Analysis of the function of antigen-presenting cells present in the stroma of colorectal cancer and the intracellular microbiome

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「大腸粘膜および抗原提示細胞に存在する腸内細菌の解析」前年度に課題として細菌DNAの安定的な抽出方法の確立を目指すために、炎症性腸疾患症例における腸管の細胞内細菌を解析した過去の手法を用いてDNAの抽出方法を検討した（Sekido Y, Sci Rep. 2020, corresponding author Nishimura J）。また、過去の他の文献も参考にし、以前と同様にDNA抽出の際にNucleoSpin Tissue XSを使用したが、抽出の際に使用する酵素のproteinase KとLysozymeとAchromopeptidaseの濃度調整を行い、複数症例を費やすことによって、安定したDNAの抽出を行えるようになった。5症例から、①大腸癌部、②非大腸癌部分、③腸粘膜、④①の分離に使用したシース液、⑤②の分離に使用したシース液の各々5検体よりDNA抽出を行い、計25検体で大阪大学微生物病研究所ゲノム解析室に次世代シークエンス解析を依頼した。5症例、各5検体ともシークエンスは可能であり、シークエンスカウントは63248～982656であった。検体間での④と⑤の違いは少なかった。今後①、②については④、⑤のバックグラウンドを消去したのちに①、②、③で比較検討を行い、①に特徴的な腸内細菌叢を同定する予定である。