牛のMHC領域のシークエンシングによる乳房炎抵抗性遺伝子の探索と新規防除法の開発

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ウシのmajor histocompatibility complex（MHC）クラスⅡ遺伝子のBoLA-DRB3は牛白血病や乳房炎などと関連があることが報告されているが、その他のBoLAクラスII遺伝子では遺伝子間の相同性が極めて高度であるなどの問題から詳細なアリル情報が不足しており正確な関連を精査することができていなかった。そこで前課題においてゲノムDNAは親子関係のない127頭のホルスタインゲノムを用いてcopy number variation (CNV)解析およびnext generation sequencing (NGS)解析を用いて、BoLA-DQA2 (DQA2)、BoLA-DQB (DQB2)、BoLA-DQA5 (DQA5)、BLA-DQB (DQB1)、LOC100848815 (DQA1)および BoLA-DRB3 (DRB3)におけるコピー数とアリルを組み合わせて完全なMHCクラスⅡアリルを同定し、そのハプロタイプ構造を同定した。しかしながら、いまだこれらの領域をシークエンシングすることは困難であるため、本課題では最初のステップとしてウシのMHC領域を簡便にジェノタイピングする方法を開発した。Single nucleotide polymorphism (SNP)アレイのデータを用いたBoLAアリルをインピュテーションする手法を開発した。さらに公的データベースに登録されている全ゲノムシークエンシング(WGS)データを用いて、MHCクラスⅡ遺伝子のジェノタイピングするためのリファレンスパネルを構築し、上記インピュテーションの精度を検証した。今後これらの手法を用いて効率的に乳房炎抵抗性遺伝子の探索を行い新規防除法の開発を進めていく。