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真核生物における有中心粒太陽虫の系統的位置

向心太阳虫在真核生物中的系统发育地位

基本信息

批准号：
18770061
负责人：
坂口美亜子
金额：
$ 1.66万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18770061/
关键词：
分子系統原生生物太陽虫最尤法分子進化

项目摘要

有中心粒太陽虫の一種Raphidiophrys contractilisを用いて、他の真核生物グループとの系統関係を明らかにし、真核生物における有中心粒太陽虫の系統的位置を解明することを目的として、分子系統解析に用いる大規模データセットを作成するためにまずR. contractilisのcDNAライブラリをSMART法により作製した。そして得られたコロニーを基にプラスミド抽出を行い、約1500サンプルの片鎖シークエンス解析を行った。得られた配列のうち43個のリボソームタンパク質遺伝子が同定されたので、それと共に既知の他の真核生物グループの同遺伝子配列のデータセットを作成し、44種、4842アミノ酸サイトによるML解析を行った。その結果、主な真核生物グループの系統関係は支持されたが、解像度が低いために各スーパーグループでの系統関係や分岐順、及び有中心粒太陽虫の系統的位置の解明には至らなかった。今後はさらに多数のcDNAライブラリからの遺伝子配列決定を行い、より情報量の大きなデータセットを作成して解析することを検討している。これらR.contractilisの複数遺伝子を用いた分子系統解析に関する研究成果は、今年3月の日本藻類学会大会及び筑波大学における国際シンポジウムにて発表された。また、R.contractilisのEFL(elongation factor lα-1ike)を用いて、真核生物全体に点在するこのEFL遺伝子との関係について解析を行った結果、R.contractilisはどの真核生物グループとも近縁性が見られなかった。またこのEFLの分布において、単系統性が支持されているHaptophytaとCryptomonadsは姉妹群とならず、それぞれのEFL遺伝子が水平転移によって獲得された可能性が示唆された。この結果は、国内の二つの学会大会にて発表された。

A kind of Raphidiophrys contractility with centrosome is used in the analysis of molecular systems. The systematic relationship between them in eukaryotes is clarified. The systematic position of centrosome in eukaryotes is clarified. The SMART method is used to control the cDNA of contractiles. About 1500 pieces of paper were extracted from the base of the paper. The obtained sequences of 43 ribosomal DNA vectors were identical, and the data base of the identical vector sequences of other known eukaryotic organisms was created. ML analysis of 44 species and 4842 amino acid servers was performed. The results show that the system relationships of eukaryotic organisms are supported by low resolution, high divergence, and high resolution. In the future, most of the cDNA sequences will be determined, and the amount of information will be analyzed. The research results of molecular system analysis of R. contracticus were presented at the conference of Japan Algae Society and the International Conference of Tsukuba University in March this year. The relationship between the EFL gene and the Eukaryote gene is analyzed. The results show that R. contractility is the most important factor in the Eukaryote gene. The distribution of EFL is systematic and supports Haptophyta and Cryptomonads, and the distribution of EFL is systematic and supports the possibility of horizontal shift. The results were announced at the National Second Academy Conference in China.