课题基金 / 基金详情

Data Analysis Core

Data Analysis Core
数据分析核心
批准号:
10531003
负责人:
Sashank K Reddy
金额:
$25.0万
依托单位:
依托单位国家:
美国
项目类别:
财政年份:
2022
资助国家:
美国
项目状态:
已结题
起止时间:
2022-09-26 至 2024-08-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
项目摘要,数据分析核心 数据分析核心提供端到端的实验和计算专业知识:初始实验 设计和电源研究、持续数据生成和分析,以及最终数据存储和共享。这个 数据分析核心将支持器官特定项目的高维数据生成和分析, 包括不同生物尺度上的多组学数据集成方法。该核心将与以下公司密切合作 HuBMAP母公司协调数据和管道,以实现跨组织的荟萃分析。核心领导者将 参加每月中心执行委员会与器官特定项目负责人的会议,并 联盟会议,以确保为新研究提供充足的实验支持和计算资源 与HuBMAP的方向和合作。核心将有一名指定的项目经理和数据经理 为协助数据标准和协调、数据验证、数据争论和总体数据存储, 数据和软件共享,以及与蜂巢共享基因组数据。总而言之,数据分析核心将 通过提供健壮、可重现的实验方案和 计算方法来表征皮肤位置、性别、种族和衰老对细胞和 皮肤的分子变化;分析空间和时间数据以推断细胞之间的相互作用和串扰 类型;并将我们的三维多组学皮肤数据集图谱与蜂巢整合,以促进交叉 HuBMAP联合体的组织分析。
英文摘要
Project Summary, Data Analysis Core The Data Analysis Core provides end-to-end experimental and computational expertise: initial experimental design and power studies, ongoing data generation and analysis, and ultimate data deposition and sharing. The Data Analysis Core will support high-dimensional data generation and analysis for the Organ Specific Project, including multi-omics data integration methods at distinct biological scales. This Core will collaborate closely with the HuBMAP HIVE to harmonize data and pipelines to enable meta-analyses across tissues. Core Leaders will participate in the monthly Center Executive Committee meetings with the Organ Specific Project Lead and Consortium meetings to ensure ample experimental support and computational resources for new research directions and collaborations with HuBMAP. The Core will have a designated Project Manager and Data Manager to assist with data standards and harmonization, data validation, data wrangling, and overall data deposition, data and software sharing, and genomic data sharing with the HIVE. In summary, the Data Analysis Core will support the overall research objectives by providing robust, reproducible experimental protocols and computational methods to characterize the impact of skin location, sex, race, and aging on the cellular and molecular changes to skin; to analyze spatial and temporal data to infer interactions and crosstalk between cell types; and to integrate our atlas of three-dimensional multi-omics skin datasets with the HIVE to promote cross- tissue analyses in the HuBMAP Consortium.
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会议论文
Data infrastructure for single-cell multiplex imaging in Bioconductor
  • 批准号:
    10831240
  • 项目类别:
  • 资助金额:
    $9.58万
  • 财政年份:
    2022
  • 负责人:
    Sashank K Reddy
  • 依托单位:
3D Multiscale Reference Atlas for Human Skin
  • 批准号:
    10708873
  • 项目类别:
  • 资助金额:
    $50.0万
  • 财政年份:
    2022
  • 负责人:
    Sashank K Reddy
  • 依托单位:
Data Analysis Core
  • 批准号:
    10708874
  • 项目类别:
  • 资助金额:
    $25.0万
  • 财政年份:
    2022
  • 负责人:
    Sashank K Reddy
  • 依托单位:
3D Multiscale Reference Atlas for Human Skin
  • 批准号:
    10531002
  • 项目类别:
  • 资助金额:
    $50.0万
  • 财政年份:
    2022
  • 负责人:
    Sashank K Reddy
  • 依托单位:
国内基金
海外基金
基于ATAC-seq与DNA甲基化测序探究染色质可及性对莲两生态型地下茎适应性分化的作用机制
利用ATAC-seq联合RNA-seq分析TOP2A介导的HCC肿瘤细胞迁移侵 袭的机制研究
  • 批准号:
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2024
  • 负责人:
    柳静
  • 依托单位:
面向图神经网络ATAC-seq模体识别的最小间隔单细胞聚类研究
  • 批准号:
    62302218
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    30.00万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    张双全
  • 依托单位:
基于ATAC-seq策略挖掘穿心莲基因组中调控穿心莲内酯合成的增强子