使用同源组方法进行系统发育分析大规模估计植物基因功能-猫眼课题宝

使用同源组方法进行系统发育分析大规模估计植物基因功能

批准号：

18017005

负责人：

佐藤直樹

金额：

$4.93万

依托单位：

The University of Tokyo

依托单位国家：

日本

项目类别：

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

财政年份：

2006

资助国家：

日本

项目状态：

已结题

起止时间：

2006 至 2007

来源：

https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18017005/

关键词：

細胞内共生葉緑体形成系統プロファイリング光合成シアノバクテリア

项目摘要

项目成果

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本研究では,相同グループ法による系統プロファイリングの方法論の有効性を確立して,データを公開するとともに,これによって系統特異的に保存されているタンパク質群を推定し,生物群特異的機能に関与するタンパク質群を一括して同定することを目的とした。以下のような成果を得た。1.Gclustソフトウェアを改良し,大量データにも耐えるバージョン3.5.5zを作った。またこれによって,光合成生物を中心とする95種の生物の全タンパク質のクラスタリングを行い,その結果をGclustサーバーにおいて公開した。2.系統プロファイリングの適用によって推定される新規機能遺伝子の機能アノテーションの最初の試みとして,光合成膜の主要脂質であるジガラクトシルジアシルグリセロール(DGDG)を合成する酵素のうち,紅藻とシアノバクテリアに共通に存在するものをGclustを用いて推定し,実験的に実証した。3.相同グループを利用した微生物ゲノムの距離構造の解析の新しい手法を開発した。すなわち,Gclustソフトウェアを用いて最新25種のシアノバクテリアからなるデータセットCyano25を構築し,これに基づいてシアノバクテリアにおいて保存されている遺伝子の並び方の保存性(拡張したsynteny,global linkage)を発見することができた。4.色素体の起源となったシアノバクテリアの推定に関し,新たな配列データを用いて解析を行い,従来の定説とは異なる可能性を示唆した。

期刊论文(17)

专著(0)

科研奖励(0)

会议论文

Mutations in four regulatory genes have interrelated effects on heterocyst maturation in Anabaena sp. strain PCC 7120

四个调控基因的突变对鱼腥藻异形囊的成熟具有相互关联的影响。

DOI： --

发表时间： 2006

期刊：

J. Bacteriol. 188

影响因子： --

作者：

[S.Lechno-Yossef, Q.Fan, S.Ehira, N.Sato, C.P.Wolk]

通讯作者： C.P.Wolk

Frontiers in Life Sciences ISBN : 81-308-0071-3, pp. 91-109 (M. Fujiwara N. Sato and S. Ishiura, eds)

生命科学前沿 ISBN：81-308-0071-3，第 91-109 页（M. Fujiwara N. Sato 和 S. Ishiura，编辑）

DOI： --

发表时间： 2006

期刊：

影响因子： --

作者：

[M.T.Fujiwara, H.Hashimoto, S.Yoshida, R.D.Itoh, Y.Niwa, N.Sato]

通讯作者： N.Sato

The Structure and Function of Plastids, ISBN : 1-4020-4060-1. Chapter 4, 75-102. (Robert R. Wise and J. Kenneth Hoober (eds))

质体的结构和功能，ISBN：1-4020-4060-1。

DOI： --

发表时间： 2006

期刊：

影响因子： --

作者：

[寺澤公宏, 藤原誠, 佐藤直樹, N.Sato]

通讯作者： N.Sato

比較ゲノムによる植物進化の解析

使用比较基因组学分析植物进化

DOI： --

发表时间： 2007

期刊：

影响因子： --

作者：

[Shimizu T, Hayashi Y, Yamada J, Zhang J, Yamasaki J, Ukai K, Koike M, Mine K, Figura Kv, Peters C, Saftig P, Fukuda T, Uchiyama Y, Nakanishi H, 谷川蔵, 名取陽祐, 佐藤直樹]

通讯作者：佐藤直樹

植物の比較ゲノム解析. 植物の進化(植物細胞工学シリーズ23)pp.58-65.

植物的比较基因组分析。植物进化（植物细胞工程系列 23）第 58-65 页。

DOI： --

发表时间： 2007

期刊：

影响因子： --

作者：

[S.Lechno-Yossef, Q.Fan, S.Ehira, N.Sato, C.P.Wolk, 佐藤直樹, 佐藤直樹, 佐藤直樹, 佐藤直樹, 佐藤直樹]

通讯作者：佐藤直樹

共 17 条

Japanese imperial diplomacy in Germany and Scandinavia in the context of art history.

批准号：

23KK0001
项目类别：

Fund for the Promotion of Joint International Research (International Collaborative Research)
资助金额：

$13.48万
财政年份：

2023
负责人：

佐藤直樹
依托单位：

Tokyo National University of Fine Arts and Music