Integrierte Computersimulation von Protein-Protein-Assoziationsprozessen

蛋白质-蛋白质-联合会在生物学领域有着广泛的应用。在这一理论项目中，我们将在联合会的基础上对沃根格分子的观点进行修正。蛋白质和蛋白质的溶解。动力学模拟（Molekulardynamiksimulationen mit sanften äußeren Zwangskräften） 研究了Barnase系统：Barstar和Adrenodoxin：Adrenodoxin还原酶。我们韦尔登通过对蛋白质和溶剂组织的工业配合物的结合和解离效果的比较，确定了结合的特征。通过布朗动力学模拟的方法，我们可以在0.5 - 1 nm的距离内分离出两种不同的蛋白质，从而使我们能够利用复杂的能量系统来获得具有不同蛋白质特性的蛋白质。因此，我们在溶剂和蛋白质的分子有序性方面有一个基本的优势，即通过滞后效应和蛋白质-蛋白质-蛋白质相互作用的抑制作用来消除非线性的kon和koff-Raten。

Protein-Protein-Assoziationsprozesse gehören zu den grundlegenden Vorgängen in biologischen Zellen. In diesem theoretischen Projekt streben wir ein tieferes Verständnis der molekularen Vorgänge bei der Assoziation bzw. Dissoziation zweier Proteine an. Durch umfangreiche Molekulardynamiksimulationen mit sanften äußeren Zwangskräften ( force probe bzw. steered MD ) sollen die Systeme Barnase:Barstar und Adrenodoxin:Adrenodoxin-Reduktase untersucht werden. Wir werden durch getrennte Betrachtung der Assoziation und Dissoziation Effekte des induzierten Fits für die Proteinseitenketten und für die Organisation des Solvens an den Bindungsschnittstellen charakterisieren. Zusammen mit früheren Brownschen-Dynamik-Simulationen unserer Arbeitsgruppe für diese Systeme, die die Assoziation bis in den Encounter-Komplex bei etwa 0.5 - 1 nm Separation der beiden Proteine gut beschreiben können, möchten wir damit erstmals die komplette Energielandschaft für die Wechselwirkung zweier Proteine charakterisieren. Damit erhoffen wir uns fundamentale Einblicke in die molekularen Ordnungsprozesse des Solvens an der Protein-Schnittstelle, eine Erklärung für die unterschiedlichen kon und koff-Raten durch Hystereseeffekte und wertvolle Erkenntnisse zur Entwicklung von Inhibitoren der Protein-Protein-Wechselwirkung.