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文字配列の情報解析

字符数组信息分析

基本信息

批准号：
09874043
负责人：
尾畑伸明
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至 1998
项目状态：
已结题

项目摘要

研究テーマに掲げている配列はDNAの塩基配列、タンパク質のアミノ酸配列などの生物情報に関連するもの、文章などの文字配列の解析を通じて言語学にアプローチするものなどが念頭にある。本研究による大きな収穫は、そのような配列の解析の新しい手法として「色彩パターン化法」を開発し、特許出願(日本・アメリカ・ヨーロッパ)したことである。これは、1次元配列を2次元に再配列して、各文字ごとに特定の配色を与え、全体を一つの情報媒体として解析しようとするものである。これによって、大腸菌のDNA配列の中に比較的長い(100〜500)周期をもつリピート部位が効率よく発見された。このような反復部位は、通常、機械的には発見されにくいので、方法論として関心を呼んでいる。なお、その反復部位の生体内での役割には不明な点が多い。ついでながら、この方法は科学と芸術の出会いに貢献したということで98年度ロレアル奨励賞を受賞した。配列の類似性に関しては、霊長類のDNAの特定部位を比較したデータによって進化系統樹の研究を開始している。なお、類似性を数量化する良い方法は見つかっていない。文章の解析では、連続する母音の分布の解析を通して、日本語にかぎらず、諸外国語を同様の方法で解析し比較することが、一つの研究方向として興味深いであろうという感触を得た。萌芽的研究として出発したが、新しい解析方法が確立しつつあり、一方では、研究の具体的方向性も出てきたのが収穫であった。研究成果は、遺伝学会・生物物理学会・情報理論とその応用シンポジウム(SITA98)・名城大学学術フロンティア国際会議・統計数理研究所研究会などで発表し、複数の論文が印刷準備中または発表予定となっている。

Study on the relationship between DNA base alignment, DNA base alignment, DNA In this study, a new method for analyzing color distribution was developed and licensed. The first element is arranged in the second element. The second element is arranged in the third element. The third element is arranged in the fourth element. The fourth element is arranged in the fourth element. The DNA sequence of E. coli was compared with the length (100 ~ 500) of the cycle. The repeated parts of the machine, the usual, the mechanical, the methodological, the concern. The number of points in the repeated parts of the organism is unknown. In 1998, he was rewarded for his contribution to science and technology. Comparison of specific sites of DNA related to alignment and phylogenetic tree research A good way to quantify similarities is to see them. The article analyzes the distribution of vowels in Japanese and foreign languages, compares them, and finds out the research direction. The budding research and new analytical methods are established, and the specific direction of research and development is achieved. Research Results: The Institute of Biology, the Institute of Biophysics, the Institute of Information Theory and Application (SITA98), the Institute of Statistics and Mathematics, the International Conference of Chenggong University, the Institute of Statistics and Mathematics, and the Institute of Statistics and Mathematics.