NMRによるRNAの運動性解析手法の開発

开发使用 NMR 的 RNA 运动分析方法

• 批准号: 08878107
• 负责人: 河合 剛太
• 金额: $ 1.15万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08878107/
• 关键词: RNA; NMR; 安定同位体; 運動性; 選択的標識

RNAの構造と機能の関係を明らかにするためには,RNA分子の運動性を解析することが必要である.しかしながら,現在のところRNA分子中の個々の残基の運動性を定量的に評価する方法は,確立されていない.そこで,本研究はRNAの各残基にその運動性を評価するためのプローブを導入する方法を開発した.現在のところ,分子の局所的な運動性を解析する手法としては,NMRがもっとも優れている.本研究では,RNAのリボースのC1'位を選択的に^<13>C核で標識する方法を考察し,実現した.これによって,残基あたり1つの^<13>C核のNMRシグナルを観測することが可能であり,その緩和速度を解析することによって,運動性の評価を定量的に行うことが可能である.C1'位選択的な標識を行うために,大腸菌の変異株MT1222を作成した.この大腸菌株では,培地中に栄養分として加えたグルコースをペントースリン酸経路のみによって代謝する.核酸のリボースはこの経路から生合成されるので,その原料としてのグルコースに位置選択的な標識を導入しておけば,生産されるリボースにも位置選択的に標識が導入されることになる.通常の大腸菌を用いた場合には,グルコースが主に解糖系によって代謝されるため,位置選択的に標識したグルコースを用いても,解糖系で分解・再合成を繰り返すために標識が分散し,希釈されてしまう.この点で,本研究によって開発した手法は優れている.本研究では,実際にこの大腸菌株を用いて大量培養を行い,細胞中に存在する転移RNA(tRNA)を単離精製した.このtRNAについて13C-1H NMRスペクトルを測定したところ,標識されたC1'に結合した1Hのシグナルを選択的に観測できることがわかった.今後,この手法によって15〜20残基程度のRNAを調製し,運動性解析を行う予定である.

The structural and functional relationships between RNA molecules are clear and necessary. Methods for quantitative evaluation of the mobility of residues in RNA molecules have been established. In this study, we developed a new method for evaluating the mobility of RNA residues. Now,NMR is the best way to analyze the mobility of molecules. In this study, we investigated the method of C nuclear labeling for RNA expression at C1'site<13>. For this reason, <13>the residues are not detected by NMR, and the mobility is evaluated quantitatively. For this reason, the residues are not detected by NMR. For this reason, it is possible to detect the residues by NMR. For this reason, it is possible to detect the residues by NMR. For this reason, it is possible to detect the residues by NMR. The E. coli strain was cultured in the medium and the acid pathway was metabolized. Nucleic acid is produced in the same way as the nucleic acid is produced in the same way as the nucleic acid. In general, E. coli is used in many cases, such as in the main hydrolysis system, metabolism, location selection, identification, use, decomposition and re-synthesis of the hydrolysis system, identification, dispersion, etc. This study aims to develop a new approach to the study. In this study, the E. coli strains were cultured in large quantities, and the RNA(tRNA) was isolated and purified. 13C-1H NMR was used to detect and label C1', C1', C In the future, this method will be used to modulate RNA at the level of 15 ~ 20 residues, and the kinetic analysis will be determined.