小分子を用いたG-quadruplex領域のゲノムワイド検出法の開発
利用小分子开发G-四链体区域的全基因组检测方法
基本信息
- 批准号:21K05114
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
グアニンリッチなDNAは、1本鎖の同鎖内もしくは2本や4本の異鎖間でG-quadruplex(G4)と呼ばれる4重鎖構造を形成する。G4はヒトゲノム内ではテロメア部分に多く存在していることが知られているが、近年プロモーターや5'-UTR、スプライシングサイトなど様々な遺伝子調節領域においてもG4が形成され遺伝子調節に関わっていると言われている。しかし、生体中での詳細なメカニズムはほとんど解明されていない。また近年ゲノム及びトランスクリトームの研究は次世代シークエンサの登場により急速に発展している。そのような次世代シークエンス技術と核酸構造を検出する小分子という分析化学技術を組み合わせて、生体中におけるG4の形成領域をゲノムワイドに検出する手法を開発することを目的としている。令和4年度には、以下の研究を遂行した。1)G4認識試薬の改良。より効率的にG4をプルダウンできるように、cNDIとBiotinを繋ぐリンカーとしてポリエチレングリコール (PEG)を導入したcNDI-PEG-Biotinを新規合成した。2)合成した cNDI-PEG-Biotinと4本鎖DNA(c-myc, TA-core)及び2本鎖DNA(ds oligo)との相互作用解析を熱力学測定により行った。それによりcNDI-PEG-Biotinが4本鎖DNAに特異的に結合し構造を安定化することが示された。3) in vitro系において磁気ビーズを利用したプルダウンアッセイによりcNDI-PEG-Biotin のDNAキャプチャー能評価を行い、4本鎖構造であるc-mycを特異的にキャプチャーすることが示された。
The structure of G-quadruplex (G4) and G-quadruplex (G4) is formed in the same lock as that in the same lock as that in the first lock. In recent years, G4 has been developing into a regulatory domain for gene expression in the region of gene expression in the form of a regulatory domain for gene expression. In the middle of the body, there is a detailed explanation of the problem. In recent years, the research on the development of the new generation has been rapidly developing. The next generation of technology and nucleic acid structure, small molecules, analytical chemistry technology, the formation of the field of biology, the development of technology, the development of technology The following research was carried out in 2004. 1) Improvement of G4 recognition test. G4-Biotin is introduced into the system. 2)Thermodynamic analysis of the interaction between cNDI-PEG-Biotin 4-DNA(c-myc, TA-core) and 2-DNA(ds oligo) cNDI-PEG-Biotin is a 4-locked-DNA-specific protein that binds to a stable structure. 3)In vitro system, the DNA of cNDI-PEG-Biotin can be evaluated by using cNDI-PEG-Biotin. 4. The structure of c-myc is specific.
项目成果
期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
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- 通讯作者:竹中 繁織
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