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腸管寄生原虫類の網羅的検出法の開発と遺伝子情報リファレンスの構築

肠道寄生原虫综合检测方法开发及遗传信息参考构建

基本信息

批准号：
22590377
负责人：
井関基弘
金额：
$ 2.33万
依托单位：
Kanazawa University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22590377/
关键词：
分子分類 DNAバーコード腸管寄生原虫系統解析病原体検出

项目摘要

最新のDNAバーコーディング構想を臨床検査に導入して、全ての腸管寄生原虫を特異的かつ網羅的に検出・同定するという新しい検査法の確立を目指し、ヒトに感染し得る6種のEntamoeba属(E.histolytica、E.dispar、E.coli、E.hartmanni、E.polecki、E.moshkovskii)を同定する新規PCR法を確立した。さらに、その有効性を確認すると同時に途上国におけるアメーバ属感染状況の解明を目的に、Entamoeba属の遺伝子型解析を実施した。具体的には、Entamoeba属を網羅的に検出するPCR(網羅的PCR)と種特異的PCRの組み合わせによるnestedおよびsemi-nested PCR法を用い、インドネシアにおいて採取した459検体の糞便サンプルに本法を適用し、糞便から直接抽出したDNAをテンプレートに、Entamoeba属の検出および種同定を実施した。網羅的PCRでは79検体(17.2%)が陽性を示し、その内、E.dispar 6検体(1.3%)、E.coli 62検体(13.1%)、E.hartmanni 38検体(7.6%)、E.polecki 2検体(0.4%)が種同定PCRにより同定された。また、22検体(4.8%)は混合感染だった。以上の結果から、まん延地域では複数の種による重複感染が日常的に起こっており、PCRを用いた検出と分子疫学的解析を実施するには、本法で使用したような各々の種を特異的に検出可能なプライマーが必要であり、有効であることが判明した。したがって、網羅的PCRと特異的PCRを組み合わせた分子系統樹におけるクラスターごとの検出は、DNAバーコーディングを原虫同定に適応していく上で現実的に可能なアプローチであり、今後、その適応範囲を広げていくことが比較的容易と考えられた。

New DNA detection methods were established for clinical investigation, introduction of new DNA detection hypotheses, identification of all intestinal parasites, identification of six species of Entamoeba (E.histolytica, E.dispar, E.coli, E.hartmanni, E.polecki, E.moshkovskii), and identification of new PCR methods. In addition to the identification of the presence of the virus, the identification of the presence of the virus and the analysis of the presence of the virus in the Entamoeba family were also carried out. Specific Entamoeba genus-based PCR and species-specific PCR assembly, nested and semi-nested PCR methods were used in the detection of faecal DNA from 459 samples. 79 samples (17.2%) were positive for E.dispar 6 (1.3%), E.coli 62 (13.1%), E.hartmanni 38 (7.6%) and E.polecki 2 (0.4%). 22 samples (4.8%) had mixed infection. As a result of the above, it is clear that repeated infections occur daily in multiple species in various regions, and that PCR detection and molecular epidemiological analysis are implemented. However, it is possible to use this method to detect each species specifically. It is necessary and effective. The PCR and specific PCR are assembled in the molecular phylogenetic tree, and the DNA is detected in the same way. The results show that the PCR and specific PCR are easy to compare.