Development of method to extract drug effect by state space model

状态空间模型提取药效方法的研制

• 批准号: 22700308
• 负责人: YAMAGUCHI Rui
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22700308/
• 关键词: 薬剤効果; 状態空間モデル; 統計的モデリング; システム生物学; バイオインフォマティクス; データ解析

We have developed a methodology based on state-space modeling to extract dynamic drug-effect profile on cellular system from time-course gene expression data taken from cells stimulated by a drug.

我们开发了一种基于状态空间建模的方法，从药物刺激细胞的时间过程基因表达数据中提取细胞系统的动态药物效应谱。

项目成果

Estimation of dynamic drug effects on gene modules from time-course transcriptome data by using state-space model

使用状态空间模型从时程转录组数据估计药物对基因模块的动态影响

• 发表时间: 2012
• 作者: Rui Yamaguchi;他
• 通讯作者: 他

動的予測による遺伝子間制御関係の異常探索

使用动态预测探索基因之间调控关系的异常

• 发表时间: 2010
• 作者: 佐藤健吾;加藤有己;浅井潔;阿久津達也;久保田浩行;柳川堯,荒木由布子;佐藤健吾;Zhuang J.;Narazaki K;山口類
• 通讯作者: 山口類

Sign: large-scale gene network estimation environment for high performance computing.

标志：用于高性能计算的大规模基因网络估计环境。

• DOI: 10.11234/gi.25.40
• 发表时间: 2011
• 期刊: Genome informatics. International Conference on Genome Informatics
• 作者: Y. Tamada;Teppei Shimamura;R. Yamaguchi;S. Imoto;Masao Nagasaki;S. Miyano
• 通讯作者: S. Miyano

Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model

通过状态空间模型预测的差异来识别高维基因调控系统中的差异

• 发表时间: 2011
• 作者: Wang;Q.;Jackson;D. D. and Zhuang;J.;荒木由布子;Kato K;Rui Yamaguchi
• 通讯作者: Rui Yamaguchi

Detection of Systematic Differences in Gene Regulations and Extraction of Gene Signatures by Using State Space Model

利用状态空间模型检测基因调控的系统差异并提取基因特征

• 发表时间: 2010
• 作者: 廣瀬修一;花輪孟;松山泰男;野口保;Rui Yamaguchi
• 通讯作者: Rui Yamaguchi