海浜環境への進出初期段階におけるアブラナ科野生植物ジャニンジンの適応進化

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2022年度は、ロングリードシーケンスによる比較ゲノム解析と、ストレス条件下での栽培実験・遺伝子発現解析のための栽培環境の確立を目的としていた。まず、安定した栽培環境の確立では、ジャニンジンの海浜系統、林床系統の両方について、保存していた種子からの栽培を改めて行い、海浜系統が林床系統に比べて葉や茎が大型になること、海浜系統がロゼットを形成せず、春化処理無しに花芽を形成すること、林床系統の花成には4℃で2ヶ月の春化処理が必要であることなどを確認した。これらの結果は、本研究で着目している海浜系統と林床系統の違いが、可塑性によるものではなく、遺伝的に決まっていることを示唆している。また、比較ゲノム解析の前段階として、栽培系統が純粋な系統であることを確認するための系統判別マーカーの作成を行った。既に得られていた分布域全体でのMIG-seq解析のデータを再解析し、海浜型と林床型で明瞭に分化している領域を探索した。検出した2つの分化領域については栽培系統のDNAについてサンガーシーケンスを行い、現在の栽培系統が交雑系統でないことを確認した。さらにリアルタイムPCRによって簡易なジェノタイピングができるようにマーカー作成も進めている。最後に、純粋な系統であることが確認できた栽培2系統について、高分子ゲノムDNAの抽出に取り組んだ。市販のキットを用い、プロトコルをいくつか改変して試行錯誤することで、ロングリードシーケンスに適した十分な長さの高分子ゲノムDNAを得ることができた。