網羅的ゲノム解析による地域適応メカニズムの解明：適応の分布変遷復元と未来予測

通过全面的基因组分析阐明区域适应机制：重建适应分布变化和未来预测

• 批准号: 14J00456
• 负责人: 岩崎 貴也
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-25 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14J00456/
• 关键词: 系統地理; 適応進化; 適応遺伝子; 気候変動; 地球温暖化; 氷期; 局所適応; RAD-Seq; 地理情報システム; 生態ニッチモデリング; アブラナ科; 温帯; 国際研究者交流; 韓国; ロシア

アブラナ科の草本であるコンロンソウを対象とし、東アジア全体の多地点サンプルについてのゲノムワイドな変異情報を用いることで、地域的な局所適応に関わると思われる適応遺伝子の探索、そして現在・過去・未来環境においてそれらの適応遺伝子が担っていると思われる地域的な局所適応のパターンを地図の形で予測・復元することを目的として研究を行った。今年度はまず、検出した非中立SNPの周辺にある機能遺伝子情報の信頼性を高めるため、コンロンソウドラフトゲノムについて見直しと改善に取り組んだ。短い断片やリピート配列を除いて遺伝子予測解析を行ったが、顕著な改善はみられなかった。コンロンソウの近縁種であるCardamine hirsutaのゲノムが発表されたため、現在はこのゲノムとの比較・検討を行うことで、ゲノム情報の改善に取り組んでいる。更に、非中立SNP近傍にあった機能遺伝子に、タンパク質の機能変化を生み出すような非中立な変異が起こったかを調べるため、リシーケンス解析も行う。こちらについては2017年度中には結果が得られる見込みである。これらの結果を合わせることで、適応的な機能遺伝子について精度の高い解析結果が得られると考えられる。また、GISによる局所適応の地理的パターン予測について、モデルや手法の改善にも取り組んだ。過去の氷期や地球温暖化した未来の環境レイヤーについても整備を行うことができ、前年度や今年度に作成した局所適応の地理的パターン予測に関する統計モデルを投影することができるようになった。現在はまだ予備的な解析しか行うことができていないが、中立な種の分布モデルの変化とは大きく異なる結果が得られつつある。この結果は、気候変動が生物に与える影響を考える際に、種内の適応の変化という新たな側面についての予測を提供することができるため、多方面へ有用な知見を提供できると予想される。

The herbs of the family, the herbs, the herbs of the family, In the past, in the future, the environment has been overhauled by the local government offices in the area of environmental protection. The geography of the city is intended for the purpose of environmental research. This year, this year, the non-neutral SNP system can be used to improve the performance of the system. The short fragments are arranged in the column except for the analysis of the lines and the improvement. We need to know that there are many different kinds of Cardamine hirsuta information in recent years, and that we are now in a better position to improve the quality of the information system. More or less, non-neutral SNP proximity equipment can be used for sub-computers, non-neutral computers can be operated on, and non-neutral machines can be used to determine whether or not a non-neutral computer can be used as a tool. In the middle of 2017, the results showed that there was a significant increase in the number of students. The results of the simulation results show that the results of the high resolution analysis of the accuracy and accuracy of the computer system and the computer system of the computer system have been improved. According to the information of geography, the information of the local government, GIS, and the technology of information management, can improve the performance of the system. In the past two years, the global warming of the earth will affect the environment in the future. in the past year and this year, it has been completed in the past year and this year, and this year has been completed in the past year and this year, and this year has been completed in the past year and this year, which has been completed in the past year and this year. At present, we have obtained the results of the analysis of the equipment, the distribution of the information, the distribution of the information and the results of the results. The results of the experiment, the results of the study, the results, the results, the results and the results.

项目成果

Eco-evolutionary genomic observation for local and global environmental changes. In: Shin-Ichi Nakano, Tetsukazu Yahara, Toru Nakashizuka (eds.) Integrative Observations and Assessments. Chapter 17: 327-337

局部和全球环境变化的生态进化基因组观察。

• 发表时间: 2014
• 作者: Shin-Ichi Morinaga*;Takaya Iwasaki*;Yoshihisa Suyama* (*equal contribution)
• 通讯作者: Yoshihisa Suyama* (*equal contribution)

ゲノム情報を利用した野生植物の適応力多様性評価

利用基因组信息评估野生植物的适应性多样性

• 发表时间: 2016
• 作者: 久保田渉誠;岩崎貴也;三浦憲人;永野惇;花田耕介;松葉史紗子;宮下直;彦坂幸毅;伊藤元己;森長真一
• 通讯作者: 森長真一

植物群集を対象とした遺伝的地域性の保全へ－比較系統地理からのアプローチ

保护植物群落遗传区域性——比较系统发育地理学的方法

• 发表时间: 2016
• 作者: 久保田渉誠;岩崎貴也;三浦憲人;永野惇;花田耕介;松葉史紗子;宮下直;彦坂幸毅;伊藤元己;森長真一;岩崎貴也
• 通讯作者: 岩崎貴也

分子系統地理学に生態ニッチモデリングがもたらす新展開と課題

分子系统发育地理学生态位模型带来的新发展和新挑战

• 发表时间: 2016
• 期刊: 植物地理・分類研究
• 作者: 岩崎貴也;阪口翔太;津田吉晃
• 通讯作者: 津田吉晃

野外における遺伝子発現量の予測

现场基因表达水平的预测

• 发表时间: 2016
• 作者: 岩山幸治;本庄三恵;岩崎貴也;永野惇
• 通讯作者: 永野惇