权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

Regulation of Enhanceosome by Cohesin

粘连蛋白对增强体的调节

基本信息

批准号：
20H05686
负责人：
白髭克彦
金额：
$ 126.3万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-08-31 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

令和4年度は、以下の実績を挙げた。昨年までの解析で、コヒーシンローダーはN末のみの振る舞いを見た場合、その転写の現場へのリクルートはアクティベーターとメディエーターに100%依存していることが判明した。今年度は転写装置としてのコヒーシンローダーの役割が何であるのか、特に転写伸長反応の装置に焦点を当ててin vivoとvitroで解析した。１．In vitro再構成系では、コヒーシンローダーの欠損がリモデリング因子SPT6および、転写伸長因子CDK12の脱落を引き起こすこと、逆にSPT6の欠損がコヒーシンローダーの結合を抑制することを見出した。さらに、コヒーシンはCDK9複合体とNTP存在下では相互作用するが、フラボピリドール存在下では相互作用しないことが判明した。２．In vivoの解析系では主としてコヒーシンをオーキシンデグロンにより枯渇化し、その影響をゲノムワイドに検証している。特に転写伸長因子に限って解析した結果、PI(Pausing Indexの減少が顕著に認められることが明らかとなった。また、一部の因子についてプロモーターにおける結合量は変わらないものの、Gene Bodyにおいて結合の減少が見られる伸長因子がコヒーシン枯渇化条件下で明らかとなった。３．これらの実験と並行して、転写産物の構造の解析（total RNA-seq）をコヒーシン、コヒーシンローダーの枯渇化（デグロンによる）でおこなった。その結果、コヒーシンローダーの枯渇下においては遺伝子の5'および3'側両端にマップされるリード数が上昇すること、また、発現のゆらぎ（標準偏差）が上昇する傾向にあることが判明した。カロリンスカ研究所のCarsten Dauv教授とエンハンサー機能についての数理モデルの検討、同研究所のCamilla Bjorkegren博士とコヒーシンの転写に与える影響の解析を網羅的かつ系統的に行うべく、研究員2 名を長期に派遣し、共同研究を推進している。

The following results were achieved in 2014: In the past, the analysis of the situation, the analysis of the situation This year, the focus of the device is in vivo and in vitro. 1. In vitro reconstruction system, the loss of SPT6 and the loss of CDK12 are reduced. The interaction between CDK9 complex and NTP was identified. 2. In vivo analysis system is mainly composed of three parts: one part is composed of four parts: one part is composed of three parts: one part is composed of four parts: one part is composed of In particular, the elongation factor is limited to the analysis result, PI(Pausing Index) is reduced to the recognition result. The amount of binding in a Gene is reduced by a factor called elongation factor. 3. Total RNA-seq (total RNA-seq) analysis of the structure of the product. As a result, the number of cases occurring in the 5'and 3' sides of the case increased, and the number of cases occurring in the case of standard deviation increased. Professor Carsten Dauv of the Institute of Science and Technology, Dr. Camilla Bjorkegren of the Institute of Science and Technology, and Dr. Carsten Dauv of the Institute of Science and Technology, Dr. Camilla Bjorkegren of the Institute of Science and Technology, Dr. Camilla Dauv of Science and Technology, Dr. Camilla Bjorkegren of the Institute of

项目成果

期刊论文数量（12）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Cohesin-dependent chromosome loop extrusion is limited by transcription and stalled replication forks.

DOI：
10.1126/sciadv.abn7063
发表时间：
2022-06-10
期刊：
Science advances
影响因子：
13.6
作者：
通讯作者：

Children’s Hospital of Philadelphia(米国)

费城儿童医院（美国）

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Large-scale multi-omics analysis suggests specific roles for intragenic cohesin in transcriptional regulation.

DOI：
10.1038/s41467-022-30792-9
发表时间：
2022-06-09
期刊：
NATURE COMMUNICATIONS
影响因子：
16.6
作者：
Wang, Jiankang;Bando, Masashige;Shirahige, Katsuhiko;Nakato, Ryuichiro
通讯作者：
Nakato, Ryuichiro

カロリンスカ研究所(スウェーデン)

卡罗林斯卡学院（瑞典）

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Checkpoint-mediated DNA polymerase ε exonuclease activity curbing counteracts resection-driven fork collapse.

DOI：
10.1016/j.molcel.2021.04.006
发表时间：
2021-07-01
期刊：
Molecular cell
影响因子：
16
作者：
Pellicanò G;Al Mamun M;Jurado-Santiago D;Villa-Hernández S;Yin X;Giannattasio M;Lanz MC;Smolka MB;Yeeles J;Shirahige K;García-Díaz M;Bermejo R
通讯作者：
Bermejo R