DNAチップを用いた口腔微生物叢の網羅的定量的プロファイリング

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本年度は、1.前年度設計した口腔細菌特異的プローブを作成し、DNAチップへの搭載の可否(実用性)を検討し、2.DNAチップへの搭載が可能と考えられた24種のプローブを用いて口腔微生物叢解析用DNAチップを試作し、口腔微生物種特異性、使用法などを検討した。1.DNAチップ搭載用口腔細菌特異的プローブの作成:プローブの特異性についてはGeneBankなどの既存のDNAデータベースから、プローブのDNAチップへの搭載の可否についてはDNAチップ作成手順などの実用性から検討し、その結果、24種の口腔微生物に対する特異的プローブが完成した。さらに、この1年間で新たに入手した口腔微生物16S ribosomal RNA遺伝子配列データに基づき、新たなプローブを設計・作成中である。2.DNAチップ搭載用の24種の口腔微生物特異的プローブを用いた口腔微生物叢解析用DNAチップの試作:DNAチップ作成共同研究企業にて、24種の口腔微生物特異的プローブを搭載したDNAチップを試作した。各プローブに該当する標準菌株由来DNAを用いて検討したところ、試作したDNAチップは24種の標準菌体由来DNAを特異的に検出することができることがわかった。さらに、DNAチップ上のスポットは肉眼で明瞭に判別でき、市販の可視光用透過型スキャナーで計測・記録することが十分可能であることが分かった。現在、実際の臨床サンプルを用いて検討中であり、臨床サンプルに含まれる24種の口腔微生物の従来法による検出(通常のnested PCR法での検出)を終え、DNAチップによる検出との照合を進めつつある。