Automatic determination and classification of structural domains of proteins and development of interaction database
蛋白质结构域的自动确定和分类以及相互作用数据库的开发
基本信息
- 批准号:22770149
- 负责人:
- 金额:$ 2.33万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- 财政年份:2010
- 资助国家:日本
- 起止时间:2010 至 2011
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
We have conducted exhaustive comparison and classification of interaction interface structures in proteins the result of which is summarized as a list of structural motifs. In particular, we have found that the structural motifs for protein binding interfaces are shared only among homologous proteins. This suggested structural motifs may better correspond to protein functions compared to traditional approaches based on overall folds. Furthermore, we have defined" composite motifs" by grouping together the individual structural motifs present in each subunit and studied the correlation between such composite motifs and biological functions. It was found that the composite motifs had more robust correlation with function than bare structural similarities of interfaces or sequence similarity.
我们对蛋白质的相互作用界面结构进行了详尽的比较和分类,其结果总结为一系列结构基序。特别是,我们发现蛋白质结合界面的结构基序只在同源蛋白质之间共享。这表明,与基于整体折叠的传统方法相比,结构基序可能更好地对应于蛋白质功能。此外,我们通过将存在于每个亚基中的单个结构基序组合在一起来定义“复合基序”,并研究了这种复合基序与生物功能之间的相关性。研究发现,复合模体与功能的相关性比界面的结构相似性或序列相似性更强。
项目成果
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会议论文数量(0)
专利数量(0)
SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping
SeSAW:平衡蛋白质功能图谱中的序列和结构信息
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:5.8
- 作者:Standley;D.M.;Yamashita;R.;Kinjo;A.R.;Nakamura;H.
- 通讯作者:H.
原子レベルの立体構造を通してみるアミノ酸配列と蛋白質機能の関係
从原子级三维结构看氨基酸序列与蛋白质功能的关系
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Daisuke Arinobu;Shuji Tachibanaki;and Satoru Kawamura;橘木修志;山岡弘美・橘木修志・河村悟;金城玲;金城玲
- 通讯作者:金城玲
Geometrics similarities of protein-protein interfaces at atomic resolution are only observed within homologous families : an exhaustive structural classification study
原子分辨率下蛋白质-蛋白质界面的几何相似性仅在同源家族中观察到:详尽的结构分类研究
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:5.6
- 作者:Kinjo;A.R.;Nakamura;H.
- 通讯作者:H.
Functional structural motifs for protein-ligand, protein-protein, and protein-nucleic acid interactions and their connection to supersecondary structures.
蛋白质-配体、蛋白质-蛋白质和蛋白质-核酸相互作用的功能结构基序及其与超二级结构的联系。
- DOI:10.1007/978-1-62703-065-6_18
- 发表时间:2013
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:A. Kinjo;Haruki Nakamura
- 通讯作者:Haruki Nakamura
Exhaustive comparative study of interaction site structures in proteins : Implications for function prediction Biological Data Evaluation Workshop
蛋白质相互作用位点结构的详尽比较研究:对功能预测的影响生物数据评估研讨会
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Daisuke Arinobu;Shuji Tachibanaki;and Satoru Kawamura;橘木修志;山岡弘美・橘木修志・河村悟;金城玲
- 通讯作者:金城玲
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KINJO Akira其他文献
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$ 2.33万 - 项目类别:
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$ 2.33万 - 项目类别:
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17601009 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 2.33万 - 项目类别:
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