Functional analysis of JAK/STAT signalling using genome-wide RNAi

使用全基因组 RNAi 对 JAK/STAT 信号传导进行功能分析

基本信息

  • 批准号:
    5446281
  • 负责人:
  • 金额:
    --
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    德国
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    德国
  • 起止时间:
    2004-12-31 至 2007-12-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

The JAK/STAT signal transduction pathway is involved in development, immunity and disease and has been conserved throughout evolution. While components of both the Drosophila and mammalian JAK/STAT pathway have been characterized by biochemical and genetic means, a number of significant gaps in our understanding of the pathway remain. Here we propose experiments to comprehensively identify the genes involved in poorly understood aspects of pathway signalling using Drosophila as a model system. First, using an available RNAi libary targeting every gene in the fly genome, we will sreen for JAK/STAT components in Drosophila macrophage-like cells. To this end, we have established a reporter gene assays that accurately reflects JAK/STAT pathway activity. We will then re-screen the potentially interacting genes identified during the initial screen to determine those directly implicated in our specific fields of research. These interacting genes will be evaluated and prioritized before analysis using genetic and biochemical experiments. Martin Zeidler will further identify genes involved in upstream processes of ligand modification, secretion, receptor binding and internalisation. This will employ a GFP-tagged ligand which can be visualised both in cultured cells in vivo. Mutations in the genes affecting these processes will be analysed to determine their interactions with JAK/STAT dependent phenotypes in vivo. Michael Boutros will analyze newly identified genes for their role during innate immunity. JAK/STAT signalling have been implicated by us as part of the Drosophila innate immune response, although its in vivo function remains poorly understood. Loss-of-function phenotypes of novel components will be studied in vitro.
JAK/STAT信号转导通路参与发育、免疫和疾病,并在整个进化过程中被保守。虽然果蝇和哺乳动物的JAK/STAT通路的组成部分已经通过生化和遗传手段进行了表征,但我们对该通路的理解仍然存在许多重大空白。在这里,我们提出以果蝇为模型系统的实验,以全面确定参与途径信号传导的鲜为人知的方面的基因。首先,利用针对果蝇基因组中每个基因的可用RNAi文库,我们将筛选果蝇巨噬细胞样细胞中的JAK/STAT成分。为此,我们建立了准确反映JAK/STAT通路活性的报告基因检测方法。然后,我们将重新筛选在初始筛选中确定的潜在相互作用基因,以确定那些直接涉及我们特定研究领域的基因。这些相互作用的基因将被评估和优先级分析之前,使用遗传和生化实验。Martin Zeidler将进一步确定参与配体修饰、分泌、受体结合和内化上游过程的基因。这将采用gfp标记的配体,可以在体内培养的细胞中可视化。将分析影响这些过程的基因突变,以确定它们与体内JAK/STAT依赖表型的相互作用。迈克尔·布特罗斯将分析新发现的基因在先天免疫中的作用。我们认为JAK/STAT信号是果蝇先天免疫应答的一部分,尽管其在体内的功能仍然知之甚少。将在体外研究新成分的功能丧失表型。

项目成果

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