新規きのこ生産技術確立に寄与する、担子菌共通の子実体原基形成制御遺伝子の探索

本研究の目的は、担子菌類の子実体形成に共通に関わる遺伝子の探索であったが、解析を進めるうちに、担子菌類の遺伝子の多様性が明らかになり、種間の比較を行う際には、充分に吟味された遺伝子のアノテーションデータが必要になることが明らかになった。これまでの研究で、比較的ハラタケ目のきのこでは、多くのゲノム解析、及びトランスクリプトーム解析のデータが蓄積されていたことから、ヒダナシタケ目のきのこで解析を進めることとした。解析に用いる材料は、ヒダナシタケ目のオツネンタケモドキとした。まず始めに、次世代シークエンサーを用いたde novoゲノムアッセンブリを行い、遺伝子予測を行う基礎データを得た(4105scaffolds, N50=64Kb, 0.1% gaps)。得られたゲノムデータを用い、Fgeneshを用いて遺伝子予測を行った。遺伝子予測は、各種担子菌類のデータを参照配列として用いて行った。その結果、13,433遺伝子が予測された。Uniportに登録されているタンパク質のデータベースを用いて、予測された遺伝子の類似性を比較することで、得られた予測遺伝子の信頼性を評価するプログラムを作成した。コンピューター解析と平行して、Super-SAGE解析を同時に進めてきた。子実体成長過程で5段階のサンプルと、菌糸体のサンプル2種類のSuper-SAGE解析した。得られた予測遺伝子を参照配列として用い、Super-SAGEより得られたtag配列がどの遺伝子に相当するかを解析し、オツネンタケモドキの発育ステージで特異的に発現する遺伝子を特定した。また、中国との共同研究において、シイタケ、フクロタケにおける遺伝子発現に関する解析を行った。今後は、共同研究で行った他のきのこ類の遺伝子発現パターンと今回得られた結果を比較することで、担子菌共通に子実体形成に関わる遺伝子を特定し、論文を書く予定である。

本研究の目的は、担子菌類の子実体形成に共通に関わる遺伝子の探索であったが、解析を進めるうちに、担子菌類の遺伝子の多様性が明らかになり、種間の比較を行う際には、充分に吟味された遺伝子のアノテーションデータが必要になることが明らかになった。これまでの研究で、比較的ハラタケ目のきのこでは、多くのゲノム解析、及びトランスクリプトーム解析のデータが蓄積されていたことから、ヒダナシタケ目のきのこで解析を進めることとした。解析に用いる材料は、ヒダナシタケ目のオツネンタケモドキとした。まず始めに、次世代シークエンサーを用いたde novoゲノムアッセンブリを行い、遺伝子予測を行う基礎データを得た(4105scaffolds, N50=64Kb, 0.1% gaps)。得られたゲノムデータを用い、Fgeneshを用いて遺伝子予測を行った。遺伝子予測は、各種担子菌類のデータを参照配列として用いて行った。その結果、13,433遺伝子が予測された。Uniportに登録されているタンパク質のデータベースを用いて、予測された遺伝子の類似性を比較することで、得られた予測遺伝子の信頼性を評価するプログラムを作成した。コンピューター解析と平行して、Super-SAGE解析を同時に進めてきた。子実体成長過程で5段階のサンプルと、菌糸体のサンプル2種類のSuper-SAGE解析した。得られた予測遺伝子を参照配列として用い、Super-SAGEより得られたtag配列がどの遺伝子に相当するかを解析し、オツネンタケモドキの発育ステージで特異的に発現する遺伝子を特定した。また、中国との共同研究において、シイタケ、フクロタケにおける遺伝子発現に関する解析を行った。今後は、共同研究で行った他のきのこ類の遺伝子発現パターンと今回得られた結果を比較することで、担子菌共通に子実体形成に関わる遺伝子を特定し、論文を書く予定である。