Structural variant analysis in patients with congenital anomalies using whole-genome mapping

使用全基因组作图对先天性异常患者进行结构变异分析

• 批准号: 22K07835
• 负责人: 榎本 友美
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Kanagawa Children's Medical Center (Clinical Research Institute)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07835/
• 关键词: Whole-Genome Mapping; 先天性疾患; 複雑構造変異; 未診断症例; リピート変異

Whole-Genome Mapping (WGM)はゲノム構造変異を高精度に検出できる新しい手法であり、本研究ではこの技術を用いて先天性疾患患者の複雑構造異常の解析を行う。WGMは検出法の違いで技術的に２種類にわけられる。光学的手法を使用しているのがBionano Genomics社のSaphyr Systemであり（オプティカルゲノムマッピング）、電気的手法を使用しているのがNabsys社のHD-Mapping Systemである。WGMは米国では既によく知られた手法だが、国内ではまだほとんど行われていない。今年度はNabsys社のHD-Mapping Systemを使用し、１検体の解析を行った。G分染とCGHマイクロアレイを用いた解析で既に複雑な構造変異が確認されているがその詳細が不明な患者である。以下3点に注目して解析を行った。①既に確認されている転座が検出可能か、②転座の切断点に欠失や重複等があった場合検出可能か、③先行解析方法では検出できない潜在的な構造変異が検出可能か。①については２か所の転座については検出できたが１か所については今回のデフォルトの検出パラメータを使用した解析では検出されなかった。今後パラメータ等の検討が必要と思われる。②については切断点付近の欠失がいくつか検出されたが欠失のサイズがCGHアレイと大きく異なる場合もあり、現在原因を検討中である。ゲノムアセンブリの精度等も影響すると思われる。③については多くの構造変異が検出されたがfalse positiveも含まれると思われる。現時点ではHD-Mapping Systemのデータを視覚的に確認するviewer等のツールが国内で提供されておらず、false positive等の判定が難しい。今後そのようなツールも必要になると思われる。

Whole - Genome Mapping (WGM) は ゲ ノ ム - different structures を high-precision に 検 out で き る new し い gimmick で あ り, this study で は こ を の technology with い て congenital disorders secondary の 雑 tectonic anomaly の う を line. WGM 検 is a type of に2 にわけられる that violates the <s:1> で technology. Optical methods use を し て い る の が Bionano Genomics club の Saphyr System で あ り (オ プ テ ィ カ ル ゲ ノ ム マ ッ ピ ン グ), use electric 気 gimmick を し て い る の が Nabsys club の HD - Mapping System で あ る. In the United States, で で is the によく that is familiar with られた techniques だが, while in China, で で まだほとん まだほとん まだほとん まだほとん practices われて な な な. This year, 検 Nabsys' <s:1> HD-Mapping Systemを uses 検 and 1検 body <s:1> to resolve を lines った. G points to dye と CGH マ イ ク ロ ア レ イ を with い た parsing で に after both 雑 な - different structures が confirm さ れ て い る が そ の detailed が patients with unknown な で あ る. The following three points に pay attention to て analyze the を line った. (1) both に confirm さ れ て い る planning a が 検 か potential, (2) planning の cutoff point losing や repeat on に owe が あ っ た 検 か potential, (3) first parsing methods で は 検 out で き な い potential - different structures な が 検 か potential. 1) に つ い て は 2 か の planning a に つ い て は 検 out で き た が 1 か に つ い て は today back の デ フ ォ ル ト の 検 out パ ラ メ ー タ を use し た parsing で は 検 out さ れ な か っ た. In the future, パラメ, パラメ, タ, etc. <s:1> 検 will discuss が and it is necessary と to think about われる. (2) に つ い て は cutoff point pay nearly lost の owe が い く つ か 検 out さ れ た が owe lost の サ イ ズ が CGH ア レ イ と big き く different な る occasions も あ り, now why を 検 beg in で あ る. Youdaoplaceholder0 ブリ ブリ The precision of the cue and other ゲノムアセ affect すると thinking われる. ③に に に て て が検 multiple く <s:1> structural variations が検 out されたがfalse positive に contains まれると thoughts われる. Now point で は HD - Mapping System の デ ー タ を regards 覚 に confirm す る viewer etc. の ツ ー ル が domestic で さ れ て お ら ず, false positive の determine が difficult し い. In the future, そ, そ, ような, そ, ような, ような, ような, will be necessary to になると and われる.