Understanding the nitrogen assimilation by the mathematical model in Bacillus subtilis

通过枯草芽孢杆菌的数学模型理解氮同化

• 批准号: 24780072
• 负责人: TAKAHASHI Hiroki
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24780072/
• 关键词: 枯草菌; 窒素同化; 数理モデル

We performed the monitoring of the growth rate of Bacillus subtilis WT and MGB874 strains after adding the nitrogen source. As the results, there were not significant difference between the responses to nitrogen in WT and those in MGB874. Moreover, GeF-Seq analysis for sigA was conducted. We revealed 13 sigA biding sites only in MGB874 strain. Interestingly, sigA was bound to the upper region of glnR, suggesting that the accumulation of glutamic acid in MGB874 would be affected by alternation of sigA profile.

对枯草芽孢杆菌WT和MGB874菌株在添加氮源后的生长速度进行了监测。结果表明，WT和MGB874对氮素的反应差异不显著。此外，还对SIGA进行了全球环境基金序列分析。我们仅在MGB874株中发现了13个SIgA结合位点。有趣的是，SIgA结合到了GLnR的上部区域，这表明MGB874中谷氨酸的积累可能会受到SIgA谱变化的影响。

项目成果

Mathematical modelling towards understanding zinc homeostasis in Escherichia coli

了解大肠杆菌中锌稳态​​的数学模型

• 发表时间: 2012
• 作者: Takahashi H;Oshima T;Clayton SR;Hobman JL;Tobe T;Kanaya S;Ogasawara N;Stekel DJ.
• 通讯作者: Stekel DJ.

数理モデルに触れてみよう

让我们尝试一下数学模型

• 发表时间: 2013
• 期刊: 日本生物工学会.生物工学会誌
• 作者: Manabe K;Kageyama Y;Morimoto T;Shimizu E;Takahashi H;Kanaya S;Ara K;Ozaki K;Ogasawara N.;Aiyada Aroonsri;高橋弘喜
• 通讯作者: 高橋弘喜

[論文発表]

[论文介绍]

Functions of the Hha and YdgT proteins in transcriptional silencing by the nucleoid proteins, H-NS and StpA, in Escherichia coli.

• DOI: 10.1093/dnares/dst008
• 发表时间: 2013-06
• 期刊: DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
• 作者: Ueda T;Takahashi H;Uyar E;Ishikawa S;Ogasawara N;Oshima T
• 通讯作者: Oshima T

数理モデルアプローチによる大腸菌の亜鉛制御機構の解明

使用数学模型方法阐明大肠杆菌中的锌调节机制

• 发表时间: 2013
• 作者: 高橋弘喜,大島拓;Clayton Selina R;Hobman Jon L,戸邉亨,金谷重彦,小笠原直毅;Stekel Dov J.
• 通讯作者: Stekel Dov J.