モデル生物及び近縁種を用いたフィールドオミクス研究
使用模式生物和相关物种进行现场组学研究
基本信息
- 批准号:11J00749
- 负责人:
- 金额:$ 1.02万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2011
- 资助国家:日本
- 起止时间:2011 至 2012
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
今年度は、(1)前年度に開発した低コスト・ハイスループットRNA-Seq法によるシロイヌナズナ及び近縁種での大量トランスクリプトームデータ取得と、(2)コンロンソウのRNA-Seqを用いた野外環境下における地下茎トランスクリプトーム解析を行った。(1)本研究では大量のトランスクリプトームデータの取得が必要になるが、市販のmA-Seqライブラリ調製キットを用いた場合、およそ5万円/サンプル・10サンプル/週のコスト・労力がかかり多検体の解析は現実的ではない。これを回避するために独自の低コスト・ハイスループットライブラリ調製手法を確立した。各反応ステップにおける反応系容量・精製手法などの見直しと最適化などによって、大幅なコスト・労力の削減が可能となった(2000円/サンプル・100サンプル/週)。この低コスト・ハイスループットRNA-Seq法によって、これまでに野外環境下で収集を進めてきたシロイヌナズナ近縁種のRNA、500サンプル以上のトランスクリプトーム解析を実現した。(2)コンロンソウ(Cardamine luecantha)はシロイヌナズナと同じアブラナ科に属する2倍体野生植物で、日本国内においても広く自生している。このコンロンソウは、地下茎によるクローン生長と、地上葉をつくる栄養生長、花をつける繁殖生長を、季節によって切り替えている。地下茎によるクローン生長は、多くの植物で見られるが、シロイヌナズナでは存在しないため、その分子的解析はほとんど行われていない。そこで、コンロンソウの地下茎や他の組織のトランスクリプトーム解析を行い、分子レベルから地下茎の特徴を明らかにすることを試みた。その結果、地下茎は解剖学的には茎頂分裂組織に由来する器官であるにもかかわらず、トランスクリプトームとしては葉や花といった地上器官よりむしろ根に近いということが明らかとなった。
This year, we have (1) obtained a large number of trackers from various species in the past year using the low-cost RNA-Seq method developed in the previous year, and (2) analyzed the underground stem trackers in the wild environment using Consonant's RNA-Seq. (1)In this study, the analysis of multi-modal analysis was carried out on the basis of a large number of market conditions, such as the need to obtain data, the use of market conditions, and the use of 50,000 yen/service/week. This is the first time I've ever seen a woman. The capacity of each reaction system, the refining method, the optimization, the substantial reduction of the reaction force, and the possibility of reducing the reaction force (2000 yen/service·100 yen/week). The RNA-Seq method was used to analyze the RNA of the near species in the wild environment, and the analysis of the RNA of the above 500 species was realized. (2)Cardamine luecantha is a diploid wild plant belonging to the same family and is native to Japan. The growth of underground stems, the growth of aboveground leaves, the propagation and growth of flowers, and the seasons The growth of underground stems and many plants is not easy to see. The characteristics of the underground stem and its tissues are analyzed in detail, and the molecular characteristics are analyzed in detail. The result is that the underground stem is dissected from the top of the stem, and the organs are divided into two parts.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
天気とトランスクリプトームの関係:イネと統計モデリングを用いて
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- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Hori M;Tanabe Y;Kudoh S;Yamamuro M;永野惇
- 通讯作者:永野惇
Weather and Endogenous Rhythm Govern Transcriptgme in the Field
天气和内源节律控制田间转录
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Tanabe Y;Kudoh S;本多通孝;田邊優貴子;Atsushi J.Nagano
- 通讯作者:Atsushi J.Nagano
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- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Tanabe Y;Hori M;Uchida M;Osono T;Yamamuro M;Kudoh S;永野惇
- 通讯作者:永野惇
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- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Ohashi;K.;D'Souza;D. and Thomson;J. D;永野惇・森長真一
- 通讯作者:永野惇・森長真一
野外環境下のイネ・トランスクリプトームの統計モデリング
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- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Ikezawa N;Gopfert JC;Nguyen DT;Kim SU;O'Maille PE;Spring O;Ro D-K;阪本尚文;永野惇
- 通讯作者:永野惇
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