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次世代シークエンサーによる新規乳がん関連遺伝子の探索

使用下一代测序寻找新的乳腺癌相关基因

基本信息

批准号：
24501342
负责人：
清谷一馬
金额：
$ 3.33万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24501342/
关键词：
次世代シーケンサーがんゲノム TNBC 変異

项目摘要

乳がんは女性において,罹患率が最も高いがんである.特に生物学的悪性度が高く,予後が悪いトリプルネガティブ乳がん(TNBC : triple-negative breast cancer)はその標的分子が同定されていないため,既存のホルモン療法や抗human EGFR-related2(HER2)療法が効かず,効果的な治療法がないことから,その発症および進展メカニズムの解明,治療法の確立は急務である.本研究では,次世代シークエンサーによるゲノム解析とDNAマイクロアレイによる遺伝子発現解析を組み合わせることにより,トリプルネガティブ乳がんの発症および進展に関与する新規遺伝子を効率的に同定することを目的としている.さらに,それら新規遺伝子を標的とした治療薬を開発することを最終的な目標としている.TNBC12症例のがん細胞および周辺の正常細胞より,ゲノムDNAを抽出し,Illumina HiSeq1000を用いてエクソームシーケンスを行った.得られたシーケンスデータをヒトリファレンスゲノムhg19にマッピングし(がん細胞では115.1×,正常細胞では89.6×),somatic変異を検出した.合計で1,300個以上のsomatic変異を同定した複数の症例で共通して変異の起こっている遺伝子は53遺伝子あり,そのうち8遺伝子では有意に高頻度に変異の起こっていることが明らかになった.これまでの報告で乳がんで高頻度に変異が同定されているTP53遺伝子にも高頻度に変異が同定され,また,乳がんの原因遺伝子であるBRCA1,BRCA2遺伝子にもsomatic変異を同定した.これらの結果を検証するために,追加のTNBC症例およびその他のサブタイプの乳がん症例を用いて,複数の症例で変異の認められた遺伝子およびこれまでに乳がんとの関連が報告されている遺伝子の領域をキャプチャーし,Illumina HiSeq1000でシーケンスを行った.その結果,これまでの報告と同様に,TP53,PIK3CA,NF1などに変異が高頻度に起こっていることが明らかになった.この他にもいくつか,変異の起こっている遺伝子を同定したので,さらなるバリデーション,機能的評価を行っている.

The incidence rate of breast cancer is the highest in women. In particular, the biological nature of TNBC (triple-negative breast cancer) is high, and the target molecules are determined. Existing therapies and anti-human EGFR-related2(HER2) therapies are urgent. This study aims to analyze the next generation of DNA and gene expression in order to determine the identity of the next generation of DNA and gene expression. In addition, the new gene target and treatment for the development of the ultimate goal. TNBC12 cases of cell and peripheral normal cells, must be DNA extraction,Illumina HiSeq1000 for the use of the system. In order to obtain the information, we need to use hg19 to detect the abnormal changes (15.1 × in normal cells, 89.6× in normal cells). Total more than 1,300 somatic variations are the same, multiple cases are common, different origins are common. This report shows that BRCA1, BRCA2 genes have high frequency, high frequency, The results of this study were verified by adding TNBC cases and other cases of breast cancer. The results of this study were verified by Illumina HiSeq1000. The results of this report are the same as those of TP53,PIK3CA,NF1 and high frequency. This is the first time that we've had a chance to get together, and we've had a chance to get together.