Thermodynamische Vorhersage konservierter Ribonukleinsäure-Strukturen

ConStruct ist ein Computer-Werkzeug zur Vorhersage von Konsensus-Sekundärstrukturen für Familien einzelsträngiger RNAs. Es basiert auf einem lymus（Lück et al.，1996），der die Vorteile von Schischer mit denen Genetischer，komparativer Strukturvorhersage kombiniert und ihre Nachteile vermeidet; insbesondere韦尔登努尔wenige Sequenzen für qualitativ hochwertige Vorhersagen benötigt. ConStruct beinhaltet eine graffiche Benutzeroberfläche，die es auf einfache Weise dem Benutzer erlaubt，ein Sequenz-basertes Alignment bezüglich einer Konsensus-Struktur zu optimieren（Lück et al.，1999年）。ConStruct soll im Antragszeitraum abschließend um mehrere Module mit folgenden Funktionen erweitert韦尔登：1. Ausgabe von suboptimalen Strukturen，was insbesondere für RNA mit mehreren funktionalen Zuständen wichtig ist; 2.自动优化小结构，以实现目标和结构优化; 3. 4.对复杂线形的相关性分析及其在三维结构设计中的应用。Einbindung zusätzlicher Energie-Minimierungssprogramme，um bei diesem elementaren Teil Auswahlmöglichkeiten zu haben.

ConStruct ist ein Computer-Werkzeug zur Vorhersage von Konsensus-Sekundärstrukturen für Familien einzelsträngiger RNAs. Es basiert auf einem Algorithmus (Lück et al., 1996), der die Vorteile von thermodynamischer mit denen phylogenetischer, komparativer Strukturvorhersage kombiniert und ihre Nachteile vermeidet; insbesondere werden nur wenige Sequenzen für qualitativ hochwertige Vorhersagen benötigt. ConStruct beinhaltet eine grafische Benutzeroberfläche, die es auf einfache Weise dem Benutzer erlaubt, ein Sequenz-basiertes Alignment bezüglich einer Konsensus-Struktur zu optimieren (Lück et al., 1999). ConStruct soll im Antragszeitraum abschließend um mehrere Module mit folgenden Funktionen erweitert werden: 1. Ausgabe von suboptimalen Strukturen, was insbesondere für RNAs mit mehreren funktionalen Zuständen wichtig ist; 2. automatisierte Optimierung kleiner Strukturelemente, um zu objektiven Aussagen an kritischen Strukturstellen zu gelangen; 3. Erweiterung der Korrelationsanalyse auf das komplette Alignment als Grundlage zur Vorhersage von Teritiärstrukturelementen; 4. Einbindung zusätzlicher Energie-Minimierungsprogramme, um bei diesem elementaren Teil Auswahlmöglichkeiten zu haben.