ENCODE Mapping Center-A Comprehensive Catalog of DNase I Hypersensitive Sites

ENCODE 作图中心 - DNase I 超敏感位点综合目录

• 批准号: 10241208
• 负责人: JOHN A STAMATOYANNOPOULOS
• 金额: $ 308.69万
• 依托单位: ALTIUS INSTITUTE FOR BIOMEDICAL SCIENCES
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2021-02-01 至 2023-01-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/10241208
• 关键词: Address; Adult; Anatomy; Bayesian Modeling; Biological; Biological Assay; Catalogs; Cell Compartmentation; Cell Count; Cells; Collection; Communities; Consent; Coupled; DNA; DNase-I Footprinting; Data; Data Set; Decision Making; Deoxyribonuclease I; Deoxyribonucleases; Development; Disease; Dissection; Elements; Encyclopedias; Fetal Tissues; Freezing; Genetic; Genome; Genomics; Health; Hematologic Neoplasms; Hematology; Hematopoietic; Human; Human Genome; Hypersensitivity; Immunologics; Individual; Informed Consent; Infrastructure; Institutional Review Boards; Intake; International; Location; Malignant Neoplasms; Maps; Medical; Medicine; Mission; Modeling; Mus; Physiological; Physiology; Population; Production; Productivity; Research Personnel; Resolution; Resources; Role; Sampling; Site; Solid Neoplasm; Source; Surveys; Techniques; Tissue Sample; Tissues; base; cell type; cost; data access; disease classification; experience; fetus cell; human tissue; indexing; innovation; laser capture microdissection; mouse genome; novel; open data; programs

ABSTRACT    The  overall  mission  of  this  Mapping  Center  is  to  create  and  disseminate  open  access,  comprehensive,  high-­quality,  high-­resolution  reference  maps  of  DNase  I  hypersensitive  sites  (DHSs)  in  the  human  and  mouse  genomes,  at  previously  unattainable  levels  of  cellular  and  anatomical  definition.  Regulatory  DNA  is  actuated  in  an  exceptionally  state-­specific  manner;;  accordingly,  achieving  a  comprehensive  map  of  DHSs  necessitates  the  interrogation  of  an  expansive  and  finely  partitioned  range  of  cell  and  tissue  samples.  Progressive  technical  improvements  and  recent  innovations  have  resulted  in  dramatic  (>100x)  decreases  in  requisite  input  biological  sample  quantities  coupled  with  equally  dramatic  (>100x)  increases  in  assay  throughput, and corresponding decreases in the incremental cost of generating reference-­quality  DHS maps.  These advances have in turn opened the possibility of systematically addressing all  well-­defined  physiologically  and  disease-­relevant  anatomic  and  cellular  compartments.  Four  major Specific Aims are targeted: (1) To create open access, comprehensive high-­quality, high-­ resolution reference maps of human DNase I hypersensitive sites;; (2) To create and disseminate  comprehensive  high-­quality,  high-­resolution  reference  maps  of  mouse  DNase  I  hypersensitive  sites;;  (3)  To  maintain  and  disseminate  reference  indices  of  DNase  I  hypersensitive  sites  and  footprints in the human and mouse genomes;; and (4) To enable large-­scale intake of Consortium  and Community samples for high-­quality, high-­throughput DHS mapping.

摘要： -- 中国地图信息中心的总体使命是创造信息，传播信息开放获取。 全面、高质量、高分辨率的DNA酶I和超敏感网站的地图参考。 (DHSS)研究了人类和小鼠的基因组，达到了以前无法达到的人类和小鼠基因组水平。 解剖学定义。监管机构的脱氧核糖核酸是以一种非常特殊的州特有的方式启动的；;。 因此，要实现一张全面的DHSS电子地图，就需要对他进行全面的审问。 扩张性测试和测试精细地划分了细胞和组织样本的范围。 这些改进和最近的创新已经导致了戏剧性的成本(&gt；100倍)和必要的成本减少。 输入生物样本数量，再加上同样戏剧性的测试(&gt；100x)，增加了检测的效率。 产量、产量和相应的成本降低了产生参考质量的成本增量。 国土安全部绘制了地图。这些进步反过来也开启了系统解决所有问题的可能性。 明确的生理结构和疾病相关的解剖结构和细胞结构隔间。 主要的具体目标是有针对性的：(1)努力创造开放的互联网接入，全面的、高质量的、高质量的。 决议：参考人类脱氧核糖核酸酶I和超敏感网站的地图；;(2)继续创建网站和传播。 全面、高质量、高分辨率的鼠标DNA酶和超敏图像的参考地图。 网站；;计划(3)负责维护和分发DNA酶I和过敏性疾病网站的参考指数。 在人类和小鼠的基因组中发现了足迹；;和(4)帮助实现了对该联盟的大规模摄取。 而社区样本则需要高质量、高吞吐量的国土安全部地图绘制。