フローサイトメトリーによるSNPs(1塩基多型)の検出法の開発

开发流式细胞术SNP（单核苷酸多态性）检测方法

• 批准号: 13877027
• 负责人: 佐々木 功典
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Yamaguchi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-13877027/
• 关键词: SNPs; フローサイトメトリー; DNA; ゲノム; フローアレイ; 蛍光

テーラーメイド医療やゲノム創薬に欠かせない情報としてSingle nucleotide polymorphisms(SNPs)が注目されており、その検出法も様々なものが考案されている。しかし、それらの多くは手技が煩雑であったり、高価であったり、特殊機器が必要であったりという問題点もある。我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にsingle laser搭載のフローサイトメーターで解析しようとするものである。昨年度の段階で、表面に短い合成DNAを固定させた直径5μmから15μm程度のビーズを用いて、合成DNA中の1箇所のSNPsを検出することに成功していた。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせる。このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、ビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この蛍光量の差をフローサイトメーターで計測し、SNPsのタイピングを行うことができた。今年度においてはさらに、ゲノムDNAでも同様のタイピングに成功した。(平成14年、第12回日本サイトメトリー学術集会シンポジウムにて発表)さらに、合成DNAにおいては同時に3種類までのSNPs箇所のタイピングを確実に行うことにも成功した。今後は引き続き、ゲノムDNAサンプルを用いて複数箇所のSNPsの同時解析を目指し研究を続け、フローサイトメトリーを利用したSNPs解析法を完成させたい。

テ ー ラ ー メ イ ド medical や ゲ ノ ム gen 薬 に owe か せ な い intelligence と し て Single nucleotide polymorphisms (SNPs) が attention さ れ て お り, そ の 検 out method も others 々 な も の が test case さ れ て い る. し か し, そ れ ら の more く は manipulation が vexed 雑 で あ っ た り, high 価 で あ っ た り, special machine が necessary で あ っ た り と い う problem point も あ る. I 々 は in recent years, the striking さ れ て き て い る フ ロ ー ア レ イ technology を こ の SNPs 検 out に 応 with で き な い か と research を ね て き た. This study は plural の SNPs を high - throughput か つ simple に single laser carry の フ ロ ー サ イ ト メ ー タ ー で parsing し よ う と す る も の で あ る. Yesterday's annual の Duan Jie で, short surface に い synthetic DNA を fixed さ せ た 5 microns in diameter か ら degree of 15 microns の ビ ー ズ を with い て, synthetic DNA の 1 の SNPs を 検 out す る こ と に successful し て い た. On the specific に は ビ ー ズ に fixed し た オ リ ゴ ヌ ク レ オ チ ド プ ロ ー ブ と 蛍 light logo さ れ た サ ン プ ル DNA を ハ イ ブ リ ダ イ ズ さ せ る. こ の と き サ ン プ ル DNA が ビ ー ズ on の プ ロ ー ブ と completely に phase of DNA で あ れ ば, struck は し, ビ ー ズ が 蛍 light を 発 す る が, phase of で な け れ ば ビ ー ズ は 蛍 light を 発 さ な い. Poor こ の 蛍 light の を フ ロ ー サ イ ト メ ー タ ー で measuring し, SNPs の タ イ ピ ン グ を line う こ と が で き た. Our に お い て は さ ら に, ゲ ノ ム DNA で も with others の タ イ ピ ン グ に successful し た. (pp.47-53 14 years, 12 back to Japan サ イ ト メ ト リ ー academic gathering シ ン ポ ジ ウ ム に て 発 table) さ ら に, synthetic DNA に お い て は に 3 kinds at the same time ま で の SNPs a is の タ イ ピ ン グ を indeed be に line う こ と に も successful し た. Future は lead き 続 き, ゲ ノ ム DNA サ ン プ ル を with い て plural is の SNPs の also resolved を refers し research を 続 け, フ ロ ー サ イ ト メ ト リ ー を using し た SNPs analytic method を complete さ せ た い.

项目成果

Ueno T.: "Gain of 5p15 detected by comparative genomic hybridization as an independent marker of poor prognosis in patients with esophageal squamous cell carcinoma"Clinical Cancer Research. 8(2). 526-533 (2002)

Ueno T.：“通过比较基因组杂交检测到 5p15 的增加作为食管鳞状细胞癌患者不良预后的独立标志”《临床癌症研究》。

Takeo S: "Examination of Oncogene Amplification by Genomic DNA microarray in Hepatocellular Carcinomas : Comparison with Comparative Genomic Hybridization Analysis."Cancer Genetics and Cytogenetics. 130・2. 127-132 (2001)

Takeo S：“肝细胞癌中基因组 DNA 微阵列的癌基因扩增检查：与比较基因组杂交分析的比较。”130・2（2001）。

Umayahara K.: "Comparative geomic hibridization detects genetic alterations during early stages of cervical cancer progression"Genes, Chromosomes & Cancer. 33. 98-102 (2002)

Umayahara K.：“比较几何杂交检测宫颈癌进展早期阶段的遗传改变”基因、染色体

Kubota H: "Identification of recurrent chromosomal rearrangements and the unique relationship between low-level amplification and translocation in glioblastoma."Genes Chromosomes and Cancer. 31・2. 125-133 (2000)

Kubota H：“胶质母细胞瘤中反复染色体重排的识别以及低水平扩增和易位之间的独特关系。”基因染色体与癌症 125-133 (2000)。

Kawauchi s: "Low expression of p27(Kip1), a cyclin-dependent kinase inhibitor, is a marker of poor prognosis in synovial sarcoma."Cancer. 91・5. 1005-1012 (2001)

Kawauchi s：“p27（Kip1）（一种细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂）的低表达是滑膜肉瘤预后不良的标志。”癌症 91・5（2001）。