フローサイトメトリーによるSNPs(1塩基多型)の検出法の開発

テーラーメイド医療やゲノム創薬に欠かせない情報としてSingle nucleotide polymorphisms(SNPs)が注目されており、その検出法も様々なものが考案されている。しかし、それらの多くは手技が煩雑であったり、高価であったり、特殊機器が必要であったりという問題点もある。我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にsingle laser搭載のフローサイトメーターで解析しようとするものである。昨年度の段階で、表面に短い合成DNAを固定させた直径5μmから15μm程度のビーズを用いて、合成DNA中の1箇所のSNPsを検出することに成功していた。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせる。このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、ビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この蛍光量の差をフローサイトメーターで計測し、SNPsのタイピングを行うことができた。今年度においてはさらに、ゲノムDNAでも同様のタイピングに成功した。(平成14年、第12回日本サイトメトリー学術集会シンポジウムにて発表)さらに、合成DNAにおいては同時に3種類までのSNPs箇所のタイピングを確実に行うことにも成功した。今後は引き続き、ゲノムDNAサンプルを用いて複数箇所のSNPsの同時解析を目指し研究を続け、フローサイトメトリーを利用したSNPs解析法を完成させたい。

テーラーメイド医療やゲノム創薬に欠かせない情報としてSingle nucleotide polymorphisms(SNPs)が注目されており、その検出法も様々なものが考案されている。しかし、それらの多くは手技が煩雑であったり、高価であったり、特殊機器が必要であったりという問題点もある。我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にsingle laser搭載のフローサイトメーターで解析しようとするものである。昨年度の段階で、表面に短い合成DNAを固定させた直径5μmから15μm程度のビーズを用いて、合成DNA中の1箇所のSNPsを検出することに成功していた。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせる。このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、ビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この蛍光量の差をフローサイトメーターで計測し、SNPsのタイピングを行うことができた。今年度においてはさらに、ゲノムDNAでも同様のタイピングに成功した。(平成14年、第12回日本サイトメトリー学術集会シンポジウムにて発表)さらに、合成DNAにおいては同時に3種類までのSNPs箇所のタイピングを確実に行うことにも成功した。今後は引き続き、ゲノムDNAサンプルを用いて複数箇所のSNPsの同時解析を目指し研究を続け、フローサイトメトリーを利用したSNPs解析法を完成させたい。