安定同位体を利用したNMRによるRNAの立体構造解析法の開発

开发使用稳定同位素通过核磁共振分析RNA三维结构的方法

• 批准号: 04226203
• 负责人: 河合 剛太
• 金额: $ 1.15万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1992
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1992 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-04226203/
• 关键词: RNA; NMR; 立体構造解析; 安定同位体標識; tRNA

[1]複合標識オリゴヌクレオチドの調製 D-グルコース-^<13>C_6、塩化アンモニウム-^<15>Nを含む合成培地を用いて大腸菌を培養し、複合標識RNAを得た。これをRNaseT_1によって分解し、これまでに、^<13>C、^<15>Nによって複合標識されたモノヌクレオチド(Gp)およびジヌクレオチド(ApGp)を単離精製した。[2]核磁気共鳴の手法の開発 [1]で得られた複合標識ヌクレオチド(Gp、ApGpなど)を用いて、二重共鳴および三重共鳴NMRの測定を行うことにより、^<13>Cおよび ^<15>N核の化学シフトあるいは異核種間のスピン結合定数を決定することができた。[3]複合標識tRNAの立体構造解析 D-2-^<13>C-グルコース、塩化アンモニウム-^<15>Nを含む合成培地を用いて大腸菌を培養し、得られた菌体よりリボースの1'位が選択的 ^<13>C標識され、さらに ^<15>Nによって均一に標識されたtRNAを抽出し、HPLCをもちいてグルタミン酸に特異的なtRNA(tRNa^<Glu>)を精製した。得られた複合標識tRNA^<Glu>を用いて、H1'のNMRシグナルのみを選択的に観測する実験を行い、さらに、それを ^<13>C核の化学シフトで展開した二次元スペクトルを測定することに成功した。今後は、このようなtRNAを用いて、リボースシグナルの分解能を向上させ、それらの帰属、さらには構造情報を抽出を行う予定である。

[1]The compound <13><15>marker RNA was obtained by culture of Escherichia coli in the presence of compound marker RNA. This RNaseT_1 is divided into components, and the composite standards of ^<13>C and ^<15>N are separately refined. [2]The development of NMR techniques [1] has resulted in the determination of the binding number of the compound identifier (Gp, ApGp), the double resonance and the triple resonance NMR<13><15>. [3]D-2-C-3-D-2 - 2<13><15><13><15>-D-2 - 3-D-3-D-4-D-3-D-4-D<Glu>- The <Glu>results showed that H1 NMR was successful in detecting the complex tRNA<13>. In the future, the use of tRNA, the decomposition of tRNA, the extraction of tRNA, the extraction tRNA, the extraction of tRNA, the extraction of tRNA, the

项目成果

Kawai,G.: "Conformational rigidity of specific pyrimidine residues in tRNA arises from posttranscriptional modifications that enhance steric interaction between the base and the 2'-hydroxyl group" Biochemistry. 31. 1040-1046 (1992)

Kawai,G.：“tRNA 中特定嘧啶残基的构象刚性源自转录后修饰，增强了碱基和 2-羟基之间的空间相互作用”《生物化学》。

Kawai,G.: "Conformational rigidity of N^4-acetyl-2'-O-methylcytidine found in tRNA of extremely thermophilic archaebacteria (Archaea)" Nucleosides & Nucleotides. 11. 759-771 (1992)

Kawai,G.：“在极端嗜热古细菌（古细菌）的 tRNA 中发现 N^4-乙酰基-2-O-甲基胞苷的构象刚性”