牛のMHC領域のシークエンシングによる乳房炎抵抗性遺伝子の探索と新規防除法の開発

通过对奶牛 MHC 区域进行测序，寻找乳腺炎抗性基因并开发新的控制方法

• 批准号: 22K05978
• 负责人: 福永 航也
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Institute of Health Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05978/
• 关键词: ウシ; 乳房炎; ゲノム; MHC; 遺伝的多様性; WGS; CNV

ウシのmajor histocompatibility complex（MHC）クラスⅡ遺伝子のBoLA-DRB3は牛白血病や乳房炎などと関連があることが報告されているが、その他のBoLAクラスII遺伝子では遺伝子間の相同性が極めて高度であるなどの問題から詳細なアリル情報が不足しており正確な関連を精査することができていなかった。そこで前課題においてゲノムDNAは親子関係のない127頭のホルスタインゲノムを用いてcopy number variation (CNV)解析およびnext generation sequencing (NGS)解析を用いて、BoLA-DQA2 (DQA2)、BoLA-DQB (DQB2)、BoLA-DQA5 (DQA5)、BLA-DQB (DQB1)、LOC100848815 (DQA1)および BoLA-DRB3 (DRB3)におけるコピー数とアリルを組み合わせて完全なMHCクラスⅡアリルを同定し、そのハプロタイプ構造を同定した。しかしながら、いまだこれらの領域をシークエンシングすることは困難であるため、本課題では最初のステップとしてウシのMHC領域を簡便にジェノタイピングする方法を開発した。Single nucleotide polymorphism (SNP)アレイのデータを用いたBoLAアリルをインピュテーションする手法を開発した。さらに公的データベースに登録されている全ゲノムシークエンシング(WGS)データを用いて、MHCクラスⅡ遺伝子のジェノタイピングするためのリファレンスパネルを構築し、上記インピュテーションの精度を検証した。今後これらの手法を用いて効率的に乳房炎抵抗性遺伝子の探索を行い新規防除法の開発を進めていく。

据报道，Bola-DRB3是一种主要的组织相容性复合物（MHC）II类基因，与牛白血病和乳腺炎有关，但由于其他Bola II类基因的基因之间的同源性极高的问题，因此缺乏详细的等位基因信息，并且尚未检查过准确的关联。因此，在先前的任务中，使用127个没有亲子关系的霍尔斯坦基因组结合拷贝数变化（CNV）和下一代测序（NGS）分析（NGS）分析，以结合完整的MHC II类等位基因，结合拷贝数（CNV）分析（CNV）分析（CNV）分析（CNV）分析（NGS）分析（NGS）分析（NGS）分析型结构。但是，由于仍然很难对这些区域进行测序，因此该任务开发了一种方便牛MHC区域的基因分型的方法。我们已经使用来自单个核苷酸多态性（SNP）阵列的数据开发了一种用于插入BOLA等位基因的方法。此外，使用在公共数据库中注册的整个基因组测序（WGS）数据构建了用于MHC II类基因的基因分型的参考面板，并验证了上述推定的准确性。将来，我们将使用这些方法有效地搜索抗乳腺炎抗性基因并开发新的控制方法。

项目成果

corePGseq: a targeted sequencing panel of 18 pharmacogenes including 4 HLA genes and essential non-coding regions

corePGseq：18 个药物基因的靶向测序面板，包括 4 个 HLA 基因和必需非编码区

• 发表时间: 2022
• 作者: Langlois Alec W.R.;El-Boraie Ahmed;Fukunaga Koya;Mushiroda Taisei;Kubo Michiaki;Lerman Caryn;Knight Jo;Scherer Steven E.;Chenoweth Meghan J.;Tyndale Rachel F.;Koya Fukunaga,Taisei Mushiroda
• 通讯作者: Koya Fukunaga,Taisei Mushiroda

Genotyping, characterization, and imputation of known and novel CYP2A6 structural variants using SNP array data.

使用 SNP 阵列数据对已知和新型 CYP2A6 结构变体进行基因分型、表征和插补。

• DOI: 10.1038/s10038-023-01148-y
• 发表时间: 2023
• 期刊: Journal of human genetics
• 影响因子: 3.5
• 作者: Langlois,AlecWR;El-Boraie,Ahmed;Pouget,JennieG;Cox,LisaSanderson;Ahluwalia,JasjitS;Fukunaga,Koya;Mushiroda,Taisei;Knight,Jo;Chenoweth,MeghanJ;Tyndale,RachelF
• 通讯作者: Tyndale,RachelF

Accuracy and applications of sequencing and genotyping approaches for CYP2A6 and homologous genes.

• DOI: 10.1097/fpc.0000000000000466
• 发表时间: 2022-06-01
• 期刊: PHARMACOGENETICS AND GENOMICS
• 影响因子: 2.6
• 作者: Langlois, Alec W. R.;El-Boraie, Ahmed;Fukunaga, Koya;Mushiroda, Taisei;Kubo, Michiaki;Lerman, Caryn;Knight, Jo;Scherer, Steven E.;Chenoweth, Meghan J.;Tyndale, Rachel F.
• 通讯作者: Tyndale, Rachel F.