Establishing a Risk Prediction Method for Primary Open Angle Glaucoma Using Next Generation Sequencer and Analysis on Non-synonymous Valiant

利用下一代测序仪建立原发性开角型青光眼风险预测方法并进行非同义 Valiant 分析

• 批准号: 21H02687
• 负责人: 田代 啓
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: Kyoto Prefectural University of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02687/
• 关键词: 緑内障; 発症リスク; GWAS; NGS; 分子標的

緑内障は点眼薬治療により視野欠損進行を抑制する介入が可能なため、介入を決断するための低侵襲な血液検査による発症リスク予測法開発が切望されているが、その実用化に最適なプラットフォームは不明である。また、既存薬と分子標的が異なる点眼薬の開発も切望されている。本研究では、以下のように倫理面に配慮して研究を実行した。研究期間全体にわたり緑内障症例群および対照群由来の臨床情報とゲノム情報を取り扱うので、関連する倫理と法令を遵守しながら研究を実行した。また、国際大型共同研究においては、各国各施設での倫理委員会の承認とインフォームドコンセントの下の検体収集と、ジェノタイプデータの取得とその解析が順調に進行中である。全ゲノム解析(GWAS)で同定した緑内障発症ゲノム予測マーカーバリアント候補群から実際に使用するバリアント群を確定するための研究を実施した。広義POAGの検出力向上のために、9p21.3のrs7865618、1p22.1のrs1192415、XFS/XFGの検出力向上のために、15q24.1のrs3825942、15q24.1のrs3825941、15q24.1のrs16958445、3p24.1のrs12490863の寄与を詳細に検討した。国際大型共同研究の下、XFS/XFG症例群について次世代シーケンサーによりゲノム上の全エキソン（エキソーム）データを取得し、相関解析（エキソーム解析）を実施した。その結果、コンピュータ予測プログラム（Polyphen-2）でタンパク質の立体構造に重篤な影響を与えると推定された稀なバリアント（“有害バリアント”）のうち、XFS/XFG症例群に特有なバリアントが既報のLOXL1からだけでなくシトクロムP450に属するCYP39A1からも新規に同定された。

cataract treatment, visual field deficit suppression, intervention, possible, intervention, decision, low-invasive, blood test, development of disease prediction, desired, and optimal use, unknown. The development of existing molecular targets is expected to continue. This study is based on the following ethical considerations: All cataract cases and clinical information on the origin of the group were collected during the study, and ethical regulations were observed. The analysis of the model collection and acquisition of information under international large-scale joint research is in progress. The study of cataract diagnosis based on GWAS was carried out. POAG's output upward, rs7865618 of 9p21.3, rs1192415 of 1p22.1, XFS/XFG's output upward, rs3825942 of 15q24.1, rs3825941 of 15q24.1, rs16958445 of 15q24.1, rs12490863 of 3p24.1 are discussed in detail. Under the international large-scale joint study, XFS/XFG syndrome cluster is divided into sub-generation and sub-generation. As a result, the XFS/XFG syndrome cluster is unique to the reported LOXL1 and CYP39 A1, and is determined by the new regulation.

项目成果

Seasonal Variation and Trend of Intraocular Pressure Decrease Over a 20-Year Period in Normal-Tension Glaucoma Patients

• DOI: 10.1016/j.ajo.2021.10.001
• 发表时间: 2022-02-01
• 期刊: AMERICAN JOURNAL OF OPHTHALMOLOGY
• 影响因子: 4.2
• 作者: Ikeda, Yoko;Mori, Kazuhiko;Kinoshita, Shigeru
• 通讯作者: Kinoshita, Shigeru

Novel Vertical Cup-to-Disc Classification to Identify Normal Eyes That Maintain Non-Glaucoma Status: A 10-Year Longitudinal Study

• DOI: 10.1097/ijg.0000000000002109
• 发表时间: 2023-02-01
• 期刊: JOURNAL OF GLAUCOMA
• 影响因子: 2
• 作者: Ikeda，Yoko;Mori，Kazuhiko;Kinoshita，Shigeru
• 通讯作者: Kinoshita，Shigeru

Association of the CYP39A1 G204E Genetic Variant with Increased Risk of Glaucoma and Blindness in Patients with Exfoliation Syndrome

• DOI: 10.1016/j.ophtha.2021.11.001
• 发表时间: 2022-03-18
• 期刊: OPHTHALMOLOGY
• 影响因子: 13.7
• 作者: Bell, Katharina;Ozaki, Mineo;Aung, Tin
• 通讯作者: Aung, Tin

Efficient DNA/RNA extraction from tarsal plates by SK mill, a freeze-crush apparatus

使用冷冻粉碎设备 SK mill 从跗骨板中高效提取 DNA/RNA

• DOI: 10.1093/jb/mvac078
• 发表时间: 2022
• 期刊: The Journal of Biochemistry
• 作者: Oku Hiroaki;Watanabe Akihide;Tokuda Yuichi;Nakayama Tomomichi;Tashiro Kei;Sotozono Chie;Nakano Masakazu
• 通讯作者: Nakano Masakazu

A Novel CD135+ Subset of Mouse Monocytes with a Distinct Differentiation Pathway and Antigen-Presenting Properties

具有独特分化途径和抗原呈递特性的新型小鼠单核细胞 CD135 亚群

• DOI: 10.4049/jimmunol.2100024
• 发表时间: 2022
• 期刊: The Journal of Immunology
• 作者: Kamio Naoka;Yokota Asumi;Tokuda Yuichi;Ogasawara Chie;Nakano Masakazu;Nagao Miki;Tashiro Kei;Maekawa Taira;Onai Nobuyuki;Hirai Hideyo
• 通讯作者: Hirai Hideyo