Translation control by noncoding small RNAs in Escherichia coli

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Im Modellorganismus Escherichia coli soll systematisch nach Genen gesucht werden, die durch nichtkodierende RNAs posttranskriptionell reguliert werden. Kleine nichtkodierende, regulatorische RNAs (von hier an: sRNAs) sind in Bakterien schon seit längerem bekannt. Jedoch haben erst kürzliche systematische Suchen, an denen der Antragsteller maßgeblich beteiligt war, gezeigt, dass Bakterien sehr viel mehr sRNAs besitzen als zuvor angenommen. Nach dem jetzigen Stand der Forschung ist davon auszugehen, dass sRNAs eine eigene Klasse bakterieller Stressregulatoren darstellen, und dass die Regulation vorrangig auf der post-transkriptionellen Ebene erfolgt. Allerdings ist nur für einen Bruchteil dieser Moleküle bekannt, welche mRNAs als Zielmoleküle reguliert werden, und welche Wirkmechanismen dieser Regulation zugrunde liegen. Das hier vorgeschlagene Screening mit biochemischen und genetischen Methoden in E. coli soll zunächst mRNAs identifizieren, die auf der Ebene der Translation von sRNAs reguliert werden. Dies schließt die Identifizierung der an der Regulation beteiligten Proteine ein. Darauf sollen für die Regulation erforderliche strukturelle Merkmale der interagierenden RNAs bestimmt werden, um damit globale Vorhersagen für die sRNA-vermittelte Genregulation zu ermöglichen. Es wird erwartet, dass das hier vorgeschlagene Screening sowie dessen Ergebnisse in weitem Umfang auf andere Organismen, insbesondere auf verwandte pathogene Bakterien, übertragbar sind.