RNA結合タンパク質の作用機作の根拠となる数学的モデルの構築

构建数学模型，为 RNA 结合蛋白的作用机制提供基础

• 批准号: 09874167
• 负责人: 佐藤 直樹
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Saitama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 1998
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09874167/
• 关键词: シアノバクテリア; ヘテロシスト分化; 窒素欠乏応答; 低温適応; RNA結合タンパク質; 分子進化; 計算生物学; 細胞分化

シアノバクテリアには真核生物のものと相同なRNA結合タンパク質詳が首遍的に存在し,低温では細胞中に多量に蓄積する。こうした遺伝子のーつを不活性化すると,低温特異的にヘテロシスト分化系が作動する。この種のRNA結合タンパク質の結合特性は比較的緩やかで,厳密な配列特異性があるわけではないが,この遺伝子を破壊することによって,細胞分化のような極めて特異性の高い反応が誘導されることは,大変不思議である。このような,一般的細胞因子が特異的反応を引き起こすことの一般的な理論的根拠となるモデルを構築することが,本研究の目的である。このために,UNIXコンピュータシステムを整備し,計算ができるようにした。1。 数学的モデル もっとも単純に現象を説明できると思われる2種類の制御モデル(Plant Cell Physiol.37:1150-1160(1996)に対して,微分方程式を作製し,これに対する解をコンピュータを用いて検討する作業を,現在も継続中である。特に,positive feedback系において,mRNAの安定性,翻訳効率,タンパク質の安定性,などを考慮し,feedbackの様々な様式についてのモデルを最適化していく計画であるが,もう少し時間が必要である。この大きな理由として,RNAの結合特性についての実験的データ(項目2)がもう少し必要であることがあげられる。2。 遺伝子操作実験 RbpA1タンパク質のRNA結合特性について,PCRを用いた試験管内分子淘汰法(SELEX)の結果では,CCCGCCCとGGGGGGが主な結合配列であり,部位特異的変異導入法では,Tyr3SerとPhe56Valの二つの変異タンパク質で,特にポリ(A)との結合が低下することがわかった。現状では,このタンパク質が複数種類のRNAモチーフと結合することが考えられるため,この結合様式そのものの解析も必要である。この結果がもう少しはっきりすれば,結合ターゲットをーつに絞ってモデルをつくって良いのかどうか,評価できる。

The same RNA binding properties of eukaryotes and RNA-binding proteins are found for the first time, and they accumulate in large amounts in low-temperature cells. The こうした缝子のーつを inactivation すると, the low-temperature specific にヘテロシストdifferentiated system activator.この species of RNA binding タンパクquality のbinding characteristics は comparative slowness やかで, 厳mi な arrangement specificity があるわけではないが, この伝子を波壊することによって, cell differentiation のような极めてspecificity の高いanti-応がinducing されることは,大変不思狠である.このような, general cytokines がspecific reaction をinduced きこすことのgeneral The basis of the theory is the construction of the theory, and the purpose of this study is also the purpose of this study.このために,UNIXコンピュータシステムをMaintenanceし,calculationができるようにした. 1. Mathematics モデル Plant Cell Physiol.37:1150-1160(1996)に対して,Differential equationsをmakingし,これに対するsolved をコンピュータを Use いて検 to discuss する homework を, now も継続中である, positive. feedback system, stability of mRNA, translation efficiency, stability of quality, stability of RNA, fe edbackの様々な様style についてのモデルをoptimization していくplan であるが, もうless しtime がnecessary である.この大きな Reason として, RNA のbinding properties についての実験 of データ (Project 2) がもう小しであることがあげられる. 2. The operation of Yirenzi RbpA1 quality RNA binding properties, PCR application, in-tube molecular elimination method (SELEX) results, CCCGCCC, GGGG GGが主なcombination arrangementであり,site-specific variation introduction methodでは,Tyr3SerとPhe56Valの二つの変differentタンパク性で,特にポリ(A)とのCombined with することがわかった. The status quo, the combination of the RNA, the plurality of species, and the combination of the materialsことが考えられるため, この Combined style そのもののanalytic もNecessary である.このRESULTSつに twist ってモデルをつくって好いのかどうか, comment価できる.

项目成果

N.Sato and A.Nakamura: "Involvement of the 5'-untranslated in region in cold-regulated expression of the rbpAl gene in the cyanobacterium Anabaena variabilis M3." Nucleic Acids Res.26. 2192-2199 (1998)

N.Sato 和 A.Nakamura：“5-非翻译区参与蓝藻多变鱼腥藻 M3 中 rbpA1 基因的冷调节表达。”

N.Sato,A.Wada and A.Tanaka: "Ribosomal proteins in the cyanobacterium Anabaena variabilis strain M3:Presense of L25 protein." Plant Cell Physiol.39. 1367-1371 (1998)

N.Sato、A.Wada 和 A.Tanaka：“蓝藻多变鱼腥藻菌株 M3 中的核糖体蛋白：L25 蛋白的存在。”

佐藤直樹, 圓山恭之進: "ラン藻の細胞分化とRNA結合タンパク質" 化学と生物. 35. 780-785 (1997)

Naoki Sato，Yasunoshin Maruyama：“蓝细菌中的细胞分化和 RNA 结合蛋白”化学与生物学 35. 780-785 (1997)。