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AP-PCR-SSCPを用いた病態特異的な遺伝子多型の網羅的探索法の確立と応用

AP-PCR-SSCP疾病特异性基因多态性综合检索方法的建立及应用

基本信息

批准号：
15659133
负责人：
前川真人
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Hamamatsu University School of Medicine
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15659133/
关键词：
AP-PCR SSCP SNPs 遺伝子多型テイラーメイド医療 SSCO

项目摘要

特定の病態などの表現型に関連している遺伝子多型を直接検出する方法として、SNPから表現型へ進むのではなく、特定の表現型を説明できる遺伝型を探索するという逆のプロセスをたどるための基本的手法として、AP-PCR (arbitrary primed PCR)-SSCP (single strand conformation polymorphism)を利用した。1)長寿者とそれ以外のDNAを混合したDNAプールを作成する。100歳以上の百寿者1グループ(9人)、90歳3グループ(8本ずつ)、60歳1グループ(10人)から抽出したgenomic DNAをプールした。2)13種類のプライマーでAP-PCR (arbitrary primed PCR)を施行した.アガロースゲルで増幅産物を確認後、10%PAG、15℃、3.5時間のSSCP泳動を行った.銀染色による可視化で、表現型によって移動度の異なるバンド、濃さが変化しているバンドを切り出し、再PCRの後、TAクローニングを行い、ベクタープライマーで塩基配列を決定した。3)BLAST検索により得られた塩基配列から該当する遺伝子を同定した。4)遺伝子特異プライマーを用いて各表現型の個体それぞれをPCR-SSCP法で解析し、表現型と遺伝型との関連性について検証した。また、塩基配列決定によりSNPを同定した。その結果判明したSNPのうち、高齢者に高頻度に見いだされたSNPを1つ同定した。高齢者の例数も少なかったことから、医学部学生をコントロールとして分析し、SNPの頻度を比較したところ、Homosapiens 3 BAC RP11-61K12 (AC130566)の8768C>G polymorphismが見いだされた.この方法の考え方は、絨毯爆撃的にSNPを検出してから意味付けするのではなく、まとまったポピュレーションを説明できるSNPを探していこうというものである。方法として用いたAP-PCR-SSCPは、網羅的な遺伝子増幅プラスSSCPによる一本鎖としての分離と定量性である。今後、本法をさらにブラッシュアップして、プロテオミクス解析で用いられている2次元電気泳動と蛍光標識プライマーによる遺伝子増幅を組み合わせると、より詳細な解析が可能と考える.

The method of direct detection of specific pathotypes and phenotypes, SNP, phenotype progression, specific phenotype description, genetic type exploration, reverse transcription, and basic methods of AP-PCR (arbitrary primed PCR)-SSCP (single strand conformation polymorphism) are utilized. 1)Longer life than the DNA mix 100 years old and older 1 group (9 people), 90 years old 3 group (8 people), 60 years old 1 group (10 people) 2)13 AP-PCR (arbitrary primed PCR) is implemented. After the amplification products were confirmed, SSCP migration was performed at 10% PAG, 15℃, 3.5 hours. Silver stain visualization, phenotypic mobility variation, concentration variation, cut out, PCR re-run, selection, base alignment determination 3)BLAST search results are obtained by matching the base sequence with the target sequence. 4)PCR-SSCP analysis of phenotypes and association between phenotypes and phenotypes The nucleotide sequence is determined by SNP. The results showed that SNP was more frequent than SNP, and SNP was more frequent than SNP. The number of cases of high fever is small, the medical students are small, the SNP frequency is compared, Homosapiens 3 BAC RP11-61K12 (AC130566) and 8768C>G polymorphism are included. This method is based on the SNP detection method and the SNP detection method. Methods: AP-PCR-SSCP was used to detect and quantify the presence of DNA. In the future, this method will be used for the analysis of two-dimensional electrokinetic and optical signals.

项目成果

期刊论文数量（22）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

遺伝子検査をとりまく環境と現状・将来

基因检测环境、现状与未来

DOI：
发表时间：
2003
期刊：
日本臨床検査自動化学会会誌 28(5)
影响因子：
0
作者：
Miyakura Y;Sugano K;Akasu T;Yoshida T;Maekawa M;Saitoh S;Sasaki H;Nomizu T;Konishi F;前川真人;前川真人
通讯作者：
前川真人

Inactivating mutations of the human base excision repair gene NEIL1 in gastric cancer