TRDB: A Multi-genome Database of Tandem Repeats
TRDB:串联重复的多基因组数据库
基本信息
- 批准号:0090789
- 负责人:
- 金额:$ 117.89万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:Continuing Grant
- 财政年份:2001
- 资助国家:美国
- 起止时间:2001-09-15 至 2004-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
A tandem repeat is an occurrence of two or more adjacent, often approximate copies of a sequence of nucleotides. Tandem repeats have known functional roles, including coding with loss of function, switching, and acting as modifiers of gene expression. Tandem repeats are primary components of chromosomal structures. They are useful for genetic linkage analysis, bacterial strain typing, DNA fingerprinting and studies of changes in DNA over short time scales.Identification of tandem repeats has been made easier by new software that processes the entire genome. The rapid analysis permits identification and annotation of repeats, clustering into families for further study. A multi-genome Tandem Repeats Database will bring together information about repeats as well as serving as the platform for development of new tools. These include algorithms to compare and cluster repeats, as well as for identifying predictive criteria for copy number polymorphisms. This will further enable annotation of repeats and of repeat families, including genomic environment, copy number polymorphisms, whole genome properties and family properties. All of this will be available through a web site with integrated data visualization and data model specification for transfer to other formats.
串联重复是核苷酸序列的两个或多个相邻的、通常是近似的拷贝的出现。串联重复序列具有已知的功能作用,包括编码功能丧失、转换和作为基因表达的修饰物。串联重复序列是染色体结构的主要组成部分。它们对遗传连锁分析、细菌菌株分型、DNA指纹和短时间尺度上DNA变化的研究都很有用。通过处理整个基因组的新软件,串联重复序列的识别变得更容易。快速分析允许识别和注释重复序列,并将其聚为家族以供进一步研究。多基因组串联重复序列数据库将汇集关于重复序列的信息,并作为开发新工具的平台。其中包括对重复序列进行比较和分类的算法,以及确定拷贝数多态预测标准的算法。这将进一步使重复序列和重复家族的注释成为可能,包括基因组环境、拷贝数多态、全基因组属性和家族属性。所有这些都将通过一个综合了数据可视化和数据模型规范的网站提供,以便转换为其他格式。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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