Dissecting a transcriptional domain

CTCFによる転写ドメインの機能解析を目的として、まずCTCFノックイン細胞を樹立した。この細胞では、CTCFのN末端とC末端にそれぞれ異なるタグ配 列(FLAG or ALFA)を融合したものであり、自作したタグ配列に対するリコンビナント抗体を用いてmulti-CUT&TAGの解析をおこなった。その結果、CTCFのクロマチンへの結合方向を同定することに成功した。この結果は、我々の作成したコンパクトなリコンビナント抗体を用いることで、より解像度高く標的の結合様式を解析できることを示唆しており、当初予定していた細胞内における転写複合体の解析のための大きな基盤技術となる。また昨年度にクロマチン制御因子として同定したTFDP1の機能解析をすすめたところ、TFDP1が直接クロマチンアクセシビリティを制御しているのではなく、その下流の遺伝子群ヒストンの転写制御を担っていることが明らかとなった。TFDP1をノックアウトすることによって、ヒストンの転写量が一定量下がり、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティが上昇するのだろうと結論づけた。本研究成果を国際誌に発表すべく、現在データを取りまとめている。また、クロマチンアクセシビリティを人為的に操作することによって、DNAに関連する様々な細胞機能改変への応用をこころみた。具体的には、Cas9がDNAへと結合することが必要なゲノム編集、山中4因子がクロマチンへと結合することが必要なiPSリプログラミングについて、アクセシビリティの人為操作が与える影響をしらべたところ、いずれの場合もその効率を改善させることに成功した。

CTCFによる転写ドメインの機能解析を目的として、まずCTCFノックイン細胞を樹立した。この細胞では、CTCFのN末端とC末端にそれぞれ異なるタグ配 列(FLAG or ALFA)を融合したものであり、自作したタグ配列に対するリコンビナント抗体を用いてmulti-CUT&TAGの解析をおこなった。その結果、CTCFのクロマチンへの結合方向を同定することに成功した。この結果は、我々の作成したコンパクトなリコンビナント抗体を用いることで、より解像度高く標的の結合様式を解析できることを示唆しており、当初予定していた細胞内における転写複合体の解析のための大きな基盤技術となる。また昨年度にクロマチン制御因子として同定したTFDP1の機能解析をすすめたところ、TFDP1が直接クロマチンアクセシビリティを制御しているのではなく、その下流の遺伝子群ヒストンの転写制御を担っていることが明らかとなった。TFDP1をノックアウトすることによって、ヒストンの転写量が一定量下がり、ゲノム全体のクロマチンアクセシビリティが上昇するのだろうと結論づけた。本研究成果を国際誌に発表すべく、現在データを取りまとめている。また、クロマチンアクセシビリティを人為的に操作することによって、DNAに関連する様々な細胞機能改変への応用をこころみた。具体的には、Cas9がDNAへと結合することが必要なゲノム編集、山中4因子がクロマチンへと結合することが必要なiPSリプログラミングについて、アクセシビリティの人為操作が与える影響をしらべたところ、いずれの場合もその効率を改善させることに成功した。