タンパク結合プロファイルに基づいた染色体代謝ネットワークの解析

基于蛋白质结合谱的染色体代谢网络分析

• 批准号: 16013250
• 负责人: 白髭 克彦
• 金额: $ 4.48万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16013250/
• 关键词: DNAチップ; 染色体動態; ゲノム解析; 動態シミュレーション

出芽酵母、および、分裂酵母の全染色体についてもChIP-chip法により染色体上のタンパクの配置を解析可能なシステムを構築した。このシステムを用い、出芽酵母染色体上での姉妹染色体分体間接着タンパク、コヒーシンの配置メカニズムの解析と、DNA二本鎖切断時に於ける配置の変化を追跡した。まず、コヒーシンが転写と排他的に染色体上で棲み分けていることを明らかにした。さらに、DNA二本鎖切断時にはダイナミックにコヒーシンが切断部位へ移動して行くことを通じ、コヒーシン複合体のDNA修復への関与を明らかにした。コヒーシンの修復機能はコヒーシンを染色体に結合させる上で必要不可欠なScc2蛋白に依存しており、二本鎖切断時にはScc2の新たな結合が、セントロメアおよび、切断部位に検出される。現在、コヒーシンのDNA切断時に於ける配置変化に必要な因子を検索中である。一方、分裂酵母染色体ではコヒーシンの配置は、必ずしも転写と排他的にはならず、その配置原理は出芽酵母と異なる。分裂酵母染色体はそのレプリコン構造に於いても、出芽酵母染色体とは異なることが示されている。現在、分配装置の配置を始め種々の染色体高次構造形成因子についての解析を通し、真核生物染色体に共通の構築原理を明らかにすると共に、この二つの酵母の染色体構造を比較することにより、大きなサイズの染色体の構築のために必要な因子とその役割について明らかにしようと考えている。

The whole chromosome of budding yeast, mitotic yeast and mitotic yeast was analyzed by ChIP-chip method. Analysis of chromosome structure, mapping of chromosome structure on budding yeast chromosomes, and mapping of chromosome structure on DNA duplex The chromosome of a person who is not a member of the family is not a member of the family. When the DNA is cut, it is necessary to move the DNA repair site to the next level. The repair function of SCC2 is necessary for chromosome binding, and SCC2 protein binding is necessary for chromosome disconnection. Now, when the DNA is cut, the necessary factors are configured. A side, split yeast chromosome, the configuration of the opposite, must be written and exclusive, the configuration principle of the opposite, budding yeast The chromosome structure of mitotic yeast is different from that of budding yeast Now, the allocation of the device to start the analysis of higher-order structural factors of chromosomes, eukaryotic chromosome common construction principle to clarify the common, two yeast chromosome structure to compare the necessary factors for the construction of chromosomes, large and medium-sized.

项目成果

Cohesin relocation from sites of chromosomal loading to places of convergent transcriptions.

粘连蛋白从染色体装载位点迁移到聚合转录位点。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Nature 430
• 作者: A.Lengronne;Y.Katou;S.Mori;S.Yokobayashi;G.Kelly;T.Itoh;Y.Watanabe;K.Shirahige^*;F.Uhlmann^* (^*equally contributed author)
• 通讯作者: F.Uhlmann^* (^*equally contributed author)

S-phase checkpoint proteins Tof1 and Mrc1 form a stable replication-pausing complex

• DOI: 10.1038/nature01900
• 发表时间: 2003-08-28
• 期刊: NATURE
• 影响因子: 64.8
• 作者: Katou, Y;Kanoh, Y;Shirahige, K
• 通讯作者: Shirahige, K

Postreplicative recruitment of cohesin to double-strand breaks is required for DNA repair

• DOI: 10.1016/j.molcel.2004.11.026
• 发表时间: 2004-12-22
• 期刊: MOLECULAR CELL
• 影响因子: 16
• 作者: Ström, L;Lindroos, HB;Sjögren, C
• 通讯作者: Sjögren, C

RSC Nucleosome-remodeling complex plays prominent roles in transcriptional regulation throughout budding yeast gametogenesis.

RSC 核小体重塑复合物在芽殖酵母配子发生过程中的转录调控中发挥着重要作用。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Biosci Biotechnol Biochem. 68
• 作者: H.Koyama;T.A.Nagao;T.Inai;K.Miyahara;Y.Hayasida;K.Shirahige;E.Tsuchiya
• 通讯作者: E.Tsuchiya

Yeast Pho85 kinase is required for proper gene expression during the diauxic shift

• DOI: 10.1002/yea.1138
• 发表时间: 2004-08
• 期刊: Yeast
• 影响因子: 2.6
• 作者: M. Nishizawa;Y. Katou;K. Shirahige;A. Toh-e