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骨発生・骨修復におけるエピゲノムダイナミクスの比較解析と骨再生への応用

骨发育和骨修复表观基因组动力学的比较分析及其在骨再生中的应用

基本信息

批准号：
20H03885
负责人：
北條宏徳
金额：
$ 11.23万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

これまでに得られた骨修復おけるデータセットと、骨発生におけるマウスデータセットの比較解析を行った。骨発生データセットとして、マウス骨発生に関する公共データベースを利用した。バイオインフォマティクスの手法を用いて、バッチエフェクトを解消した後、骨修復データと骨発生データを統合した。得られたデータは、遺伝子発現プロファイルに基づきクラスタリング解析を行い、UMAP上に描写した。さらに、マーカー遺伝子の発現プロファイルに基づき、細胞のアノテーションを行った。以上の結果、骨発生と骨修復において、同一の骨格系細胞集団が多数認められることが明らかになった。一方、血球系細胞については、発生と修復で異なっている可能性が示唆された。骨格系細胞について、さらに偽時系列解析により、連続的な遺伝子発現プロファイルを比較検討し、骨修復と骨発生の間で特異的なシグナチャーと共通シグナチャーを抽出した。さらに、骨修復データセットに対して、リガンド―受容体解析を行った。scTensorを用いて Cell-cell interaction（CCI）と Ligand-Receptor（L-R）ペアの抽出を行った。様々な細胞集団でシグナル相互作用の候補が多数得られた。この中で、骨格系細胞集団と血球系細胞集団間の相互作用に注目した。統計学的な基準と文献検索により、骨修復シグナル候補を絞り込んだ。以上の解析により、骨発生と骨修復において、遺伝子発現に関する相違性の理解が進み、骨修復に必要なシグナル因子群の候補を取得した。

これまでに have られた bone repair おけるデータセットと, bone 発におけるマウスデータセットの comparative analytical line をった. Bone 発 raw データセットとして, マウス bone 発 raw に masato する public データベースを using した. バイオインフォマティクスの gimmick を with いて, バッチエフェクトを null した, bone repair after データと bone 発 raw データを integration した. Have られたデータは, but 伝発 now プロファイルに base づきクラスタリング parsing をい, に UMAP describing した. さらに, マーカー posthumous son 伝の発 now プロファイルに base づき, cell のアノテーションを line った. The above <s:1> results, bone growth と, bone repair におてて, and the が majority of the cell clusters of the same bone cell system recognize められるらとがとが. One party, hematopoietic cells に, にて, て, て, the possibility of と repair で, なって, なって, る, が indicates された. Bone cell について, さらに when pseudo series analytical により, even 続な but 伝発 now プロファイルを compare beg し検, bone repair と bone 発ので between specific なシグナチャーと common シグナチャーを spare した. Youdaoplaceholder0, bone repair デタセットにタセットに vs. て, リガドド - analysis of the recipient を row った. scTensorを uses をて Cell-cell interaction (CCI) と Ligand-Receptor (L-R) ペアペア to extract を rows った. The 々な cell clusters でシグナでシグナ interact with <s:1> candidates が are mostly られた. In で, skeletal cell clusters と, and the <s:1> interaction between hematocytic cell clusters に. Pay attention to the tissue た. The な benchmark of statistics と literature 検 suol によ, bone repair シグナを candidate を込んだ込んだ. Above analytical にのより, bone 発と bone repair において, but 伝発 now に masato する conceives の understand が into み, bone repair に necessary なシグナル factor group の alternate を obtain した.

项目成果

期刊论文数量（24）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Runx2 defines the osteoblast chromatin landscape in skeletal development

Runx2 定义了骨骼发育中的成骨细胞染色质景观

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hironori Hojo;Taku Saito;Shoko Onodera;Toshifumi Azuma;Ung-il Chung;Masahide Seki;Yutaka Suzuki;Andrew P. McMahon;Shinsuke Ohba
通讯作者：
Shinsuke Ohba

Runx2は骨格発生においてクロマチンランドスケープを規定する

Runx2 定义了骨骼发育过程中的染色质景观