Defining the genetic architecture of IBD in Ashkenazi Jewish populations
定义德系犹太人群体中 IBD 的遗传结构
基本信息
- 批准号:8867806
- 负责人:
- 金额:$ 33.35万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2012
- 资助国家:美国
- 起止时间:2012-09-01 至 2017-06-30
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
DESCRIPTION (provided by applicant): The inflammatory bowel diseases (IBD) are comprised of Crohn's disease and ulcerative colitis and affect approximately 1.4 million Americans. A central feature of IBD epidemiology is the 4.3-7.7 fold increased prevalence of disease in Ashkenazi Jewish populations. It is unknown at present what factors account for this higher disease prevalence. This proposal will address this gap through testing two hypotheses. First, we hypothesize that uncommon variation of higher effects not well assayed by present genome-wide association study (GWAS) platforms contributes to IBD in Ashkenazi Jewish populations. An alternative hypothesis is that positive selection in the Ashkenazim, possibly involving a functional network of multiple loci involving common alleles, significantly contributes
to the higher disease prevalence. Preliminary data are provided detailing a) the genetic architecture of IBD, with the unique absence of a dominant major histocompatibility complex in Crohn's disease, b) the precise nature of the population substructure between Jewish and non-Jewish European ancestry cohort, c) results of a genome-wide association study in Ashkenazi Jewish Crohn's disease which demonstrate a largely similar genetic architecture for common alleles, d) exome sequencing results in Jewish Crohn's disease cases, demonstrating the presence of uncommon alleles unique to the Ashkenazim, e) the present inadequacy of present reference sequences in critical immunoregulatory regions such as the KIR region on chromosome 19p13, f) enrichment of immune-mediated association signals in Th17-enriched cell subsets, and g) the improved molecular resolution achieved through RNASeq. A complete exploration of the underlying etiology for the markedly increased IBD prevalence in the Ashkenazim will be achieved through the interrogation of uncommon SNPs in the exome and throughout the genome through case control studies (Specific Aim 1). Important in this regard will be the ascertainment of large case-control cohorts, for which additional recruitment is proposed. The presence of uncommon risk alleles in the Ashkenazim might result from genetic drift, given their unique population history. An alternate possibility is that positive selection wthin the Ashkenazim at multiple loci, acting as a functional module, increases risk for IBD, and contributes to the higher disease prevalence compared to non-Jewish European ancestry cohorts. Refined definitions of associated alleles through regression analysis and functional annotation, together with interrogation of weaker effect alleles, will result in an aggregate estimate of the extent to which identified susceptibility alleles account for the higher disease prevalence in the Ashkenazim (Specific Aim 2). As with heritability, these estimates will provide a key measure of assessing the completeness of identified genetic factors in defining disease pathophysiology.
描述(由申请人提供):炎症性肠病(IBD)由克罗恩病和溃疡性结肠炎组成,影响约140万美国人。IBD流行病学的一个中心特征是德系犹太人的患病率增加了4.3-7.7倍。目前尚不清楚是什么因素导致了这种较高的发病率。本提案将通过检验两个假设来解决这一差距。首先,我们假设,目前的全基因组关联研究(GWAS)平台没有很好地检测到的较高效应的罕见变异导致了德系犹太人群体中的IBD。另一种假设是,在德系犹太人的积极选择,可能涉及一个功能网络的多个基因座,涉及共同的等位基因,显着贡献
与更高的患病率有关。提供了初步数据,详细说明a)IBD的遗传结构,在克罗恩病中独特地缺乏显性主要组织相容性复合体,B)犹太人和非犹太人欧洲祖先队列之间的群体亚结构的精确性质,c)德系犹太人克罗恩病的全基因组关联研究的结果,其证明了常见等位基因的很大程度上相似的遗传结构,d)犹太克罗恩病病例中的外显子组测序结果,证明存在Ashkenazim特有的不常见等位基因,e)目前参考序列在关键免疫调节区域如染色体19 p13上的KIR区域中的不足,f)在Th 17富集的细胞亚群中免疫介导的关联信号的富集,和g)通过RNASeq实现的改进的分子分辨率。通过病例对照研究(具体目标1),将通过询问外显子组和整个基因组中的罕见SNP来全面探索德系犹太人IBD患病率显著增加的潜在病因。在这方面,重要的是确定大型病例对照队列,为此建议增加招募。在德系犹太人中存在不常见的风险等位基因可能是由于遗传漂变,考虑到他们独特的人口历史。另一种可能性是,与非犹太欧洲血统队列相比,在多个基因座上的Ashkenazim作为功能模块的正选择增加了IBD的风险,并导致了更高的疾病患病率。通过回归分析和功能注释对相关等位基因进行精确定义,并询问较弱的效应等位基因,将导致对已确定的易感性等位基因解释德系犹太人较高疾病患病率的程度进行总体估计(具体目标2)。与遗传性一样,这些估计值将提供一个关键的衡量标准,以评估确定疾病病理生理学的遗传因素的完整性。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
JUDY H. CHO其他文献
JUDY H. CHO的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('JUDY H. CHO', 18)}}的其他基金
Intestinal single cell analyses and population differences in innate immunity in Crohn's disease drive treatment response and clinical heterogeneity: towards Precision IBD
肠道单细胞分析和克罗恩病先天免疫的群体差异驱动治疗反应和临床异质性:迈向精准 IBD
- 批准号:
