がん細胞パネルと計算機による3次元ファーマコフォアの抽出

使用癌细胞面板和计算机提取 3D 药效团

• 批准号: 15659028
• 负责人: 矢守 隆夫
• 金额: $ 1.98万
• 依托单位: Japanese Foundation For Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15659028/
• 关键词: 3次元ファーマコフォア; がん細胞パネル; 計算機; 構造活性; リガンドドッキング; 結合配座

本研究ではトポイソメラーゼ-・阻害作用をもつことがわかっている化合物の情報を用いたligand-based Drug Design手法を用いて、トポイソメラーゼ-・阻害化合物に関するリガンドの三次元ファーマコフォアの同定と基質認識に重要なアミノ酸の推定を行うことにより、創薬に有用な情報を提案することを目的とした。トポイソメラーゼ-Iとtopotecan(トポイソメラーゼ-I阻害薬)の複合体X線構造(pdbcode:1k4t)を用いて解析を行った。また、解析にはtopotecanに加えて5つのトポイソメラーゼ-・阻害化合物(LGZK69, PDC, acetomycin, Mel-1020, FM-02)を用いた。その結果、ligand-based Drug Design手法に基づくトポ-・阻害化合物の三次元ファーマコフォアの同定を成功裏に完了した。トポイソメラーゼ-I阻害作用をもつためには、分子中の官能基がメインファーマコフォアの種類や空間的配置を持ち、さらにそれらが平面的に配置していることが重要であると思われる。また、同時にサブファーマコフォアも持っていることがより好ましいと考えられる。さらに、トポイソメラーゼ-・阻害化合物のトポイソメラーゼ-Iとの複合体生成と構造最適化および相互作用アミノ酸の同定を行った。その結果、トポイソメラーゼ-I阻害作用を持つためには分子中のアニオン性官能基がLys532と水素結合することが重要であることが示唆された。以上、6つのトポイソメラーゼ-I阻害化合物を用いることで、トポイソメラーゼ-I阻害作用を持つために重要な特性を推定することができた。この情報はin silicoスクリーニングなど新規薬物の合理的な開発に有用であると思われる

In this study, the information on the use of ligand-based Drug Design techniques for the identification and identification of toxic compounds was used. X-ray structure (pdbcode: 1k4t) of complex of topo tecan (topo tecan) The use of inhibitors (LGZK69, PDC, acetomycin, Mel-1020, FM-02) was investigated. The results of Ligand-based Drug Design are complete. The functional groups in the molecules are arranged in the same way as the spatial ones.また、同时にサブファーマコフォアも持っていることがより好ましいと考えられる。The structure optimization of complex formation and the interaction between the two compounds are discussed. As a result, the protective effect of Lys532 and Lys532 in the molecule is very important. The above, 6 kinds of This information is useful in the rational development of new chemicals.

项目成果

The introduction of atom types and calculations of new parameters for charge equilibrium method

原子类型的引入和电荷平衡方法新参数的计算

• 发表时间: 2003
• 期刊: Journal of Computer Chemistry, Japan 2(1)
• 作者: Oda A;Hirono S
• 通讯作者: Hirono S

Yamori, T.: "Panel of human cancer cell lines provides valuable database for drug discover and bioinformatics"Cancer Chemother Pharmacol. 52・Suppl 1. 74-79 (2003)

Yamori, T.：“人类癌细胞系组为药物发现和生物信息学提供了有价值的数据库”Cancer Chemother Pharmacol 52·Suppl 1. 74-79 (2003)

YM-216391, a Novel Cytotoxic Cyclic Peptide from Streptomyces nobilis. Fermentation, Isolation and Biological Activities. I.

YM-216391，一种来自链霉菌的新型细胞毒性环肽。

• 发表时间: 2005
• 期刊: J.Antibiot. 58
• 作者: Sohda;K.;Nagai;K.;Yamori;T.;Suzuki;K.;Tanaka;A.
• 通讯作者: A.

Synthesis of functional proteins by mixing peptide motifs

通过混合肽基序合成功能蛋白

• 发表时间: 2004
• 期刊: Chem Biol 11(6)
• 作者: Saito H;Honma T;Minamisawa T;Yamazaki K;Noda T;Yamori T;Shiba K
• 通讯作者: Shiba K

Computer-aided modeling of pentachlorophenol 4-monooxygenase and site-directed mutagenesis of its active site.

五氯酚 4-单加氧酶的计算机辅助建模及其活性位点的定点诱变。

• 发表时间: 2003
• 期刊: Chem.Pharm.Bull. 51(11)
• 作者: Takashi Nakamura;Takayuki Motoyama;Takatsugu Hirokawa;Shuichi Hirono;Isamu Yamaguchi
• 通讯作者: Isamu Yamaguchi