遺伝子発現量が有意に変化するゲノム領域を抽出する効率的アルゴリズムについて

关于提取基因表达水平显着变化的基因组区域的有效算法

• 批准号: 09J57021
• 负责人: 佐々木 惇
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09J57021/
• 关键词: バイオインフォマティクス; エピジェネティクス; DNAメチル化

実験技術の発達により遺伝子の発現量の変化とヒストンの修飾やDNAのメチル化といったエピジェネティックなデータがゲノムワイドに得られるようになってきた。エピジェネティックな変化と遺伝子発現の関連を明らかにしていくためには、これらの実験データから小さな変化をも見出すことのできる検出力の高い解析手法が求められている。また、データのサイズが増大していることから、これらの計算は高速に行われる必要がある。今年度は前年度に引き続き、バイサルファイトシークエンシングによるDNAメチル化のデータの解析手法に注目し、検出力の向上と高速化に取り組んだ。この研究によりバイサルファイトシークエンシングによって得られる様々な生物、組織、発生のステージ間でのメチル化の状態の詳細な比較、解析を大規模に行うことが可能となりDNAメチル化の果たしている役割についてより深い理解が得られることが期待される。サンプル間でシトシンのメチル化率の差の有無を検定する際には、シトシン一つ一つについて検定をおこなっていた。しかし、この方法ではサンプル間でのメチル化率の変化が小さいときや、シトシンをカバーするリードの数が少ないときには検出力が低下してしまうという問題があった。このような問題を解決するために、Wilcoxon検定などを用いて、いくつかのシトシンをまとめて領域ごとに検定を行うことによってより高い検出力を実現する手法が用いられることが多かった。しかし、この手法にはサンプル間のカバレージ数に大きな差がある場合に偽陽性が増えてしまうという問題があった。我々は、Poisson-Binomial distributionを用いた検定手法を用いることで、この問題を回避する方法を開発した。また、片側検定だけでなく両側検定に拡張し結果の比較を行った。

The development of technology, the transformation of gene expression, the transformation of gene expression, the transformation, the transformation of gene expression, the transformation, the transformation The relationship between the occurrence of the disease and the occurrence of the disease is clearly defined. The speed of calculation is very high. This year, compared with the previous year, the DNA analysis method for DNA analysis was focused on, the output was improved, and the speed was increased. This research aims to obtain detailed comparison and analysis of the status of biological, tissue and developmental changes in large scale, so as to make it possible to obtain a deep understanding of the results of DNA transformation. The difference between the number of participants and the number of participants is determined. The method of the invention is to reduce the amount of energy required for the production of the product. The problem is solved by Wilcoxon. The problem is solved by Wilcoxon. The problem is solved by Wilcoxon. The number of false positives in the case of false positives increases. The method of using Poison-Binary distribution to solve the problem is developed. The results of the test were compared.

项目成果

Robust Estimation of DNA Methylation with Local Regression

使用局部回归稳健估计 DNA 甲基化

• 发表时间: 2011
• 作者: Naoyuki Nomura;Masahiko Yano;Sunao Katsuki;Hidenori Akiyama;Keisuke Abe;Shin-Ichi Abe;Masahiko Yano;Koji Shirai;Masahiko Yano;白井洸志;Masahiko Yano;Koji Shirai;Masahiko Yano;Koji Shirai;Masahiko Yano;白井洗志;白井洗志;Koji Shirai;白井洸志;佐々木惇
• 通讯作者: 佐々木惇