野生植物の地域適応における遺伝的基盤の解明：次世代シーケンサーによる新展開

阐明野生植物区域适应的遗传基础：利用下一代测序的新进展

• 批准号: 25840139
• 负责人: 岩崎 貴也
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25840139/
• 关键词: 地域適応; 系統地理; 集団遺伝学; 地理情報システム; 進化

本研究は、東アジアに広く分布するアブラナ科の野生植物コンロンソウに着目し、種内の地域適応についての遺伝的基盤の解明や、その地域適応パターンにおける時空間変動の推定を目的として、3年間の計画で開始された。平成25年度は、北海道や中部地方でサンプリングを行い、これまでに極東ロシアや日本列島、韓国で採集したサンプルと合わせた204地点のサンプルについて、次世代シーケンサーを用いたRAD-Seq法による遺伝解析を行った。新たに導入したワークステーションや次世代シーケンサー用ソフトウェアなどを用いてデータ解析を行った結果、1873遺伝子座についてその後の解析に使用可能な種内多型を検出できた。そのうちの507遺伝子座を用いてSTRUCTURE解析などの集団遺伝学的解析を行ったところ、北海道の札幌付近を境にして南北の強い遺伝的分化があること、更にその南北集団内でも地理的にまとまった多数の遺伝子集団が存在していることなどが明らかになった。これは、過去の氷期において、互いに隔離された逃避地が各地に多数存在していたことを示唆している。更に現在、検出できたこの中立な遺伝的分化のパターンを元にし、このパターンから大きく外れる非中立な分布・挙動を示すような遺伝子座の探索を進めている。ここで探索できた遺伝子座の近傍にある機能遺伝子は、この植物における地域適応を担う適応遺伝子である可能性が高いと考えられる。今後はさらに研究を進め、より詳細な適応遺伝子の探索や、GISを用いた地域適応における時空間変動の推定などを行っていく予定であった。しかし、本研究テーマと一部重複する内容で、研究代表者が平成26年度からの日本学術振興会特別研究員に採用されたため、科学研究費補助金の重複受給の規定に従い、平成25年度末で廃止することとなった。今後は、特別研究員奨励費の研究の中で、このテーマについて更に継続して研究を進める。

In this study, the distribution of wild plants in the family, the basic understanding of regional climate, the presumption of time, the presumption of time and space, and the beginning of planning within 3 years. Pingcheng 25, Hokkaido, central local, Hokkaido, Hokkaido, The new model is used to analyze the results of the row in the next-generation system, and the 1873-year-old sub-constellation is used to analyze the results of the next-generation computer. The constellation uses the STRUCTURE analysis to analyze the data of the collection, the Hokkaido Sapporo near the border, the differentiation between the north and the south, and the subset of the geography in the north-south collection. In recent years, most of the places where they have been quarantined, quarantined and evaded from each other have shown signs of instigation. At present, the distribution of non-neutral information in foreign countries shows that the exploration of the sub-constellation of non-neutrality is in progress. In this paper, we explore the possibility that there is a high probability that there is a high probability that the machine can be used in the vicinity of the machine, and that the region of the plant tree will be able to do so. In the future, we will conduct a study, conduct a study, conduct an exploration, and GIS will use a regional, regional, temporal, spatial, temporal, and spatial presumption of motion to predict a prediction. In this study, there is a review of the contents of the project, the representative of the research, the special research staff of the Japanese Academy of Arts and Vibrations Society of Japan in the year 26, and the grant for scientific research. the grant is heavily funded by the regulation program, and Pingcheng ends the year 25 by the end of the year. In the future, special researchers will encourage them to make further progress in the study.

项目成果

大量塩基配列を用いた分子系統地理学－ゲノムワイドな変異解析で野生生物の分布変遷を探る

使用大量碱基序列的分子系统发育地理学 - 通过全基因组突变分析探索野生动物分布的变化

• 发表时间: 2013
• 作者: 西本 完;北岡本光;岩崎貴也
• 通讯作者: 岩崎貴也

比較分子系統地理アプローチで復元する植物群集の分布変遷

使用比较分子系统发育地理学方法重建植物群落分布的变化

• 发表时间: 2013
• 作者: 西本 完;北岡本光;岩崎貴也;岩崎貴也
• 通讯作者: 岩崎貴也