Analysis of bacteriophage Qβ genome evolution in an experimental coevolution system

实验协同进化系统中噬菌体 Qβ 基因组进化分析

• 批准号: 21770255
• 负责人: KASHIWAGI Akiko
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Hirosaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21770255/
• 关键词: 共進化; 実験進化; Qβファージ; 大腸菌; バクテリオファージQβ

How does evolution affect changes in parasite genome sequences? To elucidate the effects of coevolution, we constructed an experimental coevolution system and sole parasite evolution system consisting of Escherichia coli and the lytic RNA bacteriophage Qβ (Qβ phage). We passaged Qβ phage in both systems for approximately 170 phage generations. Comparison of sequential (time-dependent) changes in the Qβ phage genome sequence in both evolution systems revealed that the coevolution system showed about 3.4-fold higher fixation rate.

进化如何影响寄生虫基因组序列的变化？为了阐明协同进化的影响，我们构建了由大肠杆菌和裂解性RNA噬菌体Qβ（Qβ噬菌体）组成的实验性协同进化系统和单一寄生虫进化系统。我们在两个系统中对 Qβ 噬菌体进行了大约 170 代噬菌体传代。比较两个进化系统中 Qβ 噬菌体基因组序列的连续（时间依赖性）变化表明，共同进化系统的固定率高出约 3.4 倍。

项目成果

Analysis of adaptive gene expression to nutrient depletion out of native regulatory mechanisms

分析天然调节机制对营养消耗的适应性基因表达

• 发表时间: 2009
• 作者: 津留三良;インベイウェン;森光太郎;潮田純弥;柏木明子;四方哲也
• 通讯作者: 四方哲也

Single-Cell Isolation and Cloning of Tetrahymena thermophila Cells with a Fluorescence-Activated Cell Sorter

• DOI: 10.1111/j.1550-7408.2010.00517.x
• 发表时间: 2011-01-01
• 期刊: JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY
• 影响因子: 2.2
• 作者: Mori, Kotaro;Kashiwagi, Akiko;Yomo, Tetsuya
• 通讯作者: Yomo, Tetsuya

Probabilistic transition from unstable predator-prey interaction to stable coexistence of Dictyostelium discoideum and Escherichia coli

• DOI: 10.1016/j.biosystems.2010.11.006
• 发表时间: 2011-03-01
• 期刊: BIOSYSTEMS
• 影响因子: 1.6
• 作者: Kihara, Kumiko;Mori, Kotaro;Yomo, Tetsuya
• 通讯作者: Yomo, Tetsuya

On-going analysis of experimental coevolution system with E.coli and RNA bacteriophage Qβ

大肠杆菌和 RNA 噬菌体 Qβ 实验协同进化系统的持续分析

• 发表时间: 2010
• 作者: Saburo Tsuru;Junya Ichinose;Akiko Kashiwagi;Bei-Wen Ying;Kunihiko Kaneko;Tetsuya Yomo;Akiko Kashiwagi
• 通讯作者: Akiko Kashiwagi

Stochastic gene expression induced population selection promotes adaptation to nutrient depletion

随机基因表达诱导的群体选择促进对营养消耗的适应

• 发表时间: 2009
• 作者: 津留三良;インベイウェン;森光太郎;潮田純弥;柏木明子;四方哲也
• 通讯作者: 四方哲也