Analysis of Cancer Evolution by Single Cell Amplicomics

单细胞扩增组学分析癌症进化

• 批准号: 20J01794
• 负责人: 中山 淳
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: National Cancer Center Japan
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-24 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20J01794/
• 关键词: DCIS; scRNA-seq; 不均一性; VARIED; 定量的ネットワークトポロジー; HER2陽性乳癌; 浸潤性乳管がん; 乳がん; ERBB2; 遺伝子増幅; シングルセルアンプリコミクス; ERRB2; がん遺伝子; アンプリコン

令和4年度の研究成果として、収集した臨床検体のシングルセルRNA-seq解析を実施し、LuminalサブタイプDCIS検体、Luminal-HER2サブタイプDCIS検体、Luminalサブタイプ原発腫瘍、HER2陽性サブタイプ原発腫瘍の統合解析を行った。その結果、DCISに特徴的な遺伝子をシングルセルレベルで抽出することに成功した。また、DCISですでにERBB2遺伝子増幅領域に含まれる遺伝子が複数発現上昇していることを見出した。さらに、定量的ネットワークトポロジーを用いた遺伝子発現不均一性の解析VARIED法を開発した。このVARIED法を適用することで、乳がんにおける間質細胞の不均一性の増大を見出した。これらの結果は従来の知見をサポートするものであり、不均一性を定量的に議論することが可能となった。これらの結果を統合し、Cancer Research誌に成果を報告した（Tokura and Nakayama (Co-first) et al., Cancer Research, 2022）。当初の計画以上に進展しており、新たなシングルセル解析手法の開発に取り組む予定である。現在は、本研究課題をさらに発展させ、浸潤性小葉がんのシングルセル・空間トランスクリプトーム解析やVARIED法の適用拡張のための共同研究を推進している。

To research achievements and 4 year の と し て, 収 し た clinical 検 body の シ ン グ ル セ ル RNA - seq parsing を be し, Luminal サ ブ タ イ プ DCIS 検 body, Luminal - HER2 サ ブ タ イ プ DCIS 検 body, Luminal サ ブ タ イ プ 発 swollen sores, HER2 positive サ ブ タ イ プ original 発 swollen sores の series Combine the analysis of the を line った. そ の results, DCIS に な of special 徴 伝 son を シ ン グ ル セ ル レ ベ ル で spare す る こ と に successful し た. ま た, DCIS で す で に ERBB2 heritage 伝 of child rights field contains に ま れ る posthumous son 伝 が plural 発 now rising し て い る こ と を shows し た. Youdaoplaceholder0, quantitative ネットワ トポロジ トポロジ トポロジ トポロジ を を is developed by using the <s:1> た residual 伝 to show inhomogeneity by the <s:1> analytical VARIED method を to develop changes た. The <s:1> VARIED method を is applicable to する とで とで, and the <s:1> heterogeneity <e:1> of milk がんにおける interstitial cells increases を, which shows that た た. こ れ ら の results は 従 to の knowledge を サ ポ ー ト す る も の で あ り uneven, a sex talk を quantitative に す る こ と が may と な っ た. <s:1> れら を results を integration を Cancer Research に results を report た た (Tokura and Nakayama (Co-first) et al., Cancer Research, 2022). At the beginning of the <s:1> plan, the above に progress てお てお てお <e:1>, the new たなシ グ グ セ セ セ <s:1> analysis method <e:1> was developed に and the む group む was determined である. は now, this research topic を さ ら に 発 exhibition さ せ, invasive lobular が ん の シ ン グ ル セ ル · space ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing や VARIED methods apply の company, zhang の た め の joint research を propulsion し て い る.

项目成果

同所性移植手法を用いたNMuMG-HOXB7細胞の転移能評価

原位移植技术评价NMuMG-HOXB7细胞的转移潜力

• 发表时间: 2022
• 作者: 東和志;中山淳;仙波憲太郎
• 通讯作者: 仙波憲太郎

Anomalous Epithelial Variations and Ectopic Inflammatory Response in Chronic Obstructive Pulmonary Disease

慢性阻塞性肺疾病的异常上皮变异和异位炎症反应

• DOI: 10.1165/rcmb.2021-0555oc
• 发表时间: 2022
• 期刊: American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology
• 影响因子: 6.4
• 作者: Watanabe Naoaki;Fujita Yu;Nakayama Jun;Mori Yutaro;Kadota Tsukasa;Hayashi Yusuke;Shimomura Iwao;Ohtsuka Takashi;Okamoto Koji;Araya Jun;Kuwano Kazuyoshi;Yamamoto Yusuke
• 通讯作者: Yamamoto Yusuke

野生型FLT3を標的とした新規シーズ化合物の創製と評価

针对野生型 FLT3 的新种子化合物的创建和评估

• 发表时间: 2022
• 作者: Taichi Kuronuma;Takehiro Miki;Yasuhisa Kondo;中山淳
• 通讯作者: 中山淳

乳がん同所性移植モデルにおける腫瘍内微小不均一性の解析

乳腺癌原位移植模型瘤内微观异质性分析

• 发表时间: 2021
• 作者: 中山淳;仙波憲太郎;山本雄介
• 通讯作者: 山本雄介

乳がんにおけるがん幹細胞様集団の腫瘍内不均一性

乳腺癌中癌症干细胞样群的瘤内异质性

• 发表时间: 2022
• 作者: 中山淳;仙波憲太郎;山本雄介
• 通讯作者: 山本雄介