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DNAチップを用いた口腔微生物叢の網羅的定量的プロファイリング

使用 DNA 芯片对口腔微生物群进行全面定量分析

基本信息

批准号：
15659500
负责人：
高橋信博
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度は、1.前年度設計した口腔細菌特異的プローブを作成し、DNAチップへの搭載の可否(実用性)を検討し、2.DNAチップへの搭載が可能と考えられた24種のプローブを用いて口腔微生物叢解析用DNAチップを試作し、口腔微生物種特異性、使用法などを検討した。1.DNAチップ搭載用口腔細菌特異的プローブの作成:プローブの特異性についてはGeneBankなどの既存のDNAデータベースから、プローブのDNAチップへの搭載の可否についてはDNAチップ作成手順などの実用性から検討し、その結果、24種の口腔微生物に対する特異的プローブが完成した。さらに、この1年間で新たに入手した口腔微生物16S ribosomal RNA遺伝子配列データに基づき、新たなプローブを設計・作成中である。2.DNAチップ搭載用の24種の口腔微生物特異的プローブを用いた口腔微生物叢解析用DNAチップの試作:DNAチップ作成共同研究企業にて、24種の口腔微生物特異的プローブを搭載したDNAチップを試作した。各プローブに該当する標準菌株由来DNAを用いて検討したところ、試作したDNAチップは24種の標準菌体由来DNAを特異的に検出することができることがわかった。さらに、DNAチップ上のスポットは肉眼で明瞭に判別でき、市販の可視光用透過型スキャナーで計測・記録することが十分可能であることが分かった。現在、実際の臨床サンプルを用いて検討中であり、臨床サンプルに含まれる24種の口腔微生物の従来法による検出(通常のnested PCR法での検出)を終え、DNAチップによる検出との照合を進めつつある。

This year, 1. The previous year's design of oral bacteria-specific DNA fragments, the possibility of carrying DNA fragments, 2. The possibility of carrying DNA fragments, 24 species of DNA fragments, the specificity of oral microbiota, and the method of use were examined. 1. The preparation of oral bacteria-specific DNA chips for DNA chip loading: the specificity of the chips, the availability of DNA chips for DNA chip loading, and the completion of specific chips for 24 oral microorganisms. In the past year, we have started to design and manufacture new 16S ribosomal RNA gene sequences for oral microorganisms. 2. Use 24 kinds of oral microbe-specific probes for carrying DNA probes. Trial production of DNA probes for oral microbiota analysis: When the DNA probe was established as a joint research company, 24 kinds of oral microbe-specific probes were carried on the DNA probe. The DNA of each standard strain is used for the detection of DNA of 24 standard strains. For example, if the DNA is detected by the naked eye, it is very likely that the transmission type of the visible light will be detected. Now, in the clinical application, 24 kinds of oral microorganisms are detected in the clinical application (usually detected by nested PCR), and DNA detection is carried out.