Insertion polymorphysm of retrotransposons and diversity of theplant genome

逆转录转座子插入多态性与植物基因组多样性

• 批准号: 19570002
• 负责人: OHTSUBO Hisako
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19570002/
• 关键词: トランスポゾン; 多型; ゲノム多様化; ゲノム構築; 進化

1. シロイヌナズナ第3染色体ペリセントロメア末端のヘテロクロマチン領域について、塩基配列の微細構造解析からLys-tRNA 合成酵素遺伝子の「重複」がまず起きたこと、「重複」したそのiso-遺伝子の分岐年代の推定から、重複がアラビドプシスゲノムの大規模再編成と同時期(50-75MYA)に起きたこと、倍加したiso-遺伝子の偽遺伝子化の年代計算から、iso-遺伝子は偽遺伝子化した後、レトロトランスポゾン、トランスポゾンの度重なる挿入によってヘテロクロマチン化したと考えられる。2. イネのレトロトランスポゾン、RIRE7は低メチル化状態で発現が上昇するレトロトランスポゾンで、イネ染色体セントロメア領域に局在する。インド型と日本型イネ系統間で多型をしめすRIRE7-TU1について、RIRE7の両LTR 上と隣接領域のメチル化パターンを解析、RIRE7挿入の有無によって対応領域のメチル化のパターンの変化を明らかにした。

1. Microstructural Analysis of Chromosome 3 Sequences and Genome Alignment: A Large Scale Reconstruction of Iso-DNA Sequences and Dating of Chromosome 3 Sequences and Genome Sequences (50-75MYA) Date calculation of iso-genetic and pseudo-genetic transformation from the beginning to the end, iso-genetic and pseudo-genetic transformation from the beginning to the end, and from the end to the end. 2. RIRE7 is in a low level of chromosome differentiation and is present in a low level of chromosome differentiation. RIRE7-TU1, RIRE7-TU1, RIRE7-TU 2, RIRE7-TU 3, RIRE7, RIRE7-TU 3, RI

项目成果

シロイヌナズナLys-tRNA synthetase 遺伝子の倍加と偽遺伝子化およびヘテロクロマチン化

拟南芥 Lys-tRNA 合成酶基因加倍、假基因化和异染色质化

• 发表时间: 2007
• 作者: 西村啓士郎;土本 卓;大坪栄一;大坪久子;太田邦史ら;久保田渉誠・大原雅;田上和美;大坪久子,田村浩一郎,大坪栄一
• 通讯作者: 大坪久子,田村浩一郎,大坪栄一

MEGA4による分子系統解析

使用 MEGA4 进行分子系统发育分析

• 发表时间: 2008
• 作者: Araki;K. & Ohara;M;田村浩一郎
• 通讯作者: 田村浩一郎

"SINE Code" is an excellenttool for identification of Oryza species

“SINE Code”是识别稻种的绝佳工具

• 发表时间: 2007
• 作者: H. Ohtsubo;S. Tsuchimoto;C. Cheng;J.Xu;M.Y. Kondo;N. Kurata;T. Miyabayashi,E. Ohtsubo
• 通讯作者: T. Miyabayashi,E. Ohtsubo

シロイヌナズナLys-tRNA合成酵素遺伝子の倍加、偽遺伝子化、ヘテロクロマチン化

拟南芥 Lys-tRNA 合成酶基因的加倍、假基因化和异染色质化

• 发表时间: 2008
• 作者: Sasanuma H.;Murakami H.;Fukuda T.;Shibata T.;Nicolas A.;and Ohta K;増田健太;大坪久子 他
• 通讯作者: 大坪久子 他

"Rice Biology in the Genomics Era"in the Series: Biotechnology in Agriculture and Forestry

《基因组时代的水稻生物学》系列：农林生物技术

• 发表时间: 2008
• 作者: Ohtsubo;H. et al.
• 通讯作者: H. et al.