、得られた結果を比較したところ、リボソームがmRNAに結合する開始複合体形成過程における複合体組み上げ経路について、2つの経路が存在することを示唆する結果が得られた。

The cell-free invertebrate system used for Escherichia coli extraction is of great interest, and the synthesis of collagen is carried out in one direction. In vivo, it is difficult to detect the complex formation process directly, such as the concentration, kinetic parameters, and expectation of complex formation. The aim of this study is to determine the binding constant (K_a), binding velocity constant (k_1), dissociation velocity constant (k_ ) and obtain the kinetic constant (K_a<-1>) for the complex formation process of cell-free transformation. The expression of mRNA, protein and protein is essential for cell transformation. The method of mRNA immobilization on crystal oscillator substrate was established, and the kinetic analysis of mRNA alignment was carried out. The binding constant (K_a), binding velocity constant (k_1) and dissociation velocity constant (k_<-1>) were determined. In addition, the interaction analysis of mRNA in the presence of various quality factors was carried out and the results were compared. The combination of mRNA in the presence of quality factors initiated the formation of complexes. The results showed that the complex components existed in the upper channel and the second channel.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Evaluation of RNA Structures by using a Probe-immobilized 27 MHz Quartz Crystal Microbalance

使用固定探针的 27 MHz 石英晶体微天平评估 RNA 结构

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
Chem.Lett.
影响因子：
0
作者：
T.Ozeki;H.Furusawa;Y.Okahata
通讯作者：
Y.Okahata

Kinetic analysis of ribosome binding process onto mRNA using a quartz-crystal microbalance

使用石英晶体微天平对核糖体与 mRNA 结合过程进行动力学分析

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
Nucleic Acids Symposium Series No. 50
影响因子：
0
作者：
Shuntaro Takahashi;Ryoko Akita;Hiroyuki Furusawa;Yoshihiro Shimizu;Takuya Ueda;Yoshio Okahata
通讯作者：
Yoshio Okahata

Kinetic Studies of DNA Cleavage Reactions catalyzed by an ATP-dependent Deoxyribonuclease on a 27-MHz Quartz-Crystal Microbalance

27 MHz 石英晶体微天平上 ATP 依赖性脱氧核糖核酸酶催化的 DNA 裂解反应的动力学研究