Structural variant analysis in patients with congenital anomalies using whole-genome mapping

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Whole-Genome Mapping (WGM)はゲノム構造変異を高精度に検出できる新しい手法であり、本研究ではこの技術を用いて先天性疾患患者の複雑構造異常の解析を行う。WGMは検出法の違いで技術的に２種類にわけられる。光学的手法を使用しているのがBionano Genomics社のSaphyr Systemであり（オプティカルゲノムマッピング）、電気的手法を使用しているのがNabsys社のHD-Mapping Systemである。WGMは米国では既によく知られた手法だが、国内ではまだほとんど行われていない。今年度はNabsys社のHD-Mapping Systemを使用し、１検体の解析を行った。G分染とCGHマイクロアレイを用いた解析で既に複雑な構造変異が確認されているがその詳細が不明な患者である。以下3点に注目して解析を行った。①既に確認されている転座が検出可能か、②転座の切断点に欠失や重複等があった場合検出可能か、③先行解析方法では検出できない潜在的な構造変異が検出可能か。①については２か所の転座については検出できたが１か所については今回のデフォルトの検出パラメータを使用した解析では検出されなかった。今後パラメータ等の検討が必要と思われる。②については切断点付近の欠失がいくつか検出されたが欠失のサイズがCGHアレイと大きく異なる場合もあり、現在原因を検討中である。ゲノムアセンブリの精度等も影響すると思われる。③については多くの構造変異が検出されたがfalse positiveも含まれると思われる。現時点ではHD-Mapping Systemのデータを視覚的に確認するviewer等のツールが国内で提供されておらず、false positive等の判定が難しい。今後そのようなツールも必要になると思われる。