相同グループ法による系統プロファイリングを用いた植物遺伝子機能の大規模推定

使用同源组方法进行系统发育分析大规模估计植物基因功能

• 批准号: 18017005
• 负责人: 佐藤 直樹
• 金额: $ 4.93万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18017005/
• 关键词: 細胞内共生; 葉緑体形成; 系統プロファイリング; 光合成; シアノバクテリア

本研究では,相同グループ法による系統プロファイリングの方法論の有効性を確立して,データを公開するとともに,これによって系統特異的に保存されているタンパク質群を推定し,生物群特異的機能に関与するタンパク質群を一括して同定することを目的とした。以下のような成果を得た。1.Gclustソフトウェアを改良し,大量データにも耐えるバージョン3.5.5zを作った。またこれによって,光合成生物を中心とする95種の生物の全タンパク質のクラスタリングを行い,その結果をGclustサーバーにおいて公開した。2.系統プロファイリングの適用によって推定される新規機能遺伝子の機能アノテーションの最初の試みとして,光合成膜の主要脂質であるジガラクトシルジアシルグリセロール(DGDG)を合成する酵素のうち,紅藻とシアノバクテリアに共通に存在するものをGclustを用いて推定し,実験的に実証した。3.相同グループを利用した微生物ゲノムの距離構造の解析の新しい手法を開発した。すなわち,Gclustソフトウェアを用いて最新25種のシアノバクテリアからなるデータセットCyano25を構築し,これに基づいてシアノバクテリアにおいて保存されている遺伝子の並び方の保存性(拡張したsynteny,global linkage)を発見することができた。4.色素体の起源となったシアノバクテリアの推定に関し,新たな配列データを用いて解析を行い,従来の定説とは異なる可能性を示唆した。

In this study, the same method is used to determine the nature of the system, the system is open to the public, the population is presumed to be presumed, and the biomechanical performance of the biota is the same as that of the system. The following results will be rewarded. 1.Gclust has been improved in many ways, and a large number of people have been able to tolerate it. The Center for Photosynthetic Biology, the Center for Photosynthesis, the Center for Photosynthesis, two。 The system system is used to determine that the new specification can be used in the first place. The photosynthetic membrane is mainly composed of lipids. The main components of the membrane are the synthetic enzymes (DGDG), which are commonly used in the Gclust system. 3. In the same way, the same method is used to analyze and analyze microorganisms by using the distance between microorganisms and microorganisms. For example, the Gclust uses the latest 25 products to ensure that the Cyano25 is saved and that the preservation of the product (synteny,global linkage) is available. 4. The origin of the pigments, the origin of the pigments, the presumption, the new configuration, the analysis of the lines, the possibility, the possibility.

项目成果

Mutations in four regulatory genes have interrelated effects on heterocyst maturation in Anabaena sp. strain PCC 7120

四个调控基因的突变对鱼腥藻异形囊的成熟具有相互关联的影响。

• 发表时间: 2006
• 期刊: J. Bacteriol. 188
• 作者: S.Lechno-Yossef;Q.Fan;S.Ehira;N.Sato;C.P.Wolk
• 通讯作者: C.P.Wolk

Frontiers in Life Sciences ISBN : 81-308-0071-3, pp. 91-109 (M. Fujiwara N. Sato and S. Ishiura, eds)

生命科学前沿 ISBN：81-308-0071-3，第 91-109 页（M. Fujiwara N. Sato 和 S. Ishiura，编辑）

• 发表时间: 2006
• 作者: M.T.Fujiwara;H.Hashimoto;S.Yoshida;R.D.Itoh;Y.Niwa;N.Sato
• 通讯作者: N.Sato

The Structure and Function of Plastids, ISBN : 1-4020-4060-1. Chapter 4, 75-102. (Robert R. Wise and J. Kenneth Hoober (eds))

质体的结构和功能，ISBN：1-4020-4060-1。

• 发表时间: 2006
• 作者: 寺澤公宏;藤原誠;佐藤直樹;N.Sato
• 通讯作者: N.Sato

比較ゲノムによる植物進化の解析

使用比较基因组学分析植物进化

• 发表时间: 2007
• 作者: Shimizu T;Hayashi Y;Yamada J;Zhang J;Yamasaki J;Ukai K;Koike M;Mine K;Figura Kv;Peters C;Saftig P;Fukuda T;Uchiyama Y;Nakanishi H;谷川 蔵;名取 陽祐;佐藤直樹
• 通讯作者: 佐藤直樹

比較ゲノムデータベースGclustの紹介

比较基因组数据库Gclust简介

• 发表时间: 2008
• 作者: Ken Harada;Keiko Shimada;Kodai Niitsu;Teiji Katsuta;Teruaki Ohno;Daisuke Shindo;佐藤直樹
• 通讯作者: 佐藤直樹