がん関連CNV(copy number variation)の同定に関する研究

癌症相关CNV（拷贝数变异）鉴​​定研究

• 批准号: 21659088
• 负责人: 佐々木 功典
• 金额: $ 1.98万
• 依托单位: Yamaguchi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21659088/
• 关键词: CNV; アレイCGH; 子宮癌; 大腸癌; 癌感受性

2004年に遺伝子全体を含むような数Kbpから数Mbpに及ぶ大きな領域のDNAコピー数が、ヒト個人の間で異なるという大規模コピー数多型(CNV-copy number variation:遺伝子多型としては1塩基多型(SNP)の対極にあるもの)の存在が報告され世の中に大きな衝撃を与えた。現在、CNVと各種疾患との関係が漸次明らかにされつつあり、我々も癌とCNVとの関連を明らかにする目的で、本研究ではcomparative genomic hybridization (CGH)の技術を用いて癌の感受性(罹患しやすさ)に関係するCNVの同定に関する研究を行った。各種固形癌(子宮癌、大腸癌、胃癌など)について、各患者(20～30例)から採取した癌組織(細胞)と非癌細胞(リンパ球)および当該癌に罹患したことのない高齢者(20人)のリンパ球からのDNAを抽出した。抽出されたDNAはBACアレイCGHによりコピー数が解析され、高頻度にコピー数異常を呈するBACクローンを同定した。癌患者における非癌検体からのDNAで、癌細胞からのDNAと同様に高頻度に出現したコピー数異常部位をまずCNV候補とした。それらのうち非癌患者DNAにおける結果と比較し、癌との関連性が考えられるCNVを絞っていった。このときデータベースとの照合も行った。子宮癌、大腸癌ではこれらの候補CNVを同定することに成功し、本研究の目的は達せられたと考えている。

In 2004, the number of DNA copies in the whole genome including Kbp, Mbp, and large domains was reported to be large in the world. Now, the relationship between CNV and various diseases is gradually becoming clearer. To clarify the relationship between CNV and cancer, this study aims to study the relationship between CNV and comparative genomic hybridization (CGH). In all kinds of solid cancer (uterine cancer, colorectal cancer, gastric cancer), DNA was extracted from cancer tissues (cells) and non-cancer cells (spheres) of each patient (20~30 cases), and DNA was extracted from those with cancer (20 cases). The number of BAC samples extracted from the samples was analyzed and the number of BAC samples extracted from the samples was determined. The number of abnormal sites in cancer patients is higher than that in cancer cells. DNA of non-cancer patients was compared with that of cancer patients. This is the first time I've seen you. Uterine cancer, colorectal cancer, and other candidate CNVs were successfully identified. The purpose of this study was to achieve the same results.

项目成果

Intercellular centrosome number is correlated with the copy number of chromosomes in bladder cancer.

• DOI: 10.1016/j.cancergencyto.2009.01.012
• 发表时间: 2009-05
• 期刊: Cancer genetics and cytogenetics
• 作者: Yoshiaki Yamamoto;S. Eguchi;Akao Junpei;K. Nagao;S. Sakano;T. Furuya;A. Oga;S. Kawauchi;K. Sasaki;H. Matsuyama

A copy number gain of the 6p arm is linked with advanced hepatocellular carcinoma.

6p 臂的拷贝数增加与晚期肝细胞癌有关。

• 发表时间: 2009
• 期刊: J pathol 217
• 作者: Kido M;et al.;Chochi Y.
• 通讯作者: Chochi Y.

Breast cancer cell lines carry cell line-specific genomic alterations that are distinct from aberrations in breast cancer tissues: comparison of the CGH profiles between cancer cell lines and primary cancer tissues.

• DOI: 10.1186/1471-2407-10-15
• 发表时间: 2010-01-14
• 期刊: BMC cancer
• 影响因子: 3.8
• 作者: Tsuji K;Kawauchi S;Saito S;Furuya T;Ikemoto K;Nakao M;Yamamoto S;Oka M;Hirano T;Sasaki K
• 通讯作者: Sasaki K

乳癌におけるホルモンレセプターの発現とDNAコピー数異常との関連についての検討

乳腺癌激素受体表达与DNA拷贝数异常关系的研究

• 发表时间: 2009
• 作者: Kurahashi H;Bolor H;Kato T;Kogo H;Tsutsumi M;Inagaki H;Ohye T;古屋智子
• 通讯作者: 古屋智子