Epigenetic control of mammalian retrotransposons
哺乳动物逆转录转座子的表观遗传控制
基本信息
- 批准号:7292918
- 负责人:
- 金额:--
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:
- 资助国家:美国
- 起止时间:至
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
My group has developed several experimental systems to study epigenetic control of mammalian retrotransposons. Using a marked L1 retrotransposon, we are studying the mechanism of variegation and silencing of L1 reporters that are newly inserted via a retrotransposition-dependent mechanism in tissue culture cells. We have also studied epigenetic control of native L1 retrotransposons pre-existing in the human and mouse genomes, and the relationship between such control and L1 expression in various cells. Our experiments have utilized techiques includingDNA methylation analysis of both DNA strands by hairpin bisulfite sequencing, chromatin immunoprecipitation, and short inhibitory RNAs. These experiments, as a test of the "genome defense model", have shown that DNA methylation does not by itself account for exceptionally strong negative regulation of L1 transcription in somatic tissues.We have successfully sequenced and analyzed several full Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) long-tag libraries to characterize global transcript levels, including those corresponding to repetitive and transposable elements, in somatic cells with altered epigenetic controls. The libraries completed to date include numerous transcripts that are differentially expressed at very high ratios. Differentially expressed transcripts have been identified and validated by independent techniques including Northern blotting and quantitative polymerase chain reaction (qPCR) experiments. We are now further characterizing how altered expression may be related to changes in epigenetic control.
我的小组已经开发了几个实验系统来研究哺乳动物反转录转座子的表观遗传控制。利用标记的L1逆转录转座子,我们正在研究通过逆转录转座子依赖机制在组织培养细胞中新插入的L1报告子的变异和沉默机制。我们还研究了人类和小鼠基因组中存在的天然L1反转录转座子的表观遗传控制,以及这种控制与各种细胞中L1表达之间的关系。我们的实验利用了包括DNA甲基化分析的技术,包括发夹亚硫酸盐测序,染色质免疫沉淀和短抑制rna。这些实验作为对“基因组防御模型”的检验,表明DNA甲基化本身并不能解释体细胞组织中L1转录异常强烈的负调控。我们已经成功地对几个完整的基因表达序列分析(SAGE)长标签文库进行了测序和分析,以表征具有改变表观遗传控制的体细胞中的全局转录物水平,包括那些与重复和转座元件相对应的转录物水平。迄今为止完成的文库包括许多以非常高的比率差异表达的转录本。差异表达转录本已经通过独立的技术鉴定和验证,包括Northern blotting和定量聚合酶链反应(qPCR)实验。我们现在正在进一步描述改变的表达如何与表观遗传控制的变化相关。
项目成果
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