牛のMHC領域のシークエンシングによる乳房炎抵抗性遺伝子の探索と新規防除法の開発

通过对奶牛 MHC 区域进行测序，寻找乳腺炎抗性基因并开发新的控制方法

• 批准号: 22K05978
• 负责人: 福永 航也
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Institute of Health Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05978/
• 关键词: ウシ; 乳房炎; ゲノム; MHC; 遺伝的多様性; WGS; CNV

ウシのmajor histocompatibility complex（MHC）クラスⅡ遺伝子のBoLA-DRB3は牛白血病や乳房炎などと関連があることが報告されているが、その他のBoLAクラスII遺伝子では遺伝子間の相同性が極めて高度であるなどの問題から詳細なアリル情報が不足しており正確な関連を精査することができていなかった。そこで前課題においてゲノムDNAは親子関係のない127頭のホルスタインゲノムを用いてcopy number variation (CNV)解析およびnext generation sequencing (NGS)解析を用いて、BoLA-DQA2 (DQA2)、BoLA-DQB (DQB2)、BoLA-DQA5 (DQA5)、BLA-DQB (DQB1)、LOC100848815 (DQA1)および BoLA-DRB3 (DRB3)におけるコピー数とアリルを組み合わせて完全なMHCクラスⅡアリルを同定し、そのハプロタイプ構造を同定した。しかしながら、いまだこれらの領域をシークエンシングすることは困難であるため、本課題では最初のステップとしてウシのMHC領域を簡便にジェノタイピングする方法を開発した。Single nucleotide polymorphism (SNP)アレイのデータを用いたBoLAアリルをインピュテーションする手法を開発した。さらに公的データベースに登録されている全ゲノムシークエンシング(WGS)データを用いて、MHCクラスⅡ遺伝子のジェノタイピングするためのリファレンスパネルを構築し、上記インピュテーションの精度を検証した。今後これらの手法を用いて効率的に乳房炎抵抗性遺伝子の探索を行い新規防除法の開発を進めていく。

The BoLA-DRB3 gene of Bovine Leukemia and Mastitis is a major histocompatibility complex (MHC). The BoLA-DRB3 gene of Bovine Leukemia and Mastitis is a major histocompatibility complex (MHC). The BoLA gene of Bovine Leukemia and Mastitis is a major histocompatibility complex. The previous topic included the use of copy number variation (CNV) analysis and next generation sequencing (NGS) analysis, BoLA-DQA2 (DQA2), BoLA-DQB (DQB2), BoLA-DQA 5 (DQA5), BLA-DQB (DQB 1), The combination of the number of PCs and sensors in the LOC100848815 (DQA1) and the BoLA-DRB3 (DRB3) has completely unified the MHC ClarusII sensor and the same Happotarfi structure. The problem is to develop a simple method for solving problems in the MHC domain. Single nucleotide polymorphism (SNP) has been developed in the field of DNA sequencing. In addition, the full range of WGS (WGS) data is used in the public data entry system, and the MHC class II data entry system is used to construct and verify the accuracy of the WGS data entry system. In the future, we will explore new methods to prevent mastitis resistance and develop new methods to prevent it.

项目成果

corePGseq: a targeted sequencing panel of 18 pharmacogenes including 4 HLA genes and essential non-coding regions

corePGseq：18 个药物基因的靶向测序面板，包括 4 个 HLA 基因和必需非编码区

• 发表时间: 2022
• 作者: Langlois Alec W.R.;El-Boraie Ahmed;Fukunaga Koya;Mushiroda Taisei;Kubo Michiaki;Lerman Caryn;Knight Jo;Scherer Steven E.;Chenoweth Meghan J.;Tyndale Rachel F.;Koya Fukunaga,Taisei Mushiroda
• 通讯作者: Koya Fukunaga,Taisei Mushiroda

Genotyping, characterization, and imputation of known and novel CYP2A6 structural variants using SNP array data.

使用 SNP 阵列数据对已知和新型 CYP2A6 结构变体进行基因分型、表征和插补。

• DOI: 10.1038/s10038-023-01148-y
• 发表时间: 2023
• 期刊: Journal of human genetics
• 影响因子: 3.5
• 作者: Langlois,AlecWR;El-Boraie,Ahmed;Pouget,JennieG;Cox,LisaSanderson;Ahluwalia,JasjitS;Fukunaga,Koya;Mushiroda,Taisei;Knight,Jo;Chenoweth,MeghanJ;Tyndale,RachelF
• 通讯作者: Tyndale,RachelF

Accuracy and applications of sequencing and genotyping approaches for CYP2A6 and homologous genes.

• DOI: 10.1097/fpc.0000000000000466
• 发表时间: 2022-06-01
• 期刊: PHARMACOGENETICS AND GENOMICS
• 影响因子: 2.6
• 作者: Langlois, Alec W. R.;El-Boraie, Ahmed;Fukunaga, Koya;Mushiroda, Taisei;Kubo, Michiaki;Lerman, Caryn;Knight, Jo;Scherer, Steven E.;Chenoweth, Meghan J.;Tyndale, Rachel F.
• 通讯作者: Tyndale, Rachel F.