ヒト全ゲノム解析を用いて染色体に挿入された老化ウイルスを解明する

使用人类全基因组分析阐明插入染色体的老化病毒

• 批准号: 22K19711
• 负责人: 水上 洋一
• 金额: $ 4.08万
• 依托单位: Yamaguchi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-06-30 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19711/
• 关键词: ウイルス; 子宮筋腫; 全ゲノム

新型コロナウイルスが猛威をふるい、多くの人の生活様式が変化している。ウイルスは人類の存亡に大きな影響を与えてきたが、炎症だけでなくゲノム遺伝子の修復時に染色体ゲノムに挿入し遺伝的な形質を書き換え、老化や疾患・進化にも影響を与えている可能性がある。ウイルス感染が知られているヒト子宮組織の全ゲノム遺伝子配列の解析を行い、コンピュータ上で仮想断片を構築するK-mer法に網羅的な相同配列検索法であるBlast2Goを組み合わせ、ゲノム上に挿入された未知ウイルス配列を解明する。さらに各組織の全RNA発現解析を行い、老化シグナル経路と関連するウイルス配列を解明する。（ヒト子宮組織）手術による子宮筋腫摘出組織から正常領域と病変部位を分離し、サンプルの凍結保存を行い、50以上の症例についてサンプルの準備が進んでおりRNAやDNA抽出は行われた。(大型次世代シーケンサーでの全ゲノム解析)１２サンプルについて子宮組織から全ゲノムDNAを抽出し、コバリス（所有）で断片化し、DNAライブラリーを作製後、Nova-seqでペアエンドシーケンスを行い、データをトリミング後、専用ソフトを用いてヒトゲノムにマップさせた。遺伝子変異の検出とウイルス配列の解析を行った。（ウイルス配列の検出）ヒトゲノムにマッピングされないリードをDenovoで結合させ、連結されたリードをK-mer法で仮想上20塩基の連続断片を作製する。同時に既知の全てのウイルス配列を連結された全ウイルス参照配列を作製し、各断片を自動的に照合させ、ウイルス断片の挿入領域と挿入ウイルスを確定している。

The new type of コロナウ コロナウ スが スが スが is fierce in をふる る, and the <s:1> lifestyle of a large number of く く people is が changing and <s:1> て る る. ウ イ ル ス は の human survival に big き な influence を and え て き た だ が, inflammation け で な く ゲ ノ ム posthumous son 伝 の repair when に chromosome ゲ ノ ム に scions into し but 伝 な character を book き in え, aging や disorders, evolutionary に も influence を and え て い る possibility が あ る. ウ イ ル ス infection が know ら れ て い る ヒ ト uterus tissue の full ゲ ノ ム heritage 伝 with sequence analytical を の い, コ ン ピ ュ ー タ on で 仮 want to fragment を build す る K - killing method に snare な 検 cable with same column method で あ る Blast2Go を group み close わ せ, ゲ ノ ム に on scions into さ れ た unknown ウ イ ル ス match column を interpret す る. Youdaoplaceholder0 Analysis of the occurrence of whole RNA in various tissues を line を, aging シグナ <s:1> pathway と relationship するウ ス ス matching を explanation する. (ヒ ト uterus tissue) surgery に よ る uterine muscle swelling pick the organization か ら normal field と ill - position を separation し, サ ン プ ル の freezing preservation を い, 50 cases の に つ い て サ ン プ ル の prepare が into ん で お り RNA や DNA extraction line は わ れ た. (large nextgen シ ー ケ ン サ ー で の full ゲ ノ ム parsing) 12 サ ン プ ル に つ い て uterus tissue か ら full ゲ ノ ム を DNA extraction し, コ バ リ ス (all) で DNA fragment し, ラ イ ブ ラ リ ー を after cropping, Nova - seq で ペ ア エ ン ド シ ー ケ ン ス を い, デ ー タ を ト リ ミ ン グ after, 専 ソ フ ト を with い て Youdaoplaceholder0 ヒトゲノムに ップさせた. The 伝 sub-variation is 検 out of とウ とウ ス ス to coordinate the 伝 analysis of the を line った. (ウ イ ル ス match column の 検) ヒ ト ゲ ノ ム に マ ッ ピ ン グ さ れ な い リ ー ド を Denovo で combining さ せ, link さ れ た リ ー ド を K - killing method で 仮 think top 20 salt base の even 続 fragment を cropping す る. に at the same time already know の full て の ウ イ ル ス match column を link さ れ た full ウ イ ル ス reference to match the column を cropping し, each fragment を automatic に picture さ せ, ウ イ ル ス fragment の scions into areas と scions into ウ イ ル ス を determine し て い る.

项目成果

LMD法で切り分けた加齢子宮FFPE切片のRNA-seq解析

LMD 法切割的老化子宫 FFPE 切片的 RNA-seq 分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 諌山慧士朗;渡邉健司;水上洋一
• 通讯作者: 水上洋一

ロボット分注装置を用いた新型コロナウイルスPCR検査の迅速解析方法の開発

利用机器人分装装置开发新型冠状病毒PCR检测快速分析方法

• 发表时间: 2021
• 作者: 水上 洋一;畑中千春;中川真喜子;西村愛美;渡邉 健司
• 通讯作者: 渡邉 健司

臨床分離乳癌組織の網羅的遺伝子解析とデータベース分析への応用

临床分离乳腺癌组织的综合遗传分析及其在数据库分析中的应用

• 发表时间: 2022
• 作者: 渡邉健司;山本滋;前田訓子;西村愛代;諌山慧士朗;八木美佳子;康東天;岡正朗;永野浩昭;水上洋一;西村愛代 渡邉 健司 前田 訓子 山本 滋 諫山 慧士朗 永野浩昭 水上 洋一
• 通讯作者: 西村愛代 渡邉 健司 前田 訓子 山本 滋 諫山 慧士朗 永野浩昭 水上 洋一

The effect of 5-aminolevulinic acid on canine peripheral blood mononuclear cells, Vet Immunol Immunopathol.

5-氨基乙酰丙酸对犬外周血单核细胞的影响，兽医免疫学免疫病理学。

• DOI: 10.1016/j.vetimm.2022.110473
• 发表时间: 2022
• 期刊: Vet Immunol Immunopathol.
• 作者: Igase;M.;Iwatani;N.;Sakai;A.;Watanabe;K.;Mizukami Y.;Mizuno;T.
• 通讯作者: T.

高濃度トレハロースを用いた新規自家細胞由来 3次元培養皮膚シート作製方法開発

开发使用高浓度海藻糖生产源自自体细胞的 3D 培养皮肤片的新方法

• 发表时间: 2022
• 作者: Katahira Masato;Hirama Takashi;Eba Shunsuke;Suzuki Takaya;Notsuda Hirotsugu;Oishi Hisashi;Matsuda Yasushi;Sado Tetsu;Noda Masafumi;Sakurada Akira;Sidhu Aman;Okada Yoshinori;武藤潤 福田信治 渡邊健司 水上洋一 佐山浩二
• 通讯作者: 武藤潤 福田信治 渡邊健司 水上洋一 佐山浩二