水稻基因组计划的完成后，目前面临着巨量分子生物学数据的功能分析，除常规的序列注释外，系统生物学为揭示遗传型到表型的过程机理提供了解决方法。生物反应网络的预测重建是解决系统生物学分析的关键环节，是全面了解细胞生命过程，如细胞生长，代谢活动，基因调控，蛋白质间相互作用及细胞信号转导等的基本要求。在遗传育种，生物工程，医药医疗方面具有巨大的应用潜力。.本项目将挖掘和整合现有的分子生物学数据，对水稻的生物反应网络，特别是磷代谢网络进行预测重建和系统生物学的分析研究。拟提出并优化一适用性较强的生物反应网络的预测重建方法；构建完整的水稻磷代谢网络；确定水稻生物反应网络的结构与功能特性；并通过系统生物学的分析，结合生产应用，揭示水稻遗传型到表型的过程机理，尤其是水稻如何利用磷而影响其生长和代谢的机制。本项目的研究成功经验还可以适用于其它农业作物的系统生物学研究。