Dynamic structure of Protein to be Derived from the Solution Scattering Data

从溶液散射数据推导出蛋白质的动态结构

• 批准号: 19740257
• 负责人: JOTI Yasumasa
• 金额: $ 2.4万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19740257/
• 关键词: 生物物理; 分子シミュレーション; 実験データ解析; 蛋白質; 立体構造ダイナミクス; 溶液散乱

本研究は、計算機実験を援用して、溶液散乱データに含まれる蛋白質の動的構造情報を抽出することを目的とした。原子レベルの分子シミュレーション結果から、生体分子の中性子・X線溶液散乱データを計算し、通常の実験解析では無視される、原子揺らぎの情報が実験データに含まれていることが明らかになった。また、溶液中性子散乱データの解析から、蛋白質表面水の動的物性が、通常の水と異なることが明らかになった。溶液散乱データから、真の蛋白質構造情報を抽出するためには、揺らぎを考慮した新しい溶液散乱データ解析法が必要である。

は this study, the computer be 験 を invoking し て, solution scattered デ ー タ に containing ま れ る protein の dynamic structure intelligence を spare す る こ と を purpose と し た. Atomic レ ベ ル の molecular シ ミ ュ レ ー シ ョ ン results か ら, living body molecular の temper, scattered X-ray solution デ ー タ を し calculation, usually の be 験 parsing で は ignore さ れ る, atomic 揺 ら ぎ の intelligence が be 験 デ ー タ に containing ま れ て い る こ と が Ming ら か に な っ た. ま た, patience and scattered in the solution デ ー タ の parsing か ら, protein surface water の dynamic property が, usually の water と different な る こ と が Ming ら か に な っ た. Solution scattered デ ー タ か ら, true の protein structure intelligence を spare す る た め に は, 揺 ら ぎ を consider し た new し い solution scattered デ ー タ analytic method が necessary で あ る.

项目成果

Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics

• DOI: 10.1529/biophysj.107.128546
• 发表时间: 2008-09-15
• 期刊: BIOPHYSICAL JOURNAL
• 影响因子: 3.4
• 作者: Nakagawa, H.;Joti, Y.;Kataoka, M.
• 通讯作者: Kataoka, M.

Hydration effect on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra

模拟中子散射谱中观察到的水合效应对低频蛋白质动力学的影响

• 发表时间: 2008
• 期刊: Biophys. J. 94
• 作者: Y. Joti;H. Nakagawa;M. Kataoka;A. Kitao
• 通讯作者: A. Kitao

非弾性散乱の生物への応用について

非弹性散射在生物体中的应用

• 发表时间: 2008
• 期刊: 日本結晶学会誌 50
• 作者: 城地保昌;中迫雅由;難波啓一
• 通讯作者: 難波啓一

Non-Gaussian behavior of elasticincoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation

分子动力学模拟研究蛋白质弹性非相干中子散射剖面的非高斯行为

• 发表时间: 2007
• 期刊: Phys. Rev. E Vol.75
• 作者: Atsusi Tokuhisa;Yasumasa Joti;Hiroshi Nakagawa;Akio Kitao;Kaoru Shibata Mikio Kataoka
• 通讯作者: Kaoru Shibata Mikio Kataoka

分子シミュレーションと中性子散乱で探る蛋白質ダイナミクスの水和依存性

使用分子模拟和中子散射研究蛋白质动力学的水合依赖性

• 发表时间: 2008
• 期刊: 日本生物物理学会誌 48
• 作者: Y. Joti;H. Nakagawa;M. Kataoka;A. Kitao;城地保昌
• 通讯作者: 城地保昌