非アルコール性脂肪肝障害の発症・進行に関連する遺伝素因と環境因子の解析

非酒精性脂肪肝发病进展相关的遗传易感性和环境因素分析

• 批准号: 26460999
• 负责人: 北本 卓也
• 金额: $ 3.16万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26460999/
• 关键词: ゲノム; 次世代シーケンサー; 非アルコール性脂肪肝疾患; エピゲノム

ゲノムワイド相関解析（GWAS）と次世代シーケンサーを用いたターゲットリシーケンスにより同定した約100kbの非アルコール性脂肪肝疾患（NAFLD）感受性領域内に存在する4ヶ所のCpG island（CpG99、CpG71、CpG26、CpG101）の解析を行った。NAFLD患者65名から採取した肝生検の組織からゲノムを抽出し、バイサルファイト処理後、特異的なPCRプライマーを設計して4ヵ所のCpG islandを増幅した。次世代シーケンサーを行った後リファレンス配列にマッピングを行い、各CpG islandのメチル化率を測定した。その結果PARVB variant1の上流に位置するCpG26でNAFLDの繊維化に伴いメチル化率が低下していることを見出した。一方PNPLA3の上流に位置するCpG99では繊維化に伴いメチル化率が増加していることを見出し、さらにPNPLA3の発現が低下していることを見出した。CpG99のメチル化率の変化はPNPLA3上のI148M多型のリスク型（MM）で顕著であり、IM型及びII型では繊維化によるメチル化率やPNPLA3の発現の有意な変化は認められなかった。CpG26のメチル化率低下はどちらの遺伝子型でも認められた。さらにCpG26のメチル化率低下とCpG99のメチル化率増加はC型肝炎での繊維化にも関連していることを見出した。これらのことから肝臓疾患における繊維化においてこの2ヶ所のCpG islandのメチル化率の変化が重要であること、またNAFLDにおけるCpG islandのメチル化率は遺伝子多型により影響を受けることを示し、論文報告を行った。DNAメチル化チップを用いて48名のNAFLD患者の肝臓ゲノムのメチル化解析をゲノムワイドに行い解析した。またDNAメチル化チップ解析を行った48名を含む53名の同じ肝臓組織より抽出したRNAを用いて次世代シーケンスを行った。NAFLD発症に重要な因子であるアディポネクチン値とインスリン抵抗性に関して、ADIPOQ遺伝子上のSNPが女性においてのみ関連していることを示し論文報告を行った。

The analysis of CpG islands (CpG99, CpG71, CpG26, CpG101) in the susceptibility domain of non-fatty liver disease (NAFLD) GWAS carried out at the same time. 65 patients with NAFLD were selected from the group consisting of four CpG island. The next generation of CpG island As a result, the upstream position of PARVB variant1 was CpG26, and the maintenance rate of NAFLD was lower than that of the control group. In one case, CpG99 in the upstream position of PNPLA3 was found to increase the dimensionalization rate and decrease the occurrence rate of PNPLA3. CpG99 is a polytype of PNPLA3. The change of CpG 99 is a polytype of PNPLA3. The change of CpG 99 is a polytype of PNPLA3. The change of CpG 99 is a polytype. CpG26 has a low conversion rate. The decrease of CpG26 and the increase of CpG99 are related to the maintenance of hepatitis C. This paper reports the importance of CpG island conversion rate in liver disease, NAFLD, CpG island conversion rate, and the influence of sub-polymorphism. DNA sequencing was used to analyze liver samples from 48 patients with NAFLD. DNA analysis was performed on 48 individuals, including 53 individuals from the same group. NAFLD development factors are important, and SNPs on ADIPOQ genes are associated with female.

项目成果

非アルコール性脂肪肝炎感受性領域の次世代シークエンサーによるターゲットリシークエンス

使用下一代测序仪对非酒精性脂肪性肝炎易感区域进行靶向重测序

• 发表时间: 2014
• 作者: 堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,上野隆登,兵庫秀幸,越智秀典,茶山一彰,中島淳

Targeted next-generation sequencing and fine linkage disequilibrium mapping reveals association of PNPLA3 and PARVB with the severity of nonalcoholic fatty liver disease

• DOI: 10.1038/jhg.2014.17
• 发表时间: 2014-05-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Kitamoto, Takuya;Kitamoto, Aya;Hotta, Kikuko
• 通讯作者: Hotta, Kikuko

GCKR、TRIB1の遺伝子多型とメタボリックシンドローム及び非アルコール性脂肪肝疾患との関連

GCKR、TRIB1基因多态性与代谢综合征、非酒精性脂肪肝的关系

• 发表时间: 2014
• 作者: Kitamoto T;Kitamoto A;Ogawa Y;Honda Y;Imajo K;Saito S;Yoneda M;Nakamura T;Nakajima A;Hotta K.;堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,上野隆登,兵庫秀幸,越智秀典,茶山一彰,中島淳
• 通讯作者: 堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,上野隆登,兵庫秀幸,越智秀典,茶山一彰,中島淳

非アルコール性脂肪肝疾患（NAFLD）のエピゲノム解析

非酒精性脂肪肝（NAFLD）的表观基因组分析

• 发表时间: 2015
• 作者: 佐藤亮介;伊藤祐奈;喜多綾子;萩原加奈子;谷時雄;杉浦麗子;堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,中島淳
• 通讯作者: 堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,中島淳

非アルコール性脂肪肝疾患感受性領域の次世代シークエンサーによるターゲットリシークエンス

使用下一代测序仪对非酒精性脂肪肝易感区域进行靶向重测序

• 发表时间: 2014
• 作者: 石田紘基;萩原加奈子;水庫彩;八百麻里子;岡田千聖;高塚三恵;北井佑樹;喜多綾子;益子高;松野純男;千葉健治;杉浦麗子;堀田紀久子,北本卓也,北本綾,兵庫秀幸,越智秀典,上野隆登,茶山一彰,米田正人,小川裕二,中島淳
• 通讯作者: 堀田紀久子,北本卓也,北本綾,兵庫秀幸,越智秀典,上野隆登,茶山一彰,米田正人,小川裕二,中島淳