AP-PCR-SSCPを用いた病態特異的な遺伝子多型の網羅的探索法の確立と応用

AP-PCR-SSCP疾病特异性基因多态性综合检索方法的建立及应用

• 批准号: 15659133
• 负责人: 前川 真人
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Hamamatsu University School of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15659133/
• 关键词: AP-PCR; SSCP; SNPs; 遺伝子多型; テイラーメイド医療; SSCO

特定の病態などの表現型に関連している遺伝子多型を直接検出する方法として、SNPから表現型へ進むのではなく、特定の表現型を説明できる遺伝型を探索するという逆のプロセスをたどるための基本的手法として、AP-PCR (arbitrary primed PCR)-SSCP (single strand conformation polymorphism)を利用した。1)長寿者とそれ以外のDNAを混合したDNAプールを作成する。100歳以上の百寿者1グループ(9人)、90歳3グループ(8本ずつ)、60歳1グループ(10人)から抽出したgenomic DNAをプールした。2)13種類のプライマーでAP-PCR (arbitrary primed PCR)を施行した.アガロースゲルで増幅産物を確認後、10%PAG、15℃、3.5時間のSSCP泳動を行った.銀染色による可視化で、表現型によって移動度の異なるバンド、濃さが変化しているバンドを切り出し、再PCRの後、TAクローニングを行い、ベクタープライマーで塩基配列を決定した。3)BLAST検索により得られた塩基配列から該当する遺伝子を同定した。4)遺伝子特異プライマーを用いて各表現型の個体それぞれをPCR-SSCP法で解析し、表現型と遺伝型との関連性について検証した。また、塩基配列決定によりSNPを同定した。その結果判明したSNPのうち、高齢者に高頻度に見いだされたSNPを1つ同定した。高齢者の例数も少なかったことから、医学部学生をコントロールとして分析し、SNPの頻度を比較したところ、Homosapiens 3 BAC RP11-61K12 (AC130566)の8768C>G polymorphismが見いだされた.この方法の考え方は、絨毯爆撃的にSNPを検出してから意味付けするのではなく、まとまったポピュレーションを説明できるSNPを探していこうというものである。方法として用いたAP-PCR-SSCPは、網羅的な遺伝子増幅プラスSSCPによる一本鎖としての分離と定量性である。今後、本法をさらにブラッシュアップして、プロテオミクス解析で用いられている2次元電気泳動と蛍光標識プライマーによる遺伝子増幅を組み合わせると、より詳細な解析が可能と考える.

Specific pathologic symptoms such as table type, subtype, AP-PCR (arbitrary primed PCR)-SSCP (single strand conformation polymorphism), and so on, respectively. 1) in addition to those who have a long life, they mix it with DNA, mix it with DNA, and make it into a mixture. Over 100 years old (9), 90

项目成果

遺伝子検査をとりまく環境と現状・将来

基因检测环境、现状与未来

• 发表时间: 2003
• 期刊: 日本臨床検査自動化学会会誌 28(5)
• 作者: Miyakura Y;Sugano K;Akasu T;Yoshida T;Maekawa M;Saitoh S;Sasaki H;Nomizu T;Konishi F;前川 真人;前川 真人
• 通讯作者: 前川 真人

Inactivating mutations of the human base excision repair gene NEIL1 in gastric cancer

• DOI: 10.1093/carcin/bgh267
• 发表时间: 2004-12-01
• 期刊: CARCINOGENESIS
• 影响因子: 4.7
• 作者: Shinmura, K;Tao, H;Sugimura, H
• 通讯作者: Sugimura, H

Three-dimensional microarray compared with PCR-single-strand conformation polymorphism analysis/DNA sequencing for mutation analysis of K-ras codons 12 and 13

• DOI: 10.1373/clinchem.2004.032060
• 发表时间: 2004-08-01
• 期刊: CLINICAL CHEMISTRY
• 影响因子: 9.3
• 作者: Maekawa, M;Nagaoka, T;Kanno, T
• 通讯作者: Kanno, T

Problem with Detection of an Insertion-Type Mutation in the BCHE Gene in a Patient with Butyrylcholinesterase Deficiency.

丁酰胆碱酯酶缺陷患者 BCHE 基因插入型突变检测的问题。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Clin Chem 50
• 作者: Maekawa M;Taniguchi T;Ishikawa J;Toyoda S;Takahata N
• 通讯作者: Takahata N

Extensive but Hemiallelic Methylation of the hMLH1 Promoter Region in Early-Onset Sporadic Colon Cancers With Microsatellite Instability

• DOI: 10.1016/s1542-3565(03)00314-8
• 发表时间: 2004-02-01
• 期刊: CLINICAL GASTROENTEROLOGY AND HEPATOLOGY
• 影响因子: 12.6
• 作者: Miyakura, Yasuyuki;Sugano, Kokichi;Nagai, Hideo
• 通讯作者: Nagai, Hideo