9893616 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Intestinal single cell analyses and population differences in innate immunity in Crohn's disease drive treatment response and clinical heterogeneity: towards Precision IBD
肠道单细胞分析和克罗恩病先天免疫的群体差异驱动治疗反应和临床异质性:迈向精准 IBD
- 批准号:
10339391 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Intestinal single cell analyses and population differences in innate immunity in Crohn's disease drive treatment response and clinical heterogeneity: towards Precision IBD
肠道单细胞分析和克罗恩病先天免疫的群体差异驱动治疗反应和临床异质性:迈向精准 IBD
- 批准号:
10580608 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Integrative Genomic Analyses of Macrophages in Crohns Disease
克罗恩病巨噬细胞的综合基因组分析
- 批准号:
9767134 - 财政年份:2016
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the genetic architecture of IBD in Ashkenazi Jewish populations
定义德系犹太人群体中 IBD 的遗传结构
- 批准号:
8371995 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the genetic architecture of IBD in Ashkenazi Jewish populations
定义德系犹太人群体中 IBD 的遗传结构
- 批准号:
8688235 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the genetic architecture of IBD in Ashkenazi Jewish populations
定义德系犹太人群体中 IBD 的遗传结构
- 批准号:
8537920 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the genetic architecture of IBD in Ashkenazi Jewish populations
定义德系犹太人群体中 IBD 的遗传结构
- 批准号:
8913947 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the genetic architecture of IBD in Ashkenazi Jewish populations
定义德系犹太人群体中 IBD 的遗传结构
- 批准号:
9094680 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Beyond single-point GWAS: genetics of Crohn's disease in Ashkenazi Jews
超越单点 GWAS:德系犹太人克罗恩病的遗传学
- 批准号:
7819964 - 财政年份:2009
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
相似国自然基金
GREB1突变介导雌激素受体信号通路导致深部浸润型子宫内膜异位症的分子遗传机制研究
- 批准号:82371652
- 批准年份:2023
- 资助金额:45.00 万元
- 项目类别:面上项目
22q11.2染色体微重复影响TOP3B表达并导致腭裂发生的机制研究
- 批准号:82370906
- 批准年份:2023
- 资助金额:48.00 万元
- 项目类别:面上项目
皖南地区同域分布的两种蛙类景观遗传学比较研究
- 批准号:31370537
- 批准年份:2013
- 资助金额:75.0 万元
- 项目类别:面上项目
毫米波封装系统中高效、高精度的滤波器建模方法研究
- 批准号:61101047
- 批准年份:2011
- 资助金额:25.0 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
结外NK/T细胞淋巴瘤-鼻型异常MicroRNA表达及作用机制研究
- 批准号:81071944
- 批准年份:2010
- 资助金额:30.0 万元
- 项目类别:面上项目
典型团簇结构模式随尺度变化的理论计算研究
- 批准号:21043001
- 批准年份:2010
- 资助金额:10.0 万元
- 项目类别:专项基金项目
精神分裂症的影像遗传易感性:基于连接异常假说的家系磁共振成像研究
- 批准号:81000580
- 批准年份:2010
- 资助金额:20.0 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
中国海南岛黎族五个支系 mtDNA谱系的分布与起源研究
- 批准号:30860124
- 批准年份:2008
- 资助金额:27.0 万元
- 项目类别:地区科学基金项目
RNA结构稳健性及其进化动力学研究
- 批准号:30700139
- 批准年份:2007
- 资助金额:17.0 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
利用混合遗传算法从多方位光流场恢复3D运动与结构的研究
- 批准号:60305003
- 批准年份:2003
- 资助金额:28.0 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
相似海外基金
Defining the heterogeneity of cell lineages in the inter-follicular epidermis
定义毛囊间表皮细胞谱系的异质性
- 批准号:
10596423 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining architecture of EC coupling machinery in situ
现场定义 EC 耦合机械的架构
- 批准号:
10711223 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the multivariate genomic signature of pubertal markers and impact on lifespan psychopathology
定义青春期标记的多变量基因组特征及其对寿命精神病理学的影响
- 批准号:
10641312 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the epigenetic landscape and therapeutic vulnerabilities of Richter's syndrome in CRISPR-based mouse models
在基于 CRISPR 的小鼠模型中定义里氏综合症的表观遗传景观和治疗脆弱性
- 批准号:
10425662 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining epistatic interactions among Coxiella burnetii effector proteins using a CRISPRi approach
使用 CRISPRi 方法定义伯氏柯克斯体效应蛋白之间的上位相互作用
- 批准号:
10629407 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the role of the BCL7 subunit of mammalian SWI/SNF chromatin remodeling complexes in human cancer
确定哺乳动物 SWI/SNF 染色质重塑复合物的 BCL7 亚基在人类癌症中的作用
- 批准号:
10450322 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the role of the BCL7 subunit of mammalian SWI/SNF chromatin remodeling complexes in human cancer
确定哺乳动物 SWI/SNF 染色质重塑复合物的 BCL7 亚基在人类癌症中的作用
- 批准号:
10604291 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the role of respiratory gland patterning in rhinosinusitis
定义呼吸腺模式在鼻窦炎中的作用
- 批准号:
10680552 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Defining the phenotype and cancer penetrance of CTNNA1 loss-of-function germline variants
定义 CTNNA1 功能丧失种系变异的表型和癌症外显率
- 批准号:
10578417 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别:
Project 3: Defining and targeting mechanisms of E2F transcription factor regulation
项目3:E2F转录因子调控的定义和靶向机制
- 批准号:
10332382 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 33.35万 - 项目类别